多组学分析鉴定关键分子
比较AML-MSCs与HD-MSCs的基因和蛋白表达差异,筛选与AML进展相关且与不良预后相关的候选分子。
对5例AML-MSCs和5例HD-MSCs进行转录组测序,对4例AML-MSCs和4例HD-MSCs进行分泌蛋白组学分析,结合OHSU-AML生存分析,并用RT-qPCR和免疫荧光验证MMP14在AML-MSCs中的高表达。
MMP14 from BM-MSCs facilitates progression and Ara-C resistance in acute myeloid leukemia via the JAK/STAT pathway
包括转录组与蛋白质组分析、体外共培养功能实验、MLL-AF9小鼠模型和PDX模型验证,并进行机制研究和联合用药评估。
AML患者来源的骨髓间充质干细胞(AML-MSCs) 健康供者来源的骨髓间充质干细胞(HD-MSCs) AML细胞系Kasumi-1和Molm-13 MLL-AF9小鼠AML模型 PDX模型(NSG小鼠移植患者原代白血病细胞)
MSCs来源(AML患者或健康供者)及培养代数(P3) MMP14敲低效率(shRNA)及稳定转染筛选(嘌呤霉素) 共培养时间(48小时)及处理(PGE2浓度1μM) Ara-C和MMP14抑制剂NSC-405020的给药剂量与方案 动物模型的细胞移植数量(MLL-AF9细胞1×10^5,MSCs 100,000个,PDX细胞1×10^7)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较AML-MSCs与HD-MSCs的基因和蛋白表达差异,筛选与AML进展相关且与不良预后相关的候选分子。
对5例AML-MSCs和5例HD-MSCs进行转录组测序,对4例AML-MSCs和4例HD-MSCs进行分泌蛋白组学分析,结合OHSU-AML生存分析,并用RT-qPCR和免疫荧光验证MMP14在AML-MSCs中的高表达。
评估MMP14敲低对MSC增殖、集落形成能力和细胞周期的影响,并检测对细胞因子表达的改变。
使用shRNA敲低MSCs中MMP14表达,通过Western blot和RT-qPCR验证敲低效率;进行CFU-F实验、BrdU增殖实验和细胞周期分析;与Kasumi-1和Molm-13共培养后,通过流式分选MSCs并PCR检测TGF-β1、CXCL12、CXCL10、OPN和COX-2的表达。
验证MSC中MMP14敲低对AML细胞系增殖、凋亡和细胞周期的影响。
将Kasumi-1和Molm-13细胞与MMP14敲低或对照MSCs共培养48小时,通过流式细胞术检测凋亡率、细胞周期分布和BrdU掺入以评估增殖。
在MLL-AF9小鼠AML模型中评估MMP14敲低对白血病进展、生存期和白血病干细胞的影响。
通过尾静脉注射MLL-AF9细胞,同时股骨内注射MMP14敲低或对照MSCs,监测生存期、肿瘤负荷、骨髓白血病细胞和LSC比例、LSC凋亡和细胞周期。
阐明MMP14调控AML的分子机制,验证PGE2分泌和JAK-STAT通路激活的作用。
对与MMP14敲低或对照MSCs共培养的Kasumi-1细胞进行RNA-seq,并用GSEA和KEGG分析通路富集;Western blot检测STAT3/5和磷酸化水平;ELISA检测MSC上清和小鼠血清中PGE2水平;在共培养系统中添加PGE2,观察其对细胞增殖和JAK-STAT通路的影响。
评估MMP14敲低或抑制对AML细胞化疗敏感性的影响,并验证联合用药的协同效应。
在MLL-AF9模型中,将MMP14敲低或对照MSCs与Ara-C治疗结合,比较生存期和白血病负荷;在体外用MMP14抑制剂NSC-405020和Ara-C处理共培养细胞,检测凋亡和JAK-STAT通路蛋白;在MLL-AF9小鼠和PDX模型中,给予MMP14抑制剂和/或Ara-C,评估生存期和肿瘤负荷。
验证MMP14敲低对患者原代白血病细胞凋亡和活力的影响,并在PDX模型中评估MMP14抑制剂的治疗潜力。
将两名患者的原代白血病细胞与MMP14敲低或对照MSCs共培养,检测凋亡和活细胞计数;在NSG小鼠中建立PDX模型,设四组:对照、MMP14抑制剂、Ara-C、联合用药,评估生存期和骨髓人CD45+细胞比例。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | NSC 405020 | MCE | HY-15827 |
| 阿糖胞苷 | Actavis | -- | |
| 细胞培养与处理 | 前列腺素E2 | MCE | HY-101952 |
| 细胞分离 | Ficoll-Lymphoprep™ | TBD | -- |
| 细胞培养 | 人MSC生长培养基 | Cyagen Biosciences Inc. | -- |
| 小鼠MSC生长培养基 | Cyagen Biosciences Inc. | -- | |
| RPMI 1640培养基 | HyClone | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Vazyme | -- |
| RNA测序 | NanoDrop | Thermo | -- |
| 蛋白质组学 | Q Exactive质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 免疫荧光 | MMP14抗体 | Zenbio | 380861 |
| CD271抗体 | Proteintech | 55014-1-AP | |
| DAPI | -- | -- | |
| RT-qPCR | Hifair® II第一链cDNA合成预混液 | Yeasen Biotechnology | 11120ES60 |
| CWBIO快速SYBR混合物 | CWBIO | -- | |
| 慢病毒感染 | shRNA慢病毒 | Hanheng Biotechnology | -- |
| 细胞增殖检测 | BD Pharmingen BrdU流式试剂盒 | BD Pharmingen | -- |
| 细胞凋亡检测 | 细胞凋亡检测试剂盒 | Lianke Technology Co., Ltd. | -- |
| 细胞周期检测 | 细胞周期分析试剂盒 | Lianke Technology Co., Ltd. | -- |
| 动物实验 | CD117+富集试剂盒(磁珠) | Miltenyi | 130-097-146 |
| 病毒转导 | 聚凝胺 | Hanheng Biotechnology Co. Ltd. | HB-PB-500 |
| 白细胞介素-3 | PeproTech | 213-13 | |
| 白细胞介素-6 | PeproTech | 216-16 | |
| 干细胞因子 | PeproTech | 250-03 | |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | -- | -- |
| 磷酸酶抑制剂A和B | -- | -- | |
| PVDF膜 | Millipore Corp | -- | |
| MMP14抗体 | Zenbio | 380861 | |
| STAT5抗体 | Proteintech | 13179-1-AP | |
| P-STAT5抗体 | Proteintech | 80115-1-RR | |
| STAT3抗体 | Proteintech | 10253-2-AP | |
| P-STAT3抗体 | Proteintech | 28945-1-AP | |
| COX-2抗体 | Zenbio | 501253 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004 | |
| 山羊抗兔IgG(H+L)抗体 | Proteintech | SA00001-2 | |
| 山羊抗小鼠IgG(H+L)抗体 | Proteintech | SA00004-1 | |
| 成像系统 | Tanon | -- | |
| ELISA | PGE2 ELISA试剂盒 | Jianglaibio | -- |
| 免疫组织化学 | P-STAT3抗体 | Abways | CY6501 |
| P-STAT5抗体 | Abways | CY5569 | |
| 显微镜检查 | Nikon显微镜 | Nikon | -- |
| 统计 | GraphPad Prism | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| MSC分离和培养 | 样本来源(AML患者或健康供者),密度梯度离心方法,培养基类型和添加物,培养代数(P3),培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Methods中的Cell culture、Drugs and reagents |
| 慢病毒感染 | shRNA序列(见补充表),转染方法,转染效率评估(GFP),筛选浓度和时间(嘌呤霉素) 阅读提示:Methods中的Lentivirus infection、Figure 2A-B |
| 共培养实验 | 共培养细胞比例,共培养时间(48小时),培养基,处理条件(如PGE2浓度1μM) 阅读提示:Methods中的Cell proliferation、apoptosis,Results部分及图3、图5 |
| 动物模型构建(MLL-AF9) | 小鼠品系和年龄(C57BL/6,8-12周),辐照剂量(7 Gy),MLL-AF9细胞移植数量和途径(尾静脉100,000个细胞),MSCs移植数量和途径(股骨内100,000个细胞/10 μL PBS),实验分组,样本量(n=7等) 阅读提示:Methods中的Animal experimentation、图4A |
| PDX模型构建 | 小鼠品系(NSG雌性5周),移植细胞数量和途径(尾静脉1×10^7细胞),成功标准(白血病细胞≥20%),分组和给药方案(DMSO、MMP14抑制剂、Ara-C、联合) 阅读提示:Methods中的Animal experimentation、图7F |
| 药物处理 | MMP14抑制剂(NSC-405020)和Ara-C的剂量、给药途径、时间、频率 阅读提示:Methods中的Drugs and reagents、图6A、图7F |
| 分子检测 | Western blot抗体稀释比例(1:1000),PCR引物序列(补充表1),ELISA操作,流式抗体信息(补充表2) 阅读提示:Methods中的Western blot、qRT-PCR、ELISA、Supplemental Table 1/2 |