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- 详细信息
- 文献和实验
- 技术资料
- 英文名:
CUT&Tag-IT™ Assay Kit
- 保质期:
一年
- 供应商:
普瑞麦迪(北京)实验室技术有限公司
- 保存条件:
-20冻存
- 规格:
12 rxns/24 rxns
| 规格: | 12 rxns | 产品价格: | ¥10000.0 |
|---|---|---|---|
| 规格: | 24 rxns | 产品价格: | ¥15000.0 |
产品:CUT&Tag-IT™ Assay Kit
货号:CTag01/CTag02
运输方式:冰袋运输
应用范围:所有真核生物的新鲜样本或冻存样本都能适用于本试剂盒
细胞投入量:单细胞-1×10^5
用途:仅供科研
保质期:一年
文库:双index
是否提供相关科研服务:是
商品详情:
简介:
CUT&Tag是针对ChIP-Seq的局限性而创建的研究基因组中组蛋白修饰以及染色质结合蛋白和DNA相互作用的高效新技术。尽管与ChIP-Seq原理相似,CUT&Tag可以在新鲜细胞原生的状态下,利用Tn5转座酶复合体转座的特性在获取片段化DNA的同时完成了末端添加建库测序所需的扩增引物及条形码序列。它具备了操作简单快速 (1-2天可完成建库),无需交联固定和超声片段化,起始细胞数少(通常至少降低十倍以上),测序量和成本大大减少(通常降低五到十倍以上),信噪比好,重复性高等优势。
目前,该技术正在取代ChIP-Seq并越来越广泛地应用到基因组学和生物医学研究的各个方面。
对比:相较于传统的ChIP-Seq方法,CUT&Tag无需甲醛交联和超声破碎,测序深度也大大减少,需要的细胞起始量更少(单细胞-5*1055),时间更短,质量更优的特点。因此,随着越来越多文献的发表,具有更优的性价比的CUT&Tag正在逐步替代ChIP-Seq。
应用方向:
CUT&Tag技术目前已经广泛应用于组蛋白修饰/染色质结合蛋白分析、开放染色质分析、单细胞组学、DNA甲基化分析、空间生物学和染色质构象捕获 (3C)等多种研究方向,并且适用于植物和动物的多种模式物种,在生物学中具有极其重要的研究意义!
实验方案设计:
首先ConA beads(Concanavalin A-coated magnetic beads)与细胞膜或核膜相结合,随后通过穿孔剂对细胞进行穿孔处理,改变其通透性,依次加入和靶蛋白相对应的一抗、二抗和pA-Tn5 Transposase进行孵育,再通过Mg2+激活Tn5酶,Tn5酶在激活的状态下会定向切割靶蛋白对应的DNA片段,同时在切割的DNA两端加上文库扩增的序列接头,以便于直接对回收的DNA片段进行PCR建库。随后文库质量检测合格后,便可直接上机测序。
CUT&Tag-IT™ Assay Kit商品
产品亮点总结
- 细胞起始量较低(单细胞至5×105),从百万级降低到单细胞水平
- 结果重复性较高,且信噪比较高
- 把繁琐的ChIP流程缩短至1-2天的时间
- 操作流程简单,无需甲醛交联、细胞破碎和超声片段化DNA
- 简化了文库构建流程,在转座子上添加了‘接头’,只需要简单的PCR即可获得高质量NGS文库与ChIP相比,测序深度减少10倍左右
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文献和实验,将 CUT&RUN 技术升级到单细胞水平,并应用于早期胚胎研究。 2019 年 Henikoff 等发明 CUT&Tag ,使用带有接头的 Tn5 转座酶替代 MNase ,简化实验操作,将细胞量从 104 级别降到 60 个细胞甚至单细胞。 2.蛋白质-DNA 互作技术概述 ✦染色质免疫共沉淀(ChIP): ChIP 是全基因组范围内检测蛋白-DNA 互作的标准方法,该技术由 Orlando 等于 1997 年创立[1]。 图 1:ChIP 基本原理图[1] ✦ ChIP
干货 | CUT and Tag 核心酶 Hyperactive PA/PG-Tn5 Transposase 大解密
CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation)是蛋白-DNA 互作的一大革新技术,它不需要使用甲醛交联以及免疫共沉淀,而是通过针对靶蛋白(如转录因子、染色质重塑蛋白)的抗体和 Protein A/G 的介导,使得与 Protein A/G 融合的 Tn5 酶(Tagmentase)在切割 DNA 片段的同时在序列两端加上测序接头,经 PCR 扩增后即可形成用于高通量测序的文库(见图 1 )。CUT &Tag 技术具有细胞投入量低、信噪
,建议细胞活力大于 90% 以上。经过 PFA 交联过的细胞同样也适用于 CUT&Tag ,但我们不建议使用 PFA 交联的细胞进行实验,因为经过交联的细胞有可能会引起表位覆盖,从而降低数据质量。 3.针对于 Tn5 切割开放染色质区域的特性,CUT&Tag 是否更加适合于开放染色质区域的研究,异染色质上的位点是否适用? CUT&Tag 是 ChIP-seq 的替代技术,主要用于分析全基因组范围内的 DNA-蛋白质相互作用。容易将 ATAC-seq 技术与CUT
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