VCP通过特定辅因子调节早期tau种子扩增

VCP regulates early tau seed amplification via specific cofactors

作者信息Sushobhna Batra, Jaime Vaquer-Alicea, Clarissa Valdez, Skyler P Taylor, Victor A Manon, Anthony R Vega, Omar M Kashmer, Sourav Kolay, Andrew Lemoff, Nigel J Cairns, Charles L White 3rd, Marc I Diamond
PMID39773263
发布时间2025-01-07
DOI10.1186/s13024-024-00783-z

实验完整度

包含邻近标记蛋白质组学、细胞模型(HEK293T生物传感器、人神经元)、药理抑制、共因子筛选及脑裂解液验证,并有功能验证和机制探讨。

主要模型

HEK293T tau生物传感器细胞(v2L,P301S) iPSC来源人皮层神经元(i3N) U2OS细胞(用于膜损伤检测)

重点核对

VCP敲低和两种抑制剂(ML-240、NMS-873)对tau播种的相反影响 抑制剂仅在种子暴露后8小时内给药有效 FAF2敲除增加tau播种并诱导自发聚集 ATXN3、NSFL1C、UBE4B敲除减少tau播种 NGLY1、NPLOC4、OTUB1敲低减少tau播种

摘要

背景:神经退行性tau蛋白病可能基于病理性tau组装体的播种(seeding)而进展,即聚集体从一细胞释放,进入相邻或连接的细胞,并在细胞质中作为其自身复制的特异性模板。在复杂的细胞质环境中的播种发生在数小时内,提示存在调节该过程的未知因子。方法:我们使用邻近标记技术鉴定在种子暴露后5小时内控制种子扩增的蛋白质。我们将split-APEX2融合到tau重复结构域(RD)的C端,以在种子诱导的细胞内tau聚集后5小时重建过氧化物酶活性。含缬氨酸蛋白(VCP/p97)是最突出的发现。VCP的显性突变导致两种神经退行性疾病——多系统蛋白病和空泡性tau蛋白病,但其机制作用尚不清楚。我们使用永生化细胞和人神经元研究VCP对tau播种的影响。我们将细胞暴露于原纤维或脑匀浆(在细胞培养基中),并在对VCP进行各种遗传和药理学操作后,测量对摄取和诱导细胞内tau聚集的影响。结果:VCP敲低减少了tau播种。化学抑制剂在HEK293T tau生物传感器细胞和人神经元中对播种有相反作用:ML-240增加播种效率,而NMS-873降低播种效率。抑制剂仅在种子暴露后8小时内给药时才起作用,表明VCP在种子处理早期发挥作用。我们在HEK293T生物传感器细胞中通过基因敲除或敲低筛选了30种VCP辅因子。ATXN3、NSFL1C、UBE4B、NGLY1和OTUB1的降低减少了tau播种,NPLOC4的降低也减少了tau播种,后者还独特地增加了可溶性tau水平。相反,FAF2的降低增加了tau播种。结论:化学抑制剂和辅因子降低对tau播种的不同影响表明VCP调节该过程。这与以VCP为中心的细胞质加工复合物一致,该复合物将种子急性地引导至降解或扩增。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
VCP及其辅因子如何调节tau种子在细胞内的早期扩增?
核心机制
VCP通过影响内体-溶酶体膜完整性(调节种子逃逸)和通过解聚集酶活性切割或降解tau原纤维(调节种子扩增或降解)来双向调节tau播种。
主要证据
邻近标记鉴定VCP;VCP敲低和抑制剂改变播种;辅因子FAF2敲除增加播种,ATXN3等敲除减少播种;抑制剂仅早期有效。
研究意义
揭示VCP在tau种子处理早期的作用,可能为tau蛋白病提供治疗靶点,并提示VCP亚功能调节或辅因子干扰可能是治疗策略。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

邻近标记鉴定VCP

鉴定tau种子暴露早期(5小时)参与种子扩增的蛋白质

用split-APEX2标记tau RD P301S,暴露于tau原纤维5小时后进行生物素化,通过链霉亲和素富集和TMT-MS鉴定候选蛋白。

2

VCP功能验证

验证VCP对tau播种的影响

在v2L生物传感器细胞中敲低VCP或使用化学抑制剂(ML-240、NMS-873)处理,检测tau播种效率。

3

时间窗口分析

确定VCP作用的时期

在不同时间点(0-48小时)添加抑制剂,检测对tau播种的影响。

4

人神经元验证

验证VCP抑制剂在生理相关系统中的效应

在iPSC-derived human neurons中表达tau生物传感器,并用抑制剂处理,检测tau播种。

5

辅因子筛选

鉴定调节tau播种的VCP辅因子

通过CRISPR/Cas9敲除或siRNA敲低30种辅因子,检测对tau播种的影响。

6

脑裂解液播种

确认VCP抑制剂对病理性种子(AD/CBD)的作用

用ML-240和NMS-873处理生物传感器,加入AD和CBD脑裂解液,检测tau播种。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM培养基未明确说明--
胎牛血清未明确说明--
青霉素-链霉素未明确说明--
谷氨酰胺补充剂Thermo Fisher Scientific--
多聚D-赖氨酸Sigma-Aldrich--
生物素酚R&D Systems6241/25
链霉亲和素磁珠Thermo Fisher Scientific88817
胰蛋白酶PromegaV5111
TMT10plex标记试剂Thermo Scientific未明确说明
ML-240Sigma-AldrichSML1071-5MG
NMS-873MedChem ExpressHY-15713
MG132Fisher ScientificS2619
L-亮氨酰-L-亮氨酸甲酯未明确说明--
Lipofectamine 2000Thermo Fisher Scientific未明确说明
Lipofectamine RNAiMAXFisher Scientific13-778-075
TransIT-293转染试剂Fisher ScientificMIR 2700
Gibson组装预混液New England BiolabsE2611S
Esp3I限制性内切酶Thermo Fisher ScientificFD0454
T4 DNA连接酶New England BiolabsM0202L
QIAprep质粒小提试剂盒Qiagen27106
Accutase消化液SigmaA6964
多西环素盐酸盐SigmaD9891
SB431442R&D1614
XAV939Stemgent04-0046
LDN-193189Stemgent04-0074
嘌呤霉素Life TechnologiesA1113803
层粘连蛋白Life Technologies23017-015
Neurobasal培养基Life Technologies21103049
NeuroCult SM1添加剂StemCell Technologies05711
脑源性神经营养因子R&D248-BD-005/CF
Hoechst 33342染料Thermo ScientificH3569
ImageXpress共聚焦高内涵成像系统Molecular Devices未明确说明
RIPA裂解液未明确说明--
抗VCP抗体Abcamab11433
抗FAF2抗体Fisher Scientific16251-1-AP
抗OTUB1抗体Abcamab175200
抗UBE4B抗体Abcamab126759
抗UBXD7抗体EMD MilliporeAB10037
抗ataxin-3抗体Fisher Scientific702788
抗GAPDH抗体Fisher ScientificNB300-221
抗NGLY1多克隆抗体Thermo ScientificA305-547A-T
抗Npl4抗体Cell Signaling Technology13489S
抗NSFL1C多克隆抗体Fisher ScientificPA5-21633
抗Vinculin抗体Fisher ScientificNBP2-41237
抗UBXN6多克隆抗体Thermo ScientificPA5-84520
抗Ufd1抗体Cell Signaling Technology13789S
Pierce 660 nm蛋白定量试剂Fisher Scientific22660
ECL化学发光试剂盒Thermo未明确说明
Venor-GEM支原体检测试剂盒Sigma-AldrichMP0025-1KT
VCP siRNA (SR322176)OriGeneSR322176
ATXN3 siRNA (SR302905)OriGeneSR302905
FAF2 siRNA (SR308083)OriGeneSR308083
NGLY1 siRNA (SR310927)OriGeneSR310927
NPLOC4 siRNA (SR310841)OriGeneSR310841
NSFL1C siRNA (SR311050)OriGeneSR311050
OTUB1 siRNA (SR306958)OriGeneSR306958
UBXN6 siRNA (SR312922)OriGeneSR312922
UBE4B siRNA (SR306958)OriGeneSR306958
PLAA siRNA (SR306209)OriGeneSR306209
RPS27A siRNA (SR304187)OriGeneSR304187
SVIP siRNA (SR316907)OriGeneSR316907
SYVN1 siRNA (SR325336)OriGeneSR325336
UFD1L siRNA (SR305021)OriGeneSR305021
苯zonase核酸酶Sigma-AldrichE1014-5KU
二硫苏糖醇Thermo Fisher Scientific20290
TMT10plex试剂Thermo Scientific未明确说明
Oasis HLB 96孔μElution板Waters--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
生物传感器播种实验
细胞系(v2L)、细胞密度、种子浓度(25 nM)、孵育时间(48小时)、无转染试剂
阅读提示:Methods: Biosensor seeding assay
VCP抑制剂处理
抑制剂浓度:ML-240(1μM)、NMS-873(3μM)、MG132(浓度)、处理时间(1小时预处理后加种子,4小时后洗脱)
阅读提示:Methods: Compound treatments, Results and Figure legends
VCP敲低
siRNA序列、浓度(100 nM)、转染时间(48小时)、敲低效率验证
阅读提示:Methods: siRNA Knockdown, Supplemental Figure 2A
人类神经元实验
iPSC系(i3N)、分化方法、慢病毒MOI(clover 3,ruby 2)、种子浓度(15 nM)、抑制剂浓度(100 nM或1μM)、处理时间(48小时或4小时)
阅读提示:Methods: Differentiation and culturing of human iPSC-derived cortical neurons, Compound treatment and seeding assay in neurons
辅助因子敲除/敲低
CRISPR gRNA序列(Brunello库)、siRNA序列、浓度、筛选时间
阅读提示:Methods: CRISPR/Cas9 Screen for VCP Cofactors, siRNA Knockdown