多组学分析
鉴定九个品系小鼠视网膜衰老的分子特征及遗传背景的影响。
对9个品系小鼠在4、12、18月龄采集视网膜,进行RNA-seq和蛋白质组学分析,分析基因/蛋白表达差异,并进行GO富集分析。
Genetic context modulates aging and degeneration in the murine retina
包含多组学(转录组学、蛋白质组学)分析、体内眼科检查(裂隙灯、眼底、OCT、ERG、PERG、荧光素血管造影)、离体组织学及免疫组化验证,并进行了功能验证及机制分析。
C57BL/6J 小鼠 WSB/EiJ 小鼠 NZO/HlLtJ 小鼠 九品系遗传多样性小鼠(转录组/蛋白质组)
小鼠品系:C57BL/6J、WSB/EiJ、NZO/HlLtJ,分别代表常见、光感受器变性、RGC/血管变性模型 年龄点:4、8、12、18月龄(部分实验为4和18月龄) 体内检测:裂隙灯、眼底成像、OCT、荧光素血管造影、ERG/PERG 离体检测:H&E 染色计数ONL细胞、RBPMS免疫组化计数RGC、FITC-dextran渗漏试验、胰蛋白酶消化血管网 统计:组内比较采用t检验、Mann-Whitney U检验、方差分析等,P<0.05为显著
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定九个品系小鼠视网膜衰老的分子特征及遗传背景的影响。
对9个品系小鼠在4、12、18月龄采集视网膜,进行RNA-seq和蛋白质组学分析,分析基因/蛋白表达差异,并进行GO富集分析。
验证多组学预测的WSB和NZO小鼠的视网膜表型。
对B6、WSB、NZO小鼠在4、8、12、18月龄进行裂隙灯、眼底成像、OCT、荧光素血管造影和ERG/PERG检查。
定量视网膜细胞丢失和结构变化。
视网膜切片H&E染色计数ONL细胞,测量视网膜长度;免疫组化检测RHO和OPN1LW(锥细胞)以及RBPMS(RGC)。
评估NZO小鼠的微血管功能障碍。
通过荧光素血管造影评估灌注,FITC-dextran渗漏试验检测血视网膜屏障完整性,并分离视网膜血管网染色计数无细胞毛细血管。
探索WSB和NZO视网膜变性/血管病变的潜在机制。
比较4月龄WSB或NZO与其他色素品系的蛋白质组差异,进行通路富集分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物饲养 | LabDiet 饲料 | -- | 5K52 |
| RNA提取 | RNeasy Micro 试剂盒 | Qiagen | -- |
| RLT 缓冲液 | Qiagen | -- | |
| Pellet Pestle 匀浆器 | Kimbal | -- | |
| RNA质量检测 | Nanodrop 2000 分光光度计 | Thermo Scientific | -- |
| RNA 6000 Nano 和 Pico Bioanalyzer 分析 | Agilent Technologies | -- | |
| 测序文库构建 | KAPA mRNA HyperPrep 试剂盒 | Roche Sequencing and Life Science | -- |
| D5000 ScreenTape | Agilent Technologies | -- | |
| Qubit dsDNA HS 检测 | ThermoFisher | -- | |
| Illumina NovaSeq 6000 测序仪 | Illumina | 20028313 | |
| 蛋白质组学样品制备 | Tissue Lyser II 组织破碎仪 | QIAGEN | -- |
| 蛋白质定量 | microBCA 蛋白定量试剂盒 | Thermo | 23235 |
| 蛋白质消化 | 测序级修饰胰蛋白酶 | Promega | -- |
| 肽纯化 | C18 Zip-tips 脱盐柱 | Millipore | ZTC18S096 |
| 肽段定量 | 定量比色肽段检测试剂盒 | Thermo | 23275 |
| TMT标记 | TMTpro 试剂 | Thermo | A44520 |
| 质谱分析 | Thermo Eclipse Tribrid Orbitrap 质谱仪(带FAIMS) | Thermo | -- |
| UltiMate 3000 纳升液相色谱系统 | Thermo | -- | |
| 裂隙灯成像 | Topcon DC-4 数码裂隙灯 | Topcon | -- |
| EZ Capture 图像软件 | -- | -- | |
| ERG | Celeris-Diagnosys ERG 系统 | Diagnosys LLC | -- |
| 托吡卡胺 | -- | -- | |
| 羟丙甲纤维素 | -- | -- | |
| PERG | JORVEC PERG 系统 | Intelligent Hearing Systems | -- |
| OCT, fundus, fluorescein angiography | Micron IV 和 Reveal OCT | Phoenix-Micron | -- |
| Discover 2.4 软件 | Phoenix-Micron | -- | |
| 托吡卡胺 | Somerset Therapeutics | 70069-121-01 | |
| GenTeal 润滑眼凝胶滴眼液 | Alcon | -- | |
| 荧光素血管造影 | 荧光素钠注射液 | Akorn | -- |
| FITC-dextran渗漏试验 | 异硫氰酸荧光素-葡聚糖 | Millipore-Sigma | FD70S |
| 组织学与血管分析 | Hamamatsu S210 NanoZoomer 数字切片扫描仪 | Hamamatsu | -- |
| 血管网消化 | 胰蛋白酶 | ThermoFisher Scientific | 15090046 |
| 血管网染色 | Organo/Limonene Mount 封片剂 | Sigma-Aldrich | O8015 |
| 免疫组化 | 驴血清 | Sigma-Aldrich | D9663 |
| 兔抗RBPMS抗体 | GeneTex | GTX118619 | |
| 驴抗兔Alexa Fluor 568二抗 | Invitrogen | A10042 | |
| Clear-Rite 3 脱蜡剂 | Thermofisher | 6901TS | |
| 抗原修复液 | IHC World | IW-1100 | |
| 兔抗红/绿视蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | AB5405 | |
| 小鼠抗视紫红质抗体[克隆1D4] | Abcam | AB5417 | |
| 驴抗兔Alexa Fluor 647二抗 | Invitrogen | A32795 | |
| 驴抗小鼠Alexa Fluor 647二抗 | Abcam | AB150107 | |
| DAPI | -- | -- | |
| 荧光封片剂 | Polysciences | 18606-20 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 多组学分析 | 品系、年龄(4、12、≥18月龄)、性别、样本数、测序深度、蛋白质组学TMT标记批次 阅读提示:Methods中的Mouse strains and cohort generation, Tissue collection, RNA Isolation and RNA-sequencing, Proteomics; Figure 1 legend |
| 体内眼科检查 | 品系(B6、WSB、NZO)、年龄(4、8、12、18月龄)、性别、麻醉方法、ERG刺激强度、OCT测量位置、荧光素剂量 阅读提示:Methods中的In vivo ophthalmological investigations, ERG, OCT, fundus, fluorescein angiography |
| 视网膜组织学 | 固定液、切片厚度、染色方法、计数区域(中央、中间、周边)、细胞计数阈值 阅读提示:Methods中的Histological analyses, Immunohistochemistry (IHC) analyses |
| 血管评估 | FITC-dextran分子量、灌注方法、血管网消化时间、染色方法、无细胞毛细血管计数标准 阅读提示:Methods中的Fluorescein isothiocyanate–dextran (FITC-dextran) leakage assay, Vascular network isolation, staining, and analysis |
| 统计比较 | 统计检验方法、多重比较校正、显著性阈值 阅读提示:Methods中的Statistics |