邻近标记鉴定VCP
鉴定tau种子暴露早期(5小时)参与种子扩增的蛋白质
用split-APEX2标记tau RD P301S,暴露于tau原纤维5小时后进行生物素化,通过链霉亲和素富集和TMT-MS鉴定候选蛋白。
VCP regulates early tau seed amplification via specific cofactors
包含邻近标记蛋白质组学、细胞模型(HEK293T生物传感器、人神经元)、药理抑制、共因子筛选及脑裂解液验证,并有功能验证和机制探讨。
HEK293T tau生物传感器细胞(v2L,P301S) iPSC来源人皮层神经元(i3N) U2OS细胞(用于膜损伤检测)
VCP敲低和两种抑制剂(ML-240、NMS-873)对tau播种的相反影响 抑制剂仅在种子暴露后8小时内给药有效 FAF2敲除增加tau播种并诱导自发聚集 ATXN3、NSFL1C、UBE4B敲除减少tau播种 NGLY1、NPLOC4、OTUB1敲低减少tau播种
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定tau种子暴露早期(5小时)参与种子扩增的蛋白质
用split-APEX2标记tau RD P301S,暴露于tau原纤维5小时后进行生物素化,通过链霉亲和素富集和TMT-MS鉴定候选蛋白。
验证VCP对tau播种的影响
在v2L生物传感器细胞中敲低VCP或使用化学抑制剂(ML-240、NMS-873)处理,检测tau播种效率。
确定VCP作用的时期
在不同时间点(0-48小时)添加抑制剂,检测对tau播种的影响。
验证VCP抑制剂在生理相关系统中的效应
在iPSC-derived human neurons中表达tau生物传感器,并用抑制剂处理,检测tau播种。
鉴定调节tau播种的VCP辅因子
通过CRISPR/Cas9敲除或siRNA敲低30种辅因子,检测对tau播种的影响。
确认VCP抑制剂对病理性种子(AD/CBD)的作用
用ML-240和NMS-873处理生物传感器,加入AD和CBD脑裂解液,检测tau播种。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | 未明确说明 | -- |
| 胎牛血清 | 未明确说明 | -- | |
| 青霉素-链霉素 | 未明确说明 | -- | |
| 谷氨酰胺补充剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 多聚D-赖氨酸 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 蛋白质组学 | 生物素酚 | R&D Systems | 6241/25 |
| 链霉亲和素磁珠 | Thermo Fisher Scientific | 88817 | |
| 胰蛋白酶 | Promega | V5111 | |
| TMT10plex标记试剂 | Thermo Scientific | 未明确说明 | |
| 细胞处理 | ML-240 | Sigma-Aldrich | SML1071-5MG |
| NMS-873 | MedChem Express | HY-15713 | |
| MG132 | Fisher Scientific | S2619 | |
| L-亮氨酰-L-亮氨酸甲酯 | 未明确说明 | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 2000 | Thermo Fisher Scientific | 未明确说明 |
| Lipofectamine RNAiMAX | Fisher Scientific | 13-778-075 | |
| TransIT-293转染试剂 | Fisher Scientific | MIR 2700 | |
| 克隆和载体构建 | Gibson组装预混液 | New England Biolabs | E2611S |
| Esp3I限制性内切酶 | Thermo Fisher Scientific | FD0454 | |
| T4 DNA连接酶 | New England Biolabs | M0202L | |
| QIAprep质粒小提试剂盒 | Qiagen | 27106 | |
| 神经元分化 | Accutase消化液 | Sigma | A6964 |
| 多西环素盐酸盐 | Sigma | D9891 | |
| SB431442 | R&D | 1614 | |
| XAV939 | Stemgent | 04-0046 | |
| LDN-193189 | Stemgent | 04-0074 | |
| 嘌呤霉素 | Life Technologies | A1113803 | |
| 层粘连蛋白 | Life Technologies | 23017-015 | |
| Neurobasal培养基 | Life Technologies | 21103049 | |
| NeuroCult SM1添加剂 | StemCell Technologies | 05711 | |
| 脑源性神经营养因子 | R&D | 248-BD-005/CF | |
| 成像 | Hoechst 33342染料 | Thermo Scientific | H3569 |
| ImageXpress共聚焦高内涵成像系统 | Molecular Devices | 未明确说明 | |
| 免疫印迹 | RIPA裂解液 | 未明确说明 | -- |
| 抗VCP抗体 | Abcam | ab11433 | |
| 抗FAF2抗体 | Fisher Scientific | 16251-1-AP | |
| 抗OTUB1抗体 | Abcam | ab175200 | |
| 抗UBE4B抗体 | Abcam | ab126759 | |
| 抗UBXD7抗体 | EMD Millipore | AB10037 | |
| 抗ataxin-3抗体 | Fisher Scientific | 702788 | |
| 抗GAPDH抗体 | Fisher Scientific | NB300-221 | |
| 抗NGLY1多克隆抗体 | Thermo Scientific | A305-547A-T | |
| 抗Npl4抗体 | Cell Signaling Technology | 13489S | |
| 抗NSFL1C多克隆抗体 | Fisher Scientific | PA5-21633 | |
| 抗Vinculin抗体 | Fisher Scientific | NBP2-41237 | |
| 抗UBXN6多克隆抗体 | Thermo Scientific | PA5-84520 | |
| 抗Ufd1抗体 | Cell Signaling Technology | 13789S | |
| 蛋白质检测 | Pierce 660 nm蛋白定量试剂 | Fisher Scientific | 22660 |
| ECL化学发光试剂盒 | Thermo | 未明确说明 | |
| 细胞培养 | Venor-GEM支原体检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | MP0025-1KT |
| siRNA敲低 | VCP siRNA (SR322176) | OriGene | SR322176 |
| ATXN3 siRNA (SR302905) | OriGene | SR302905 | |
| FAF2 siRNA (SR308083) | OriGene | SR308083 | |
| NGLY1 siRNA (SR310927) | OriGene | SR310927 | |
| NPLOC4 siRNA (SR310841) | OriGene | SR310841 | |
| NSFL1C siRNA (SR311050) | OriGene | SR311050 | |
| OTUB1 siRNA (SR306958) | OriGene | SR306958 | |
| UBXN6 siRNA (SR312922) | OriGene | SR312922 | |
| UBE4B siRNA (SR306958) | OriGene | SR306958 | |
| PLAA siRNA (SR306209) | OriGene | SR306209 | |
| RPS27A siRNA (SR304187) | OriGene | SR304187 | |
| SVIP siRNA (SR316907) | OriGene | SR316907 | |
| SYVN1 siRNA (SR325336) | OriGene | SR325336 | |
| UFD1L siRNA (SR305021) | OriGene | SR305021 | |
| 蛋白质组学 | 苯zonase核酸酶 | Sigma-Aldrich | E1014-5KU |
| 二硫苏糖醇 | Thermo Fisher Scientific | 20290 | |
| TMT10plex试剂 | Thermo Scientific | 未明确说明 | |
| Oasis HLB 96孔μElution板 | Waters | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物传感器播种实验 | 细胞系(v2L)、细胞密度、种子浓度(25 nM)、孵育时间(48小时)、无转染试剂 阅读提示:Methods: Biosensor seeding assay |
| VCP抑制剂处理 | 抑制剂浓度:ML-240(1μM)、NMS-873(3μM)、MG132(浓度)、处理时间(1小时预处理后加种子,4小时后洗脱) 阅读提示:Methods: Compound treatments, Results and Figure legends |
| VCP敲低 | siRNA序列、浓度(100 nM)、转染时间(48小时)、敲低效率验证 阅读提示:Methods: siRNA Knockdown, Supplemental Figure 2A |
| 人类神经元实验 | iPSC系(i3N)、分化方法、慢病毒MOI(clover 3,ruby 2)、种子浓度(15 nM)、抑制剂浓度(100 nM或1μM)、处理时间(48小时或4小时) 阅读提示:Methods: Differentiation and culturing of human iPSC-derived cortical neurons, Compound treatment and seeding assay in neurons |
| 辅助因子敲除/敲低 | CRISPR gRNA序列(Brunello库)、siRNA序列、浓度、筛选时间 阅读提示:Methods: CRISPR/Cas9 Screen for VCP Cofactors, siRNA Knockdown |