m6A修饰谱分析
比较SGGH和DGGH的m6A修饰差异,寻找关键调节因子
对8例SGGH和8例DGGH样本进行MeRIP-seq和RNA-seq,分析m6A峰和基因表达;通过ELISA验证m6A水平差异。
FTO-mediated DSP m6A demethylation promotes an aggressive subtype of growth hormone-secreting pituitary neuroendocrine tumors
体外细胞模型(GH3和原代细胞)和体内动物模型验证功能,结合m6A-seq和MeRIP-seq,以及类器官和患者样本验证,功能验证和机制验证充分。
GH3细胞系 原代培养的人生长激素分泌性垂体神经内分泌肿瘤细胞 BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型 患者来源的类器官(PDO)
SGGH和DGGH分类依据纤维小体(>70%纤维小体模式) FTO敲低和过表达效率验证(qPCR和Western blot) 缺氧条件(1% O2)下细胞凋亡测定 奥曲肽(OCT)和FB23-2处理浓度(OCT 100 nM,FB23-2 4 μM) 动物实验每组5只,注射3×10^6 GH3细胞,OCT 50 μg/kg腹腔注射
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较SGGH和DGGH的m6A修饰差异,寻找关键调节因子
对8例SGGH和8例DGGH样本进行MeRIP-seq和RNA-seq,分析m6A峰和基因表达;通过ELISA验证m6A水平差异。
确定导致m6A水平差异的关键酶
基于测序和外部数据集分析m6A调节酶表达,在细胞中验证FTO对m6A水平的影响。
验证SGGH中桥粒组织下调,并探讨FTO对其调控
通过基因表达富集分析、PCA和ROC分析桥粒组织相关基因;在细胞中检测FTO扰动对桥粒相关基因和蛋白的影响。
阐明FTO通过m6A修饰调控DSP表达的机制
通过MeRIP-qPCR验证DSP的m6A水平;通过RNA稳定性和RIP实验验证FMR1结合DSP mRNA。
探究FTO对缺氧耐受性和纤维小体形成的影响
在常氧和缺氧条件下检测细胞凋亡;电镜观察纤维小体密度。
评估FTO抑制对GH分泌和奥曲肽敏感性的影响
在细胞、类器官和动物模型中检测FTO敲低或FB23-2处理对SSTR2、GH水平和奥曲肽敏感性的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| MeRIP-seq文库构建 | m6A特异性抗体 | Synaptic Systems | 202003 |
| MeRIP实验 | riboMeRIP™ m6A转录组分析试剂盒 | Ribobio | C11051-1 |
| m6A定量检测 | EpiQuik m6A RNA甲基化定量试剂盒 | Epigentek | -- |
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Epizyme Biotech | PC101 |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白质定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Western blot | PVDF膜 | -- | -- |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V Alexa Fluor 647/7AAD凋亡检测试剂盒 | 4 A Biotech | FXP147 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | DOJINDO | CK04 |
| 药物处理 | FB23-2 | MCE | HY-127103 |
| 奥曲肽 | MCE | HY-P0036 | |
| 生长激素检测 | 生长激素ELISA试剂盒(大鼠/小鼠) | Millipore | EZRMGH |
| 生长激素ELISA试剂盒(人) | Elabscience | E-EL-H0177 | |
| 类器官培养与药物筛选 | 基质胶 | -- | -- |
| CellTiter-Glo 2.0试剂 | Promega | -- | |
| 免疫组织化学 | Dako REAL EnVision HRP兔/鼠二抗 | DAKO | K5007 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集与分型 | SGGH与DGGH分类标准:纤维小体模式>70%为SGGH;样本量:39例DGGH和30例SGGH用于验证,8例DGGH和8例SGGH用于测序 阅读提示:Methods - Samples preparation |
| 细胞培养 | GH3细胞培养基:DMEM高糖+10% FBS;原代细胞培养基:DMEM/F12+20% FBS;培养条件:37°C、5% CO2 阅读提示:Methods - Cell lines and cell culture |
| FTO敲低/过表达 | siRNA和shRNA序列(补充表S5);转染试剂:Lipofectamine 3000;转染时间:48小时;稳转筛选浓度:2 μg/ml puromycin 阅读提示:Methods - RNA interference, Stable cell line generation |
| 缺氧实验 | 缺氧条件:1% O2;检测指标:细胞凋亡 阅读提示:Methods - Flow cytometry |
| 药物处理 | FB23-2浓度:4 μM;OCT浓度:100 nM(体外);OCT给药剂量:50 μg/kg(体内);处理时间:3天(细胞),4天(类器官) 阅读提示:Methods - Cell viability assay, Organoid culture and drug response assay, Animal experiments |
| RNA稳定性实验 | 放线菌素D浓度:2 μM;处理时间点:未明确说明(文中未明确说明) 阅读提示:Methods - RNA stability assays |
| 动物实验 | 动物品系:BALB/c裸鼠;周龄:4-5周;每组5只;细胞接种量:3×10^6 GH3细胞;接种部位:左腋窝 阅读提示:Methods - Animal experiments |
| 类器官培养与药物筛选 | 培养基:改良培养基(去除Y-27,632);基质胶:Matrigel;384孔板涂布Laminin;药物处理时间:4天 阅读提示:Methods - Organoid culture and drug response assay |