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pCMV-EGFP-BoxB-
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100μg
RaPID
RaPID (RNA-Protein Interaction Detection)是在活细胞内(in Vivo)以RNA为中心(RNA-centric),利用生物素连接酶对与RNA诱饵片段相互作用的蛋白质进行生物素标记,后续通过Streptavidin磁珠或凝胶从细胞裂解液中分离纯化生物素标记蛋白,并通过质谱或Western鉴定RNA-蛋白质间相互作用的技术(图3)。RaPID在筛选和鉴定活细胞内非编码RNA序列(Noncoding RNA sequence):包括长链非编码RNA (Long noncoding RNA, lncRNA)、小核仁RNA (Small nucleolar RNA, snoRNA)和非翻译mRNA区域(Untranslated mRNA region),与RNA结合蛋白(RNA-binding protein, RBP)相互作用和探索相关功能方面发挥着至关重要的作用。
RaPID包括2个质粒:RaPID生物素连接酶载体(如pCMV-λN-NES-miniTurbo-Flag),即RaPID protein;和RNA诱饵载体(如pCMV-EGFP-BoxB-RNAmotif-BoxB) ,即RNA component。
pCMV-λN-NES-miniTurbo-Flag (RaPID质粒)是碧云天自行研发生产的一种用于在哺乳动物细胞中融合表达λN肽段、核外运信号和生物素连接酶(miniTurbo)的以用于生物素标记与RNA诱饵片段相互作用的目的蛋白的质粒。
pCMV-EGFP-BoxB-RNAmotif-BoxB (RaPID质粒)是碧云天自行研发生产的一种用于在哺乳动物细胞中表达RNA诱饵片段的载体,RNA诱饵片段被2个λ噬菌体(Bacteriophage lambda)的BoxB RNA茎环结构夹在中间,其中BoxB茎环结构与λN肽段具有极高的亲和力。
图3. 碧云天RaPID (RNA-Protein Interaction Detection)生物素标记质粒的工作原理图。
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