检测VSMCs中有氧HIF1α的组成性激活
验证在常氧条件下,原代血管平滑肌细胞是否表达HIF1α,并与其他细胞类型比较。
通过免疫印迹检测9种细胞的HIF1α蛋白水平;通过共聚焦显微镜观察亚细胞定位;通过Seahorse测定糖酵解速率;通过RT-qPCR检测靶基因mRNA。
Branched-chain α-ketoacids aerobically activate HIF1α signalling in vascular cells
包含体外原代细胞培养、条件培养基实验、代谢物鉴定、机制研究(PHD2活性、L2HG)、基因沉默、动物模型(MCT、低氧、Sugen5416+低氧)和患者样本分析等多个独立证据层级。
人肺动脉平滑肌细胞(PASMCs) 人主动脉平滑肌细胞(AoSMCs) 大鼠PAH模型(MCT、低氧、Sugen5416+低氧) 特发性肺动脉高压(IPAH)患者肺组织和PASMCs
BCKAs浓度为100μM KIC、50μM KIV/KMV 处理时间为8小时 HIF1α敲低验证 PHD2活性测定(IC50约252μM)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证在常氧条件下,原代血管平滑肌细胞是否表达HIF1α,并与其他细胞类型比较。
通过免疫印迹检测9种细胞的HIF1α蛋白水平;通过共聚焦显微镜观察亚细胞定位;通过Seahorse测定糖酵解速率;通过RT-qPCR检测靶基因mRNA。
测试条件培养基是否能在常氧下诱导HIF1α,并验证其依赖性。
收集PASMCs的条件培养基,应用于新鲜PASMCs,检测HIF1α蛋白和靶基因表达;并用siRNA敲低HIF1α验证其必要性。
识别CM中有效的旁分泌因子。
通过LC-MS代谢组学分析CM,筛选潜在代谢物;并通过热处理和蛋白酶K处理、分子量分级排除蛋白质;通过候选代谢物处理验证。
确定BCKAs稳定HIF1α的机制。
通过PHD2活性测定、分子对接模拟、L2HG水平测定和基因沉默(LDHA、L2HGDH)验证机制。
研究BCKAs激活HIF1α后对细胞代谢的影响。
通过LC-MS代谢组学分析代谢物变化,Seahorse测定糖酵解,乳酸测定,并敲低HIF1α验证依赖性。
研究BCKAs是否促进PASMCs的合成表型转换。
通过RT-qPCR和免疫印迹检测合成标记基因(VIM、COL1A1、COL4),通过共聚焦显微镜评估胶原合成,通过胶原凝胶收缩实验评估收缩功能,并通过基因敲除验证。
探索BCKA代谢异常是否与PAH病理相关。
在PAH患者和动物模型中检测BCKA代谢酶的表达,BCKA和HIF1α水平,并分析相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | SmBM-2培养基 | Lonza | CC-3181 |
| SingleQuots添加剂 | Lonza | CC-4149 | |
| EBM-2培养基 | Lonza | CC-3156 | |
| EGM-2 BulletKit | Lonza | CC-4176 | |
| EGM-2MV BulletKit | Lonza | CC-4147 | |
| FGM-2生长培养基 | Lonza | CC-3131 | |
| DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11965092 | |
| RPMI-1640培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11875119 | |
| 代谢物处理 | α-酮异戊酸(钠盐) | Thermo Fisher Scientific | AC189720050 |
| α-酮异己酸(钠盐) | Sigma | K0629-1G | |
| α-酮异己酸(酸形式) | Sigma | 68255-1G | |
| α-酮-β-甲基戊酸(钠盐) | Sigma | K7125-5G | |
| 丁酸钠 | Sigma | B5887-1G | |
| 3-羟基异丁酸 | Sigma | 36105-250MG | |
| β-羟基丁酸 | Sigma | 21822 | |
| 乳酸钠 | Sigma | 1614308 | |
| MG132 | Sigma | M7449-200UL | |
| 蛋白酶K | Sigma | P2308 | |
| 野百合碱 | Sigma | C2401-1G | |
| 细胞处理 | 转化生长因子β | PeproTech | 100-21 |
| 血小板衍生生长因子-BB | R&D Systems | 220-BB-010 | |
| 动物实验 | Sugen5416 | APExBIO | A3847 |
| 细胞培养 | 无氨基酸DMEM | US Biological | D9800-13 |
| 原代人肺动脉平滑肌细胞 | Lonza | CC-2581 | |
| 人肺动脉内皮细胞 | Lonza | CC-2530 | |
| 人主动脉平滑肌细胞 | Lonza | CC-2571 | |
| 人主动脉内皮细胞 | Lonza | CC-2535 | |
| 人冠状动脉平滑肌细胞 | Lonza | CC-2583 | |
| 人冠状动脉内皮细胞 | Lonza | CC-2585 | |
| 人脐静脉内皮细胞 | Lonza | C2517A | |
| 人肺微血管内皮细胞 | Lonza | CC-2527 | |
| 人肺成纤维细胞 | Lonza | CC-2512 | |
| 人正常真皮成纤维细胞 | Lonza | CC-2511 | |
| THP1细胞 | ATCC | TIB-202 | |
| HeLa细胞 | ATCC | CRM-CCL2 | |
| H9c2细胞 | ATCC | CRL-1446 | |
| 胎盘周细胞 | PromoCell | C-12980 | |
| siRNA转染 | ON-TARGETplus siRNA | Dharmacon | L-004018-00-0005 |
| Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Life Technologies | 13778-150 | |
| RT-qPCR | RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | 74106 |
| High Capacity cDNA反转录试剂盒 | Applied Biosystems | 4368813 | |
| TaqMan引物 | -- | -- | |
| 免疫印迹 | RIPA裂解液 | Santa Cruz Biotech | sc-24948 |
| 抗HIF1α抗体 | BD Biosciences | 610958 | |
| 抗BCAT1抗体 | BD Biosciences | 611271 | |
| 抗BCAT2抗体 | Cell Signaling Technology | 9432 | |
| 抗LDHA抗体 | Cell Signaling Technology | 2012 | |
| 抗MDH2抗体 | Cell Signaling Technology | 11908 | |
| 抗PHD2抗体 | Cell Signaling Technology | 3293 | |
| 抗pVHL抗体 | Cell Signaling Technology | 68547 | |
| 抗羟化HIF1α-Pro564抗体 | Cell Signaling Technology | 3434 | |
| 抗VIM抗体 | Cell Signaling Technology | 5741 | |
| 抗磷酸化BCKDH-E1α Ser293抗体 | Cell Signaling Technology | 40368 | |
| 抗COL1A1抗体 | Novus Biologicals | NBP1-30054 | |
| 抗COL4抗体 | Novus Biologicals | NB120-6586 | |
| 抗HIF2α抗体 | Novus Biologicals | NB100-122 | |
| 抗大鼠BCAT1抗体 | Proteintech | 13640-1-AP | |
| 抗大鼠BCAT2抗体 | Proteintech | 16417-1-AP | |
| 抗PFKFB3抗体 | Proteintech | 13763-1-AP | |
| 抗BCKDK抗体 | Santa Cruz Biotech | sc-374424 | |
| 抗MDH1抗体 | Abcam | ab175455 | |
| 抗PDK1抗体 | Enzo Life Sciences | ADI-KAP-PK112-D | |
| 抗BCKDHA1抗体 | Bethyl Laboratories | A303-790A | |
| 抗β-actin抗体 | Santa Cruz Biotech | sc-47778 | |
| 代谢物测定 | 乳酸检测试剂盒 | Cayman Chemical | 700510 |
| KGDH活性检测试剂盒 | Abcam | ab185440 | |
| 13C6标记的KIC同位素 | Cambridge Isotope Laboratories | CLM-4785-0.1 | |
| 仪器 | Q Exactive质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Vanquish超高效液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 1260 Infinity II液相色谱系统 | Agilent | -- | |
| Seahorse XF分析仪 | Agilent | -- | |
| SpectraMax i3x酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| EnVision多功能酶标仪 | PerkinElmer | -- | |
| ChemiDoc Touch成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| Zeiss LSM 800 Airyscan共聚焦显微镜 | Zeiss | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞类型、培养基、添加剂、传代数、培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Methods: Cell culture and treatments |
| BCKA处理 | BCKAs浓度(KIC 100μM,KIV/KMV 50μM)、处理时间(8小时)、溶剂对照 阅读提示:Results: BCKAs mediate paracrine activation of HIF1α signalling; Methods: Cell culture and treatments |
| HIF1α敲低 | siRNA序列、转染试剂、敲低效率 阅读提示:Methods: Gene silencing by siRNAs |
| PHD2活性测定 | 酶浓度、底物浓度、抑制剂浓度(BCKAs 250μM)、反应时间 阅读提示:Methods: Determination of PHD2 enzymatic activity |
| 动物模型 | 大鼠品系、性别(雄性)、给药方式(MCT 60mg/kg,Sugen5416 20mg/kg)、低氧条件(10% O2,21天) 阅读提示:Methods: Animal models of PAH |