遗传背景调节小鼠视网膜的衰老与变性

Genetic context modulates aging and degeneration in the murine retina

作者信息Olivia J Marola, Michael MacLean, Travis L Cossette, Cory A Diemler, Amanda A Hewes, Alaina M Reagan, Jonathan Nyandu Kanyinda, Daniel A Skelly, Gareth R Howell
PMID39833899
发布时间2025-01
DOI10.1186/s13024-025-00800-9

实验完整度

包含多组学(转录组学、蛋白质组学)分析、体内眼科检查(裂隙灯、眼底、OCT、ERG、PERG、荧光素血管造影)、离体组织学及免疫组化验证,并进行了功能验证及机制分析。

主要模型

C57BL/6J 小鼠 WSB/EiJ 小鼠 NZO/HlLtJ 小鼠 九品系遗传多样性小鼠(转录组/蛋白质组)

重点核对

小鼠品系:C57BL/6J、WSB/EiJ、NZO/HlLtJ,分别代表常见、光感受器变性、RGC/血管变性模型 年龄点:4、8、12、18月龄(部分实验为4和18月龄) 体内检测:裂隙灯、眼底成像、OCT、荧光素血管造影、ERG/PERG 离体检测:H&E 染色计数ONL细胞、RBPMS免疫组化计数RGC、FITC-dextran渗漏试验、胰蛋白酶消化血管网 统计:组内比较采用t检验、Mann-Whitney U检验、方差分析等,P<0.05为显著

摘要

背景 年龄是视网膜和大脑神经退行性变的主要危险因素。视网膜和大脑共享许多生物学特性;因此,对视网膜衰老和变性的认识可能有助于揭示大脑中的类似过程。遗传组成强烈影响年龄相关视网膜疾病的易感性。然而,研究视网膜衰老的研究尚未充分考虑遗传多样性。因此,跨不同遗传背景检查视网膜的分子衰老将增强我们对人类相关衰老和视网膜及大脑变性的理解——可能改善这些衰弱性疾病的治疗方法。 方法 采用转录组学和蛋白质组学方法,在九个遗传多样性小鼠品系(C57BL/6J、129S1/SvlmJ、NZO/HlLtJ、WSB/EiJ、CAST/EiJ、PWK/PhK、NOD/ShiLtJ、A/J 和 BALB/cJ)的整个生命周期中阐明视网膜衰老特征。这些数据预测了 WSB 和 NZO 品系中与人类疾病相关的变化。因此,对 B6、WSB 和 NZO 小鼠在 4、8、12 和/或 18 月龄进行了与人类相关的体内检查,包括:裂隙灯、眼底成像、光学相干断层扫描、荧光素血管造影和模式/全视野视网膜电图。离体评估了视网膜形态、血管结构和细胞计数。 结果 我们在九个小鼠品系中鉴定了共同的分子衰老特征,包括与光感受器功能和免疫激活相关的基因。遗传背景强烈调节这些衰老特征。细胞类型特异性标记基因的分析预测 WSB 和 NZO 分别与年龄相关的光感受器和视网膜神经节细胞(RGC)的丢失。眼底检查显示 WSB 视网膜中与视网膜色素变性相关的色素异常,以及 NZO 视网膜中与糖尿病视网膜病变(DR)相关的棉絮斑和渗出物。WSB 中证实了严重的光感受器功能障碍和丢失。分子分析表明在丢失之前光感受器特异性蛋白发生变化,提示 WSB 中光感受器内在功能障碍。此外,在 NZO 小鼠中观察到与年龄相关的 RGC 功能障碍、丢失以及伴随的微血管功能障碍。蛋白质组学分析揭示保护性抗氧化过程的早期减少,这可能增加 NZO 对 DR 相关病理的易感性。 结论 遗传背景是视网膜衰老的强烈决定因素,我们的多组学资源有助于理解眼睛和大脑的年龄相关疾病。我们的研究确定并验证了 WSB 和 NZO 小鼠作为与常见视网膜神经退行性疾病相关的改进的临床前模型。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
遗传背景如何影响小鼠视网膜的衰老和变性?
核心机制
遗传背景调节视网膜衰老的分子特征,WSB小鼠的视网膜变性可能与光感受器内在缺陷(如BBSome和视黄醇代谢蛋白减少)有关;NZO小鼠的视网膜血管病变可能与抗氧化通路(如谷胱甘肽代谢和乙二醛酶1)的早期降低有关。
主要证据
多组学分析揭示共同衰老特征,但WSB和NZO显示特异性的光感受器和RGC标记基因变化;体内检查证实WSB出现严重光感受器功能障碍和丢失,NZO出现RGC功能障碍、丢失和微血管异常。
研究意义
提供了多组学资源,并确定WSB和NZO小鼠作为与人类视网膜神经退行性疾病相关的改进的临床前模型,有助于理解年龄相关眼病和脑病。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

多组学分析

鉴定九个品系小鼠视网膜衰老的分子特征及遗传背景的影响。

对9个品系小鼠在4、12、18月龄采集视网膜,进行RNA-seq和蛋白质组学分析,分析基因/蛋白表达差异,并进行GO富集分析。

2

体内眼科检查

验证多组学预测的WSB和NZO小鼠的视网膜表型。

对B6、WSB、NZO小鼠在4、8、12、18月龄进行裂隙灯、眼底成像、OCT、荧光素血管造影和ERG/PERG检查。

3

离体视网膜组织学分析

定量视网膜细胞丢失和结构变化。

视网膜切片H&E染色计数ONL细胞,测量视网膜长度;免疫组化检测RHO和OPN1LW(锥细胞)以及RBPMS(RGC)。

4

视网膜血管评估

评估NZO小鼠的微血管功能障碍。

通过荧光素血管造影评估灌注,FITC-dextran渗漏试验检测血视网膜屏障完整性,并分离视网膜血管网染色计数无细胞毛细血管。

5

机制分析

探索WSB和NZO视网膜变性/血管病变的潜在机制。

比较4月龄WSB或NZO与其他色素品系的蛋白质组差异,进行通路富集分析。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
LabDiet 饲料--5K52
RNeasy Micro 试剂盒Qiagen--
RLT 缓冲液Qiagen--
Pellet Pestle 匀浆器Kimbal--
Nanodrop 2000 分光光度计Thermo Scientific--
RNA 6000 Nano 和 Pico Bioanalyzer 分析Agilent Technologies--
KAPA mRNA HyperPrep 试剂盒Roche Sequencing and Life Science--
D5000 ScreenTapeAgilent Technologies--
Qubit dsDNA HS 检测ThermoFisher--
Illumina NovaSeq 6000 测序仪Illumina20028313
Tissue Lyser II 组织破碎仪QIAGEN--
microBCA 蛋白定量试剂盒Thermo23235
测序级修饰胰蛋白酶Promega--
C18 Zip-tips 脱盐柱MilliporeZTC18S096
定量比色肽段检测试剂盒Thermo23275
TMTpro 试剂ThermoA44520
Thermo Eclipse Tribrid Orbitrap 质谱仪(带FAIMS)Thermo--
UltiMate 3000 纳升液相色谱系统Thermo--
Topcon DC-4 数码裂隙灯Topcon--
EZ Capture 图像软件----
Celeris-Diagnosys ERG 系统Diagnosys LLC--
托吡卡胺----
羟丙甲纤维素----
JORVEC PERG 系统Intelligent Hearing Systems--
Micron IV 和 Reveal OCTPhoenix-Micron--
Discover 2.4 软件Phoenix-Micron--
托吡卡胺Somerset Therapeutics70069-121-01
GenTeal 润滑眼凝胶滴眼液Alcon--
荧光素钠注射液Akorn--
异硫氰酸荧光素-葡聚糖Millipore-SigmaFD70S
Hamamatsu S210 NanoZoomer 数字切片扫描仪Hamamatsu--
胰蛋白酶ThermoFisher Scientific15090046
Organo/Limonene Mount 封片剂Sigma-AldrichO8015
驴血清Sigma-AldrichD9663
兔抗RBPMS抗体GeneTexGTX118619
驴抗兔Alexa Fluor 568二抗InvitrogenA10042
Clear-Rite 3 脱蜡剂Thermofisher6901TS
抗原修复液IHC WorldIW-1100
兔抗红/绿视蛋白抗体Sigma-AldrichAB5405
小鼠抗视紫红质抗体[克隆1D4]AbcamAB5417
驴抗兔Alexa Fluor 647二抗InvitrogenA32795
驴抗小鼠Alexa Fluor 647二抗AbcamAB150107
DAPI----
荧光封片剂Polysciences18606-20

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
多组学分析
品系、年龄(4、12、≥18月龄)、性别、样本数、测序深度、蛋白质组学TMT标记批次
阅读提示:Methods中的Mouse strains and cohort generation, Tissue collection, RNA Isolation and RNA-sequencing, Proteomics; Figure 1 legend
体内眼科检查
品系(B6、WSB、NZO)、年龄(4、8、12、18月龄)、性别、麻醉方法、ERG刺激强度、OCT测量位置、荧光素剂量
阅读提示:Methods中的In vivo ophthalmological investigations, ERG, OCT, fundus, fluorescein angiography
视网膜组织学
固定液、切片厚度、染色方法、计数区域(中央、中间、周边)、细胞计数阈值
阅读提示:Methods中的Histological analyses, Immunohistochemistry (IHC) analyses
血管评估
FITC-dextran分子量、灌注方法、血管网消化时间、染色方法、无细胞毛细血管计数标准
阅读提示:Methods中的Fluorescein isothiocyanate–dextran (FITC-dextran) leakage assay, Vascular network isolation, staining, and analysis
统计比较
统计检验方法、多重比较校正、显著性阈值
阅读提示:Methods中的Statistics