鉴定DKK1为GR细胞中的关键分泌蛋白
寻找GR细胞中差异表达的分泌蛋白,确定候选靶点。
通过细胞因子芯片和RNA-seq对比PC9和PC9-GR、HCC827和HCC827-GR,发现DKK1在两种GR细胞中均高表达和分泌。
Dickkopf-1 promotes tumor progression of gefitinib- resistant non-small cell lung cancer through cancer cell-fibroblast interactions
包含体外细胞实验(增殖、迁移、3D球体共培养)、人肺成纤维细胞共培养、体内异种移植瘤模型、转录组测序、机制研究(通路激活)等多个独立证据层级。
PC9-GR 和 HCC827-GR 吉非替尼耐药NSCLC细胞 人肺成纤维细胞 MRC-5 小鼠乳腺癌细胞 4T1 及 DKK1 过表达亚系 皮下异种移植瘤模型及尾静脉注射肺转移模型
PC9-GR 和 HCC827-GR 细胞系中 DKK1 高表达及分泌 DKN-01 中和抗体治疗剂量10 mg/kg,每周两次,腹腔注射 MRC-5 成纤维细胞共培养条件(如细胞比例) JNK 抑制剂 SP600125 浓度 10 µM
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
寻找GR细胞中差异表达的分泌蛋白,确定候选靶点。
通过细胞因子芯片和RNA-seq对比PC9和PC9-GR、HCC827和HCC827-GR,发现DKK1在两种GR细胞中均高表达和分泌。
探究GR细胞中DKK1高表达的调控机制。
通过荧光素酶报告基因、ChIP、Western blot和ICG-001抑制实验,证明β-catenin转录活性增强促进DKK1表达。
检验DKK1是否直接促进癌细胞增殖。
使用中和抗体、shRNA敲低和DKN-01体内处理,观察对细胞增殖和肿瘤生长的影响。
探究DKK1是否通过癌细胞-成纤维细胞相互作用促进肿瘤生长。
通过共培养实验和体内共注射模型,使用DKK1过表达或敲低细胞,观察球体生长和肿瘤体积变化。
确定DKK1如何改变成纤维细胞的特征。
通过RNA-seq分析DKK1处理的MRC-5细胞,检测炎症基因和肌成纤维细胞标志物的变化,并用细胞因子芯片验证。
确定DKK1激活成纤维细胞的下游信号通路。
检测DKK1处理后成纤维细胞中β-catenin、AKT、JNK/c-JUN磷酸化水平,并用JNK抑制剂SP600125验证功能。
探索DKK1作用是否普遍存在于其他DKK1高表达肿瘤。
选择PC3和MDA-MB-231等高DKK1细胞系,重复共培养和信号通路检测。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| DMEM高糖培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| Dulbecco磷酸盐缓冲液 | -- | -- | |
| 病毒包装 | psPAX2 | Addgene | 12260 |
| pMD2.G | Addgene | 12259 | |
| pLenti-C-Myc-DDK-IRES-NEO | Origene | -- | |
| pGFP-V-RS | Origene | -- | |
| Western blot | 活性β-catenin抗体 | Cell Signaling Technology | 8814 |
| LaminA/C抗体 | Cell Signaling Technology | 2032 | |
| p-AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 9271 | |
| p-JNK抗体 | Cell Signaling Technology | 9251 | |
| p-c-JUN抗体 | Cell Signaling Technology | 9261 | |
| mTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 2983 | |
| p-mTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 5536 | |
| p70s6K抗体 | Cell Signaling Technology | 9202 | |
| p-p70s6K抗体 | Cell Signaling Technology | 9234 | |
| p-GSK3β抗体 | Cell Signaling Technology | 9336 | |
| β-catenin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-7963 | |
| AKT抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-5298 | |
| c-JUN抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-1694 | |
| GSK3β抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-9166 | |
| DKK1抗体 | SinoBiological | 10170-R015 | |
| GAPDH抗体 | Merck Millipore | CB1001 | |
| JNK抗体 | Epitomics | 3496-1 | |
| Col1a1抗体 | Boster Biological Technology | PB9938 | |
| α-平滑肌肌动蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | A5228 | |
| 动物实验 | DKN-01 | Leap Therapeutics | -- |
| 免疫组化 | CCL2抗体 | Sigma-Aldrich | MABN712 |
| Western blot | 细胞裂解缓冲液 | -- | -- |
| 硝酸纤维素膜 | GE healthcare | -- | |
| Western化学发光HRP底物 | Merk Millipore | -- | |
| 细胞因子芯片 | 人XL细胞因子芯片试剂盒 | R&D systems | ARY022B |
| 细胞增殖检测 | IncuCyte S3 | Essen Bioscience | -- |
| 细胞迁移检测 | IncuCyte Zoom | Essen Bioscience | -- |
| 96孔伤口愈合器 | Essen Bioscience | -- | |
| 报告基因实验 | pGL4.10质粒 | Origene | -- |
| 双荧光素酶检测试剂盒 | Promega | -- | |
| RNA提取 | TRIZOL试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RNA-seq | Illumina TruSeq链式mRNA样品制备试剂盒 | Illumina, Inc. | 20020595 |
| SuperScript II逆转录酶 | Invitrogen | 18064014 | |
| KAPA文库定量试剂盒 | KAPA BIOSYSTEMS | KK4854 | |
| TapeStation D1000 ScreenTape | Agilent Technologies | 5067-5582 | |
| Illumina NovaSeq测序平台 | Illumina | -- | |
| qRT-PCR | Maxime RT预混试剂盒 | iNtRON | -- |
| iQ™ SYBR® Green超混液 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫细胞化学 | ProLong Gold抗淬灭封片剂 | Life technologies | -- |
| 共聚焦显微镜Leica TCS SP8 MP | Leica Microsystems | -- | |
| 动物实验 | Balb/c小鼠 | Raon Bio | -- |
| Balb/c裸鼠 | Raon Bio | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系:PC9、HCC827、T47D、PC3、4T1、MDA-MB-231、HEK293T;培养基:RPMI-1640或DMEM/高糖;添加10%胎牛血清和1%青霉素/链霉素;吉非替尼耐药细胞系的维持浓度 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 病毒转导 | 慢病毒包装质粒psPAX2、pMD2.G、pLenti-C-Myc-DDK-IRES-NEO;逆转录病毒包装细胞Ampho-phoenix;shRNA质粒pGFP-V-RS 阅读提示:Methods: Cell culture |
| Western blot | 裂解液成分;SDS-PAGE;一抗和二抗浓度及孵育时间;化学发光底物 阅读提示:Methods: Western blot |
| 细胞增殖和迁移 | 细胞接种密度;IncuCyte S3监测频率;transwell迁移细胞数;划痕实验细胞密度和WoundMaker使用 阅读提示:Methods: Cell proliferation and cell migration assays |
| 体内实验 | 动物品系和来源;皮下注射细胞数(5×10^6 HCC827-GR ± MRC-5,1×10^6 4T1);尾静脉注射细胞数(6×10^5);DKN-01剂量(10 mg/kg,每周两次,腹腔注射);肿瘤体积测量频率 阅读提示:Methods: In vivo experiments |
| RNA-seq和qRT-PCR | RNA提取方法;文库制备试剂盒;测序平台;qRT-PCR试剂 阅读提示:Methods: RNA isolation, RNA sequencing and qRT-PCR |