检测MASLD中整体蛋白巴豆酰化水平
探究MASLD中蛋白巴豆酰化修饰是否改变。
对MASLD患者(Grade 2/3)和健康人肝组织、WD喂养小鼠(4/8/12周)和正常饮食小鼠肝组织、以及HepG2细胞OA/PA处理模型,通过IHC、Western blot和免疫荧光检测整体巴豆酰化水平。
Augmenter of Liver Regeneration Crotonylation Assists in Mitochondria-ER Contact to Alleviate Hepatic Steatosis
包含患者样本(MASLD肝组织)、小鼠模型(WD喂养、AAV介导过表达)、细胞模型(HepG2脂质蓄积模型)多个证据层级,并进行了功能验证和机制验证(Co-IP、透射电镜、线粒体功能检测等)。
MASLD患者肝组织 Western diet喂养的C57BL/6J小鼠 HepG2细胞脂质蓄积模型 AAV-ALR或AAV-ALRK78R转染的WD喂养小鼠
ALR K78位点巴豆酰化修饰水平(通过Co-IP和NaCr处理验证) HDAC1/2和KAT8表达水平及其对ALR巴豆酰化的调控 ALR与MFN2的相互作用(Co-IP) 线粒体-内质网接触距离(透射电镜)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究MASLD中蛋白巴豆酰化修饰是否改变。
对MASLD患者(Grade 2/3)和健康人肝组织、WD喂养小鼠(4/8/12周)和正常饮食小鼠肝组织、以及HepG2细胞OA/PA处理模型,通过IHC、Western blot和免疫荧光检测整体巴豆酰化水平。
验证ALR是否发生巴豆酰化,并鉴定调控ALR巴豆酰化的酶。
利用Co-IP检测ALR巴豆酰化;结合质谱和文献预测HDAC1/2和KAT8为候选酶,并通过Co-IP和免疫荧光验证相互作用;过表达或敲低HDAC1/2或KAT8,以及使用抑制剂TSA和MG149处理,检测ALR巴豆酰化变化。
探究ALR巴豆酰化水平变化是否影响肝细胞脂质蓄积。
在HepG2细胞脂质蓄积模型中,通过过表达或敲低HDAC1/2和KAT8来改变ALR巴豆酰化,或转染ALRWT和ALRK78R,检测脂质沉积(ORO染色)和TG含量。
确定ALR巴豆酰化的关键赖氨酸残基。
构建ALR的9个赖氨酸位点突变体(K78R等),通过Co-IP检测突变体巴豆酰化水平;用NaCr处理ALRWT和ALRK78R检测巴豆酰化;检测ALRK78R的线粒体定位和脂质蓄积影响。
探究ALR K78位点巴豆酰化缺失对线粒体形态和功能的影响。
在HepG2细胞脂质蓄积模型中,比较转染ALRWT和ALRK78R的线粒体形态(激光共聚焦)、ROS含量、SOD活性、ATP合成、线粒体呼吸链蛋白表达和线粒体膜电位(JC-1)。
探究ALR巴豆酰化缺失是否影响ALR与MFN2的结合及线粒体-内质网接触。
通过Co-IP检测ALR与MFN2的相互作用,包括内源性和外源性;在WD小鼠和细胞模型中检测ALR-MFN2相互作用;比较ALRWT和ALRK78R突变体与MFN2的结合;通过激光共聚焦检测线粒体和ER的共定位,透射电镜检测MAM距离。
在动物模型中验证ALR巴豆酰化缺失对MASLD进展的影响。
构建AAV8载体表达ALRWT或ALRK78R,通过尾静脉注射到WD喂养的C57BL/6J小鼠,检测肝脏脂质沉积(H&E、ORO)、肝脂质及血清生化指标、线粒体功能蛋白表达和氧化应激指标(MDA、SOD)。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | Vazyme | F103 | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000008 | |
| TurboFect转染试剂 | ThermoFisher | R0531 | |
| 动物实验 | 西方饮食 | Dyets | D18061501 |
| D-果糖 | Sigma-Aldrich | G8270 | |
| D-葡萄糖 | Sigma-Aldrich | F0127 | |
| RNA提取 | FastPure细胞/组织总RNA提取试剂盒 | Vazyme | RC112 |
| 反转录 | HiScript QRT Super mix反转录试剂盒 | Vazyme | R123-01 |
| qPCR | SYBR Green 预混液 | Vazyme | -- |
| 免疫沉淀 | 蛋白酶抑制剂 | TransGen Biotech | DI101-01 |
| 线粒体提取 | 线粒体提取试剂盒 | Solarbio | SM-0020 |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1染料 | MedChemExpress | HY-15534 |
| 活性氧检测 | 活性氧检测试剂盒 | Beyotime | S0033S |
| SOD活性检测 | 总超氧化物歧化酶检测试剂盒(WST-8法) | Beyotime | S0101S |
| ATP检测 | CellTiter-Glo发光细胞活力检测试剂盒 | Promega | G7570 |
| 油红O染色 | 改良油红O染色试剂盒 | Beyotime | C0157MB |
| 脂质处理 | 油酸 | Sigma-Aldrich | O1008 |
| 棕榈酸 | Sigma-Aldrich | P5585 | |
| 抑制剂处理 | 曲古抑菌素A | -- | -- |
| MG149 | -- | -- | |
| 抗体 | 抗ALR抗体 | Proteintech | 11293 |
| 抗Flag抗体 | MBL International | M185-3L | |
| 抗Myc抗体 | Cell Signaling Technology | 2272S | |
| 抗巴豆酰赖氨酸抗体 | PTM Biolabs | PTM-501 | |
| 抗HDAC1抗体 | PTM Biolabs | PTM-6409 | |
| 抗HDAC2抗体 | ABclonal | 19626 | |
| 抗KAT8抗体 | ABclonal | A3390 | |
| 抗MFN2抗体 | Proteintech | 12186-1-AP | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 14794 | |
| 山羊抗兔IgG-HRP | Proteintech | SA00001-2 | |
| 山羊抗小鼠IgG-HRP | Proteintech | SA00001-1 | |
| 兔IgG | Proteintech | B900610 | |
| 山羊抗小鼠IgG重链-HRP | EasyBio | BEO104-100 | |
| 山羊抗兔IgG轻链-HRP | EasyBio | BEO107-100 | |
| 抗ATPS-β抗体 | Proteintech | 17247 | |
| 抗NDUFB8抗体 | Proteintech | 14794 | |
| 山羊抗小鼠IgG(H+L)交叉吸附二抗,Alexa Fluor 488 | Thermo Scientific | A11001 | |
| 山羊抗兔IgG(H+L)交叉吸附二抗,Alexa Fluor 594 | Thermo Scientific | A32740 | |
| 流式细胞术 | NovoCyte流式细胞仪 | ACEA | -- |
| 酶标仪 | Spectra MAX 190酶标仪 | -- | -- |
| 多功能酶标仪 | 多功能酶标仪 | TECAN | -- |
| 激光共聚焦显微镜 | Leica TCS-NT SP8激光共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| 倒置光学显微镜 | Leica-DME倒置光学显微镜 | Leica | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人体样本收集 | 样本来源、MASLD诊断标准、脂肪变性分级(Grade 2/3)、健康对照来源 阅读提示:Methods: Human Study |
| 细胞培养与脂质蓄积模型 | 细胞系(HepG2, HEK293T)、培养基及血清浓度、OA/PA浓度和比例、处理时间 阅读提示:Methods: Cell Culture; ORO Staining for Hepatic Tissue Sections and HepG2 Cells |
| Western diet诱导MASLD模型 | 小鼠品系(C57BL/6J)、性别(雄性)、年龄(8周龄)、饮食配方(D18061501, Dyets)及高糖溶液浓度、喂养时间(4, 8, 12周) 阅读提示:Methods: Mouse Models |
| AAV介导的基因递送 | AAV血清型(AAV8)、载体构建、病毒滴度(10^12 VG/mL)、注射剂量(2 × 10^11 VG/只)和途径(尾静脉)、小鼠周龄 阅读提示:Methods: Construction of Mouse AAV8 Vector |
| ALR巴豆酰化检测 | Co-IP实验抗体(抗ALR, 抗Crotonyllysine)、细胞裂解液成分、NaCr处理浓度 阅读提示:Methods: Immunoprecipitation and Immunoblotting; Figure 4 |
| 线粒体功能检测 | 线粒体提取试剂盒、JC-1浓度和处理时间、ROS检测试剂盒、SOD检测试剂盒、ATP检测试剂盒 阅读提示:Methods: Isolation of Mitochondria and Detection by the Membrane Potential Assay; ROS Content and SOD Activity Detections; Adenosine Triphosphate Assay |