建立Csf3rT621I小鼠模型及基因型验证
构建携带Csf3rT621I突变的小鼠模型,并验证其与Asxl1Y588X突变组合后的基因型正确性。
利用转基因技术生成Csf3rT621I小鼠,与Mx1-Cre和Asxl1Y588X小鼠杂交,通过PCR验证重组等位基因和突变等位基因的插入,并通过Western blot检测STAT3/5磷酸化水平。
Dual ASXL1 and CSF3R mutations drive myeloid-biased stem cell expansion and enhance neutrophil differentiation
包含转基因小鼠模型、HoxB8和32Dcl3细胞系体外分化模型,并进行了功能验证(如集落形成、移植)和机制验证(如RNA-seq、ATAC-seq、CUT&Tag)。
Asxl1Y588X/Csf3rT621I双突变小鼠 HoxB8-ER细胞系 32Dcl3细胞系 Ba/F3细胞系
Csf3rT621I等位基因重组后表达,以及Asxl1Y588X等位基因的插入 poly I:C诱导Cre重组的时间点和剂量(12 mg/kg,第1、3、5天,6周龄) HoxB8细胞分化条件:去雌激素48小时 32Dcl3细胞分化条件:IL-3去除并添加G-CSF 3天 骨髓移植实验的照射剂量和移植细胞数
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
构建携带Csf3rT621I突变的小鼠模型,并验证其与Asxl1Y588X突变组合后的基因型正确性。
利用转基因技术生成Csf3rT621I小鼠,与Mx1-Cre和Asxl1Y588X小鼠杂交,通过PCR验证重组等位基因和突变等位基因的插入,并通过Western blot检测STAT3/5磷酸化水平。
评估不同基因型小鼠在衰老和移植后造血干细胞和祖细胞的变化。
通过流式细胞术分析骨髓中LT-HSC、GMP等细胞群在不同时间点(4个月、1年)及连续移植后的比例;进行集落形成单位再接种实验检测自我更新能力。
观察不同基因型小鼠随着年龄增长外周血细胞计数变化及白血病的发生。
使用自动血细胞计数器每4周检测外周血细胞计数,持续约2年;进行外周血涂片分析;记录生存情况并绘制Kaplan-Meier曲线。
在体外模型中验证Asxl1截短突变是否增强CSF3R突变驱动的中性粒细胞分化。
在HoxB8细胞中通过逆转录病毒转导引入Asxl1MT2和/或CSF3RT618I,去除雌激素后分析分化标志物(CD11b和GR1);在CRISPR-Cas9编辑的内源性Asxl1突变的HoxB8和32Dcl3细胞中重复实验;并检测Ly6G表达。
揭示双突变细胞在分化过程中的基因表达变化,寻找关键通路。
在HoxB8细胞去雌激素24小时后提取RNA进行RNA-seq,分析差异表达基因和通路富集,并通过GSEA分析hallmark基因集。
探究双突变对染色质开放性和组蛋白修饰的影响,揭示表观遗传机制。
在HoxB8细胞去雌激素48小时后进行ATAC-seq和CUT&Tag(H3K4me1、H2AK119ub),分析差异开放区域和组蛋白修饰变化,并通过HOMER进行转录因子基序富集分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型 | 聚肌胞苷酸 | Sigma | P1530 |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | 11875119 |
| 胎牛血清 | HyClone | -- | |
| GlutaMAX添加剂 | Gibco | 35050061 | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| 雌激素 | Sigma | E-2758 | |
| 小鼠白细胞介素3 | Peprotech | 213-13 | |
| 粒细胞集落刺激因子 | Peprotech | 250-05 | |
| 支原体检测试剂盒 | Lonza | LT07-118 | |
| 流式细胞术 | 染色缓冲液 | BD Biosciences | 554656 |
| 流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| RNA测序 | RNA提取试剂盒 | Qiagen | 74004 |
| ATAC测序 | 转座酶 | Illumina | 20034197 |
| 洋地黄皂苷 | Sigma | D141 | |
| DNA纯化试剂盒 | Zymo | D4003 | |
| Qubit双链DNA高灵敏度检测试剂盒 | Invitrogen | Q32851 | |
| TapeStation高灵敏度D1000试剂盒 | Agilent | 5067-5585, 5067-5584 | |
| NovaSeq测序仪 | Illumina | -- | |
| CUT&Tag | CUT&Tag试剂盒 | EpiCypher | 14-1102 |
| 兔免疫球蛋白G | EpiCypher | 13-0042t | |
| H3K27me3抗体 | EpiCypher | 13-0055t | |
| H3K4me1抗体 | Cell Signaling Technology | 5326 | |
| H2AK119Ub抗体 | Cell Signaling Technology | 8240 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型构建 | Csf3rT621I等位基因重组验证;poly I:C注射剂量和频率;Asxl1Y588X等位基因存在 阅读提示:Methods: Transgenic mouse models; Figure 1C-E |
| 造血干细胞分析 | 流式细胞术标记方案;分析时间点(4个月、1年);移植条件(照射剂量、移植细胞数) 阅读提示:Methods: Flow cytometry; Results: Asxl1 truncation promotes the expansion of myeloid-biased stem cells; Figure 2 |
| 体外分化实验 | HoxB8细胞去雌激素时间(48小时);32Dcl3细胞G-CSF浓度和培养时间(3天);转染的质粒构建 阅读提示:Methods: Cell culture; Results: Asxl1 mutations enhance CSF3R-driven differentiation; Figure 4A, Figure 6A |
| 转录组分析 | RNA提取时间点(去雌激素24小时);测序平台和参数;差异表达分析标准(Padj < 0.05) 阅读提示:Methods: RNA sequencing; Results: Asxl1 mutations enhance CSF3R-driven differentiation; Figure 4B |
| 表观遗传分析 | ATAC-seq和CUT&Tag的细胞数量和处理时间(去雌激素48小时);抗体信息;数据分析参数 阅读提示:Methods: ATAC sequencing, CUT&Tag; Results: Asxl1 mutations change the epigenetic landscape; Figure 6B-H |