候选分子筛选
从蛋白组学和转录组学数据中筛选与卒中恢复相关的候选分子。
对5例LE、5例OE和6例HC血清进行LC-MS/MS蛋白质组学,对MCAO小鼠缺血皮质第3天和第7天进行RNA测序,取差异表达蛋白和基因的交集。
Inflammation-Derived and Clinical Indicator-Based Predictive Model for Ischemic Stroke Recovery
包含临床队列蛋白质组学与ELISA验证、动物模型(MCAO)与细胞模型(OGD/R)的多层级验证,以及机器学习预测模型。
hCMEC/D3细胞(人脑微血管内皮细胞系) MCAO小鼠模型(C57BL/6J) 缺血性卒中患者临床队列
MCAO模型:12周龄C57BL/6J雄性小鼠(25-30g),硅胶包被线栓阻塞1小时,再灌注 OGD/R模型:hCMEC/D3细胞,无糖MEM培养基,1% O2,5% CO2,94% N2条件下6小时,再复氧24小时 ELISA验证:血清样本稀释10倍,TIMP1(RDR-TIMP1-Hu, Reddot Biotech),LGALS3(EK1126, Multi Sciences) 临床分组:根据Longshi量表和Barthel指数,LE组卧床到卧床,OE组卧床到居家 机器学习:随机森林算法,训练集15例LE和11例OE,测试集15例LE和11例OE,预测准确率80%
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从蛋白组学和转录组学数据中筛选与卒中恢复相关的候选分子。
对5例LE、5例OE和6例HC血清进行LC-MS/MS蛋白质组学,对MCAO小鼠缺血皮质第3天和第7天进行RNA测序,取差异表达蛋白和基因的交集。
在体外和体内模型中验证候选分子的表达变化。
在hCMEC/D3细胞OGD/R模型和MCAO小鼠模型中,通过qPCR检测8个目标分子的mRNA表达,并通过免疫荧光检测Timp1和Lgals3的蛋白表达及与Iba1的共定位。
在临床队列中验证候选生物标志物的蛋白水平及其诊断效能。
在15例LE、11例OE和18例HC血清中,通过ELISA检测TIMP1、LGALS3和TGFB1水平,并进行ROC分析。
识别与卒中恢复相关的临床指标。
收集15例LE和11例OE患者的临床参数,通过t检验和ROC分析筛选差异显著的指标。
构建并评估结合生物标志物和临床指标的预测模型。
使用LASSO和逻辑回归筛选特征,采用10种机器学习算法在训练集(15 LE、11 OE)中建模,并在测试集(15 LE、11 OE)中预测。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白质组学 | Pierce Top 14高丰度蛋白去除离心柱试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| EASY-nLC 1200超高效液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Orbitrap Exploris 480质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Proteome Discoverer软件 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 动物实验 | 小动物麻醉机R500 | RWD Life Science | -- |
| 三苯基四氮唑氯化物 | Sigma-Aldrich | T8877 | |
| TTC染色 | 2%三苯基四氮唑氯化物溶液 | Sigma-Aldrich | T8877 |
| 细胞培养 | 内皮细胞培养基 | ScienCell | 1001 |
| 内皮细胞生长添加物 | ScienCell | 1052 | |
| 无葡萄糖MEM培养基 | Gibco | A1443001 | |
| ProOx C21低氧培养箱 | Biospherix | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| RevertAid RT逆转录试剂盒 | Thermo Scientific | K1691 | |
| SYBR Green混合液 | Toyobo | QPK-201 | |
| Bio-Rad CFX Connect实时荧光定量PCR系统 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫荧光 | 抗Iba1兔多克隆抗体 | Santa Cruz Biotechnology | WFD6884 |
| 抗Timp1小鼠单克隆抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-21734 | |
| 抗Lgals3小鼠单克隆抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-32790 | |
| 共聚焦显微镜(KEYENCE BZ-X) | Keyence | -- | |
| ELISA | 人TIMP1 ELISA试剂盒 | Reddot Biotech | RDR-TIMP1-Hu |
| 人TGFB1 ELISA试剂盒 | Multi Sciences | EK981 | |
| 人LGALS3 ELISA试剂盒 | Multi Sciences | EK1126 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 研究对象招募 | 纳入标准:男性,年龄40-80岁,发病1-3个月,经CT或MRI确诊的缺血性卒中;排除严重系统性疾病或精神障碍、其他原因脑损伤、头部外伤。分组:根据Longshi量表和Barthel指数评估,LE组从卧床到卧床,OE组从卧床到居家。 阅读提示:Methods: Study Design and Participants |
| 血清样本采集 | 入院第二天采集血液,K2EDTA管,室温放置1小时,4°C 1000g离心10分钟,-80°C保存。 阅读提示:Methods: Collection of Serum Samples |
| 蛋白质组学分析 | 使用Pierce Top 14高丰度蛋白去除试剂盒,LC-MS/MS条件如溶剂梯度、流速、分辨率、碰撞能量等。 阅读提示:Methods: Liquid Chromatography-Tandem Mass Spectrometry |
| MCAO模型构建 | 雄性C57BL/6J小鼠(12周龄,25-30g),硅胶包被线栓,阻塞1小时再灌注,假手术组不作插入。 阅读提示:Methods: MCAO Modeling |
| OGD/R模型 | hCMEC/D3细胞接种于6孔板,3×10^5细胞/孔,无糖MEM培养基,1% O2、5% CO2、94% N2条件下6小时,复氧24小时。 阅读提示:Methods: Cell Culture and Oxygen-Glucose Deprivation/Reoxygenation |
| RT-qPCR | 使用TRIzol提取RNA,1μg总RNA逆转录,SYBR Green Mix,β-actin作为内参,每个样本三次重复。 阅读提示:Methods: Real-Time Polymerase Chain Reaction Analysis |
| ELISA验证 | 血清样本稀释10倍,按试剂盒说明书操作,检测TIMP1、LGALS3、TGFB1。 阅读提示:Methods: Validation Study of Targeted Biomarkers Using ELISA Analysis |
| 机器学习模型构建 | 使用LASSO和逻辑回归筛选特征,10种机器学习算法(包括随机森林)在训练集(15 LE、11 OE)建模,测试集(15 LE、11 OE)预测。 阅读提示:Methods: Construction of a Predictive Model Using Machine Learning |