模型构建与验证
建立并验证可诱导、多重化的CRISPR/Cas9体细胞突变小鼠模型,确保Cas9表达的紧密调控和靶向多个肿瘤抑制基因。
生成icCas9N小鼠(含rtTA和tTS系统)和PPAS小鼠(表达靶向Apc、Pten、Smad4、Trp53的gRNA),杂交获得icCas9N;PPAS小鼠。体外报告基因实验验证无泄漏表达,并对靶基因突变进行测序分析。
A Novel CRISPR/Cas9-mediated Mouse Model of Colon Carcinogenesis
包含体外报告基因实验、转基因小鼠模型(icCas9N;PPAS和Vil-LCL-PLAGL2)、组织学、免疫组化/免疫荧光、qRT-PCR和Illumina测序等多层级验证。
icCas9N;PPAS小鼠模型 icCas9N;PPAS;Vil-LCL-PLAGL2小鼠模型 HEK293T细胞
多西环素诱导基因编辑的严格性与无泄漏性(使用rtTA和tTS双重系统) 肿瘤抑制基因(Apc、Pten、Smad4、Trp53)的突变频率和突变模式 PLAGL2过表达对结肠和小肠肿瘤数量及大小的影响 正常相邻组织中靶基因突变的存在与否
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立并验证可诱导、多重化的CRISPR/Cas9体细胞突变小鼠模型,确保Cas9表达的紧密调控和靶向多个肿瘤抑制基因。
生成icCas9N小鼠(含rtTA和tTS系统)和PPAS小鼠(表达靶向Apc、Pten、Smad4、Trp53的gRNA),杂交获得icCas9N;PPAS小鼠。体外报告基因实验验证无泄漏表达,并对靶基因突变进行测序分析。
确定多西环素处理时间对肿瘤发生的影响,并分析肿瘤位置、组织学和突变谱。
对icCas9N;PPAS小鼠进行多西环素处理2周或3周,解剖后计数肿瘤、进行组织学分析、免疫组化和Illumina测序。
检测肿瘤和正常组织中Plagl2及其靶基因和干性标志物的表达变化。
提取肿瘤和正常组织的RNA,进行qRT-PCR分析。
评估PLAGL2过表达在多个肿瘤抑制基因突变背景下对肠道肿瘤发生的作用。
将icCas9N;PPAS小鼠与Vil-LCL-PLAGL2小鼠杂交,通过他莫昔芬诱导PLAGL2过表达,比较肿瘤数量和大小,并分析基因表达和突变频率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与转染 | HEK293T细胞 | -- | -- |
| 药物处理 | 多西环素 | Envigo | TD.01533 |
| 他莫昔芬 | Cayman | -- | |
| 组织处理 | 异氟烷 | Patterson Veterinary | -- |
| 石蜡 | -- | -- | |
| Diva Decloaker缓冲液 | BIOcare Medical | -- | |
| 30%过氧化氢 | Millipore | HX0635-3 | |
| SuperBlock (PBS)封闭缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 免疫染色 | β-catenin兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | D10A8 |
| Smad4兔多克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 9515 | |
| 抗HA标签兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | C29F4 | |
| Da Vinci Green缓冲液 | Biocare Medical | -- | |
| 兔HRP聚合物 | Biocare Medical | -- | |
| Betazid DAB显色液 | Biocare Medical | -- | |
| AlexaFluoro 568荧光二抗 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| DNA/RNA提取 | AllPrep DNA/RNA Mini试剂盒 | Qiagen | -- |
| BeadBug匀浆器 | BenchMark Scientific | -- | |
| Nanodrop2000分光光度计 | Thermo Scientific | -- | |
| 逆转录与qPCR | SuperScript IV逆转录酶 | Thermo Fisher Scientific | 18090010 |
| Oligo(dT)20引物 | Invitrogen | 18418020 | |
| Bullseye实时qPCR预混液 | Midsci | BEQPCR-S | |
| qPCR检测 | CFX Connect实时荧光定量PCR检测系统 | Biorad | -- |
| PCR扩增 | Q5热启动DNA聚合酶 | New England BioLabs | -- |
| 文库构建 | Qubit高灵敏度试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Monarch PCR和DNA纯化试剂盒 | New England BioLabs | -- | |
| 测序平台 | Illumina测序平台 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体外报告基因实验 | 细胞培养条件、质粒转染量和比例、多西环素浓度(0.5 μg/ml)和处理时间(72小时) 阅读提示:Methods部分(icCas9N mice)和图1B |
| 动物模型构建与诱导 | 小鼠遗传背景(C57BL/6);多西环素饲料品牌、浓度和喂食时间(2周或3周,从6周龄开始);他莫昔芬剂量(250 mg/kg/天)、给药途径(腹腔注射)和时间(第49天和51天) 阅读提示:Methods部分(Doxycycline and Tamoxifen Administration),图4H |
| 肿瘤分析 | 肿瘤计数方法(解剖显微镜);肿瘤大小测量方法(ImageJ);组织学分级标准(WHO标准) 阅读提示:Methods部分(Tumor Examination and Tissue Collection;Histologic Analysis of Tumors),图5E-I |
| 基因表达分析 | RNA提取方法;qRT-PCR使用的引物序列、内参基因(18s rRNA或GAPDH)、分析方法(2-ΔΔCT) 阅读提示:Methods部分(DNA and RNA Extraction From Mouse Intestines;Reverse Transcription and qRT-PCR),表5 |
| 突变分析 | PCR扩增条件(Q5热启动聚合酶,30个循环);测序文库制备;CRISPResso2分析参数(平均质量>30,单碱基质量>10) 阅读提示:Methods部分(Illumina Sequencing for Mutation Profiles),表6和表7 |