建立衰老细胞模型
诱导和表征复制性衰老细胞,确保细胞处于明确的衰老状态。
通过连续传代培养人MRC5成纤维细胞至生长停滞,检测SA-β-Gal阳性率、EdU阴性率、DNA损伤及衰老相关基因表达。
A ganglioside-based immune checkpoint enables senescent cells to evade immunosurveillance during aging
包含体外细胞共培养、体内Matrigel plug、多种小鼠疾病模型(肺纤维化、肝纤维化、肾损伤、衰老模型)以及RNA-seq、质谱等多层级证据,并有功能验证(敲低/过表达ST8SIA1)和机制验证(Siglec-7、RIP140/PGC-1α/ERRα通路)。
人胚肺成纤维细胞MRC5复制性衰老模型 小鼠胚胎成纤维细胞(MEF)辐射诱导衰老模型 博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型 自然衰老小鼠模型(18月龄)
衰老细胞GD3表达水平与NK细胞脱颗粒抑制的对应关系 ST8SIA1敲低或过表达对NK细胞杀伤功能的影响 抗GD3抗体体内治疗对纤维化及衰老相关病理的改善作用 Siglec-7受体与GD3的结合及其在NK抑制中的作用 衰老细胞导致NK细胞对YAC-1肿瘤细胞杀伤功能下降
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
诱导和表征复制性衰老细胞,确保细胞处于明确的衰老状态。
通过连续传代培养人MRC5成纤维细胞至生长停滞,检测SA-β-Gal阳性率、EdU阴性率、DNA损伤及衰老相关基因表达。
评估衰老细胞对NK细胞募集和功能的影响。
使用Matrigel plug实验检测体内免疫细胞浸润,使用transwell迁移实验检测体外NK细胞趋化,使用共培养实验检测NK细胞脱颗粒和杀伤功能。
寻找衰老细胞表面介导免疫抑制的分子。
通过质谱分析糖脂组成,发现GD3在衰老细胞中显著上调;通过流式细胞术和免疫荧光确认GD3表达;通过qPCR检测ST8SIA1表达。
证明GD3是衰老细胞抑制NK细胞功能所必需的。
通过敲低ST8SIA1(shRNA)或神经氨酸酶处理去除GD3,检测NK细胞脱颗粒是否恢复;通过过表达ST8SIA1使年轻细胞表达GD3,检测其是否获得抑制能力。
评估GD3表达在纤维化及衰老相关疾病中的作用。
在博来霉素诱导的肺纤维化模型、西方饮食诱导的肝纤维化、阿霉素诱导的肾损伤模型中,检测GD3+衰老细胞与病理的相关性;使用抗GD3抗体治疗,评估其对疾病进展的影响。
测试靶向GD3是否能改善年龄相关疾病。
在肺纤维化小鼠模型和自然衰老小鼠(18月龄)中,给予抗GD3单克隆抗体治疗,评估纤维化程度、骨重塑和NK细胞功能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 21885108 |
| RPMI 1640培养基 | Thermo Fisher Scientific | 61870044 | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Invitrogen | -- | |
| 多西环素盐酸盐 | Sigma-Aldrich | D9891 | |
| 4-羟基他莫昔芬 | Sigma-Aldrich | H7904 | |
| 细胞衰老诱导 | Nutlin 3a | -- | -- |
| 博来霉素 | Sigma-Aldrich | B8416-15UN | |
| 阿非迪霉素 | -- | -- | |
| CCN1蛋白 | -- | -- | |
| 动物实验 | 基质胶(生长因子减少型) | Corning | 354230 |
| 分散酶 | Corning | 354235 | |
| 胶原酶A | Roche | -- | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Roche | 05952077103 | |
| 聚肌胞苷酸 | Invivogen | tlrl-pic-5 | |
| 盐酸多柔比星 | Sigma-Aldrich | D1515 | |
| 抗GD3抗体 | Abcam | 11779 | |
| AF647偶联抗GD3抗体 | BIOTEM | -- | |
| 免疫荧光 | 抗GD3单克隆抗体(R24) | Abcam | 11779 |
| FITC标记二抗 | Jackson ImmunoResearch | 115-095-003 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Sigma-Aldrich | -- |
| BCA蛋白检测试剂盒 | Interchim | -- | |
| 抗ST8SIA1抗体 | R&D Systems | -- | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | -- | |
| qRT-PCR | TRIzol试剂 | Sigma-Aldrich | T9424 |
| High-Capacity RNA-to-cDNA试剂盒 | Applied Biosystems | 4388950 | |
| Fast Start通用SYBR Green | Roche | 491391401 | |
| RNA-seq(细胞系) | TRI试剂 | Sigma-Aldrich | -- |
| ELISA | GD3 ELISA试剂盒 | CUSABIO | CSB-EQ027866HU |
| 共培养实验 | 莫能菌素 | BD Biosciences | 554724 |
| 布雷非德菌素A | BD Biosciences | 555029 | |
| GolgiPlug | BD Biosciences | 555029 | |
| Ficoll分离液 | Eurobio | CMSMSL01-0U | |
| 白细胞介素-15 | PeproTech | 200-15 | |
| 细胞杀伤实验 | 钙黄绿素-AM | Molecular Probes | 11524277 |
| 吲哚美辛 | Sigma-Aldrich | 405268 | |
| 代谢抑制实验 | SR18292 | Sigma-Aldrich | SML2146 |
| XCT790 | Sigma-Aldrich | X4753 | |
| RNA-seq(肺组织) | 巴弗洛霉素A1 | Sigma-Aldrich | -- |
| 衰老检测试剂盒 | Abcam | -- | |
| TCL裂解液 | Qiagen | -- | |
| 单细胞RNA纯化试剂盒 | Norgen | -- | |
| SMART-Seq链特异性哺乳动物单细胞试剂盒 | Takara/Clontech | -- | |
| 微量RNA-seq | 超灵敏RNA试剂盒 | Agilent | -- |
| Femto Pulse系统 | Agilent | -- | |
| Heat&Run gDNA去除试剂盒 | Qiagen | -- | |
| 离体再刺激实验 | 美天旎肺组织解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-905-927 |
| 组织学 | 抗p16抗体 | Abcam | ab54210 |
| 抗p21抗体 | Abcam | ab188224 | |
| 生物素化抗鼠IgG(MOM试剂盒) | Vector Laboratories | BMK-2202 | |
| 链霉亲和素-Cy3 | Jackson ImmunoResearch | 016-160-084 | |
| ABC-HRP试剂盒 | Vector Laboratories | PK-6100 | |
| DAB底物 | Vector Laboratories | SK-4100 | |
| Vector抗原修复液 | Vector Laboratories | H3300 | |
| 蛋白质印迹 | Mini-Protean TGX预制胶 | Bio-Rad | -- |
| Amersham Hybond-P PVDF膜 | GE Healthcare | -- | |
| ECL化学发光试剂盒 | GE Healthcare | -- | |
| 成像 | ImageStreamX成像流式细胞仪 | -- | -- |
| 共聚焦激光扫描显微镜 | Leica | TCS SP5-II | |
| BD FACSAria III流式细胞分选仪 | BD Biosciences | -- | |
| BioTek Cytation 5多功能酶标仪 | Agilent | -- | |
| eXplore speCZT CT120微型CT | GE Healthcare | -- | |
| SkyScan 1176微型CT | Bruker | -- | |
| TapeStation 4200自动化电泳系统 | Agilent | -- | |
| Qubit 4荧光计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| NanoDrop微量分光光度计 | -- | -- | |
| Bioanalyzer生物分析仪 | Agilent | -- | |
| 测序 | DNBSEQ测序平台 | BGI Genomics | -- |
| NovaSeq测序平台 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 衰老细胞模型建立 | MRC5细胞复制性衰老的连续传代次数,以及SA-β-Gal+和EdU-细胞比例 阅读提示:Methods: Induction of senescence |
| NK细胞共培养实验 | NK细胞与衰老细胞的效应靶比,共培养时间,以及是否加入monensin和brefeldin 阅读提示:Methods: Mouse co-culture experiment, Human co-culture experiment |
| Matrigel plug实验 | 接种细胞数量、Matrigel用量、植入天数、小鼠品系和性别 阅读提示:Methods: Animals—Matrigel plug assays |
| 肺纤维化模型 | 博来霉素剂量(2.5 U/kg)、给药途径(气管内),以及观察时间点(d27) 阅读提示:Methods: Bleomycin-induced lung fibrosis |
| 抗GD3治疗 | 抗GD3抗体剂量(150 μg/次)、给药频率(每15天一次)和疗程(6次) 阅读提示:Methods: Anti-GD3 treatment in old mice |
| GD3检测 | 使用的抗体克隆号、浓度、孵育条件,以及是否使用AF647偶联抗体 阅读提示:Methods: Immunofluorescence, Flow cytometry |