临床病例表型分析
明确患者的临床表现和生化异常
收集患者临床资料,进行血气分析、有机酸分析、脑MR等。
A missense mutation in PDHB gene: identification of the patient with pyruvate dehydrogenase deficiency and demonstration of pathogenicity in vitro
包含临床病例、基因分析及体外细胞转染实验,但未进行动物模型或患者样本的功能验证。
293T细胞(转染野生型或突变型PDHB载体) 新生儿病例(携带PDHB纯合突变)
PDHB突变位点:c.575G>T(p.Arg192Leu) 转染细胞类型:293T细胞 PDH活性检测时间:转染后48小时 Western blot检测PDH蛋白表达 qPCR检测PDHB mRNA表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确患者的临床表现和生化异常
收集患者临床资料,进行血气分析、有机酸分析、脑MR等。
发现致病基因突变
提取患者及家系成员DNA,进行WES,验证突变。
验证突变对PDH蛋白表达和活性的影响
构建野生型或突变型PDHB真核表达载体,转染293T细胞,检测PDHB mRNA、蛋白和PDH活性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 载体构建 | pEGFP-N1载体 | -- | -- |
| 限制性内切酶SalI和BamHI | -- | -- | |
| 细胞培养与转染 | 293T细胞 | Thermo Fisher Scientific | R70007 |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668019 |
| RNA提取 | TRIzol Plus RNA纯化试剂盒 | Invitrogen | 12,183,555 |
| 逆转录 | EvoM-MLV逆转录PCR试剂盒 | Accurate Biology | AG11603 |
| qPCR | TB Green Premix Ex Taq II | Takara | RR820Q |
| ABI 7500实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 蛋白质提取 | 细胞裂解液 | Beyotime | P0013 |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 |
| 半干转印系统 | Bio-Rad | -- | |
| 兔单克隆抗PDH抗体 | CST | 2784 | |
| 小鼠单克隆抗β-actin抗体 | Proteintech | 66,009-1-Ig | |
| 山羊多克隆抗小鼠IgG抗体 | Proteintech | SA00001-1 | |
| 山羊多克隆抗兔IgG抗体 | Proteintech | SA00001-2 | |
| 数字凝胶成像分析系统 | Invitrogen | -- | |
| PDH活性测定 | PDH活性测定试剂盒 | Solarbio Science & Technology | BC0385 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 基因分析 | 突变位点(c.575G>T,p.Arg192Leu)及其纯合性 阅读提示:Methods中'Variation analysis'部分及Figure 3、4 |
| 载体构建 | 载体类型(pEGFP-N1)、插入片段(全长PDHB cDNA)、酶切位点(SalI和BamHI) 阅读提示:Methods中'Vector construction and transfection'部分 |
| 细胞转染 | 细胞类型(293T)、转染试剂(Lipofectamine 2000)、剂量(未明确) 阅读提示:Methods中'Vector construction and transfection'部分 |
| 表达检测 | 检测时间(转染后48小时)、qPCR内参(GAPDH)、Western blot抗体浓度 阅读提示:Methods中'qPCR assay'和'Western blot analysis'部分 |
| 功能验证 | PDH活性测定试剂盒及操作步骤 阅读提示:Methods中'PDH activity measurement'部分 |