构建CytoTDP斑马鱼模型
生成内源性TDP-43从细胞核错位到细胞质的模型
通过CRISPR/Cas9同源修复将tardbp NLS1中KRK突变为AAA,产生ΔNLS-Tardbp敲入,并与tardbpl-/-背景结合得到CytoTDP品系。
Mis-localization of endogenous TDP-43 leads to ALS-like early-stage metabolic dysfunction and progressive motor deficits
研究包含基因编辑模型构建、运动行为检测、神经肌肉接头和肌肉超微结构分析、小胶质细胞和凋亡定量、RNA-seq转录组分析及代谢物定量等多层次证据,并进行了功能验证和机制比较。
CytoTDP斑马鱼(tardbp ΔNLS/ΔNLS; tardbpl-/-) TDP DKO斑马鱼(tardbp-/-; tardbpl-/-) 对照斑马鱼(tardbp+/+; tardbpl-/-)
斑马鱼品系:CytoTDP(tardbp ΔNLS/ΔNLS; tardbpl-/-),对照(tardbp+/+; tardbpl-/-),TDP DKO(tardbp-/-; tardbpl-/-) Tardbp NLS1突变(KRK至AAA)及Tardbp蛋白水平(CytoTDP中减少82%)和错定位验证 行为学检测时间点:1.5 dpf逃逸反应,5 dpf和8 dpf自发游泳活动 神经肌肉接头共定位和肌肉面积定量时间点:8 dpf和16 dpf RNA-seq分析时间点:1.5 dpf和5 dpf
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
生成内源性TDP-43从细胞核错位到细胞质的模型
通过CRISPR/Cas9同源修复将tardbp NLS1中KRK突变为AAA,产生ΔNLS-Tardbp敲入,并与tardbpl-/-背景结合得到CytoTDP品系。
确认内源性Tardbp从细胞核错位到细胞质并检查蛋白修饰
通过免疫组化和免疫荧光检测Tardbp定位,通过Western blot检测蛋白水平和分子量变化,检测磷酸化和泛素化。
评估进行性运动缺陷和存活率
通过触觉诱导逃逸反应(1.5 dpf)和自发游泳活动(5 dpf和8 dpf)分析运动行为,统计存活率。
评估神经肌肉接头完整性和肌肉萎缩
通过免疫染色共定位突触前(synaptotagmin 2)和突触后(bungarotoxin)标记,测量肌肉面积,并通过扫描电镜观察肌纤维超微结构。
确定受影响的脑区及其与代谢失调的关系
利用mpeg1.1:EGFP-CAAX转基因系和全组织透明化,免疫染色小胶质细胞,定量全脑和下丘脑小胶质细胞数量,评估形态学激活,并量化TUNEL阳性细胞。
识别早期分子变化,特别是代谢通路
对1.5 dpf和5 dpf幼虫进行RNA-seq,比较CytoTDP、TDP DKO和对照,进行GO分析和hub基因分析,并定量糖原水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 基因组编辑 | Alt-R® S.p. Cas9核酸酶V3 | IDT | -- |
| crRNA:tracrRNA双链体 | IDT | -- | |
| ApeKI限制酶 | NEB | -- | |
| 组织透明化和免疫染色 | DEEP-Clear | -- | -- |
| 组织透明化 | 尿素 | Carl Roth | 3941.1 |
| Triton X-100 | Sigma-Aldrich | X100-1L | |
| 碘化丙啶 | Sigma-Aldrich | P4864 | |
| DAPI | Sigma-Aldrich | D8417 | |
| 苯甲酸苄酯 | Sigma | W213802 | |
| 甲醇 | Carl Roth | 4627.1 | |
| 山羊血清 | Gibco | 16210072 | |
| 兔抗GFP抗体 | ThermoFisher | A-11122 | |
| 大鼠抗5-HT抗体 | Sigma-Aldrich | MAB352 | |
| 单克隆抗体ZNP-1 | DSHB | -- | |
| TUNEL染色试剂盒 | Roche | 12156792910 | |
| 原位细胞死亡检测试剂盒TMR红色 | Roche | 12156792910 | |
| 琼脂糖 | -- | -- | |
| 玻璃底培养皿 | ibidi | 81156 | |
| 共聚焦显微镜 | Leica TCS SP5 II | -- | |
| Zeiss LSM 710 ConfoCor 3 | Zeiss | -- | |
| 神经肌肉接头染色 | 胶原酶 | -- | -- |
| Alexa Fluor 488-α-银环蛇毒素 | Molecular Probes | B-13422 | |
| 山羊抗小鼠Alexa Fluor抗体 | -- | -- | |
| 神经肌肉接头分析 | MetaPhor™琼脂糖 | -- | 50180 |
| Zeiss LSM800共聚焦显微镜 | Carl Zeiss | -- | |
| 运动神经元染色 | Tissue-Tek O.C.T包埋剂 | Sakuraus | 4583 |
| CryoStar NX70低温切片机 | Epredia | -- | |
| Superfrost Plus载玻片 | Epredia | J1800AMNZ | |
| ChAT抗体 | Chemicon AB144P, Merck | -- | |
| Alexa488标记驴抗山羊抗体 | Thermo Fisher Scientific | A-11055 | |
| 含DAPI的VECTASHIELD封片剂 | Vector Laboratories | Vec-H-1500 | |
| Axio Scope.A1显微镜 | Carl Zeiss | -- | |
| 扫描电子显微镜 | PELCO BioWave实验室微波炉 | -- | -- |
| 硫代碳酰肼 | Sigma | -- | |
| 醋酸铀酰 | -- | -- | |
| LX112树脂 | LADD | -- | |
| TRIM2修块机 | Leica | -- | |
| 35°超金刚石刀 | Diatome | -- | |
| 超薄切片机UC7 | Leica | -- | |
| 碳纳米管胶带 | Science Services | -- | |
| 硅片 | Siegert Wafer | -- | |
| Crossbeam Gemini 340扫描电子显微镜 | Zeiss | -- | |
| 行为学 | Zebrabox追踪设备 | Viewpoint | -- |
| RNA分离 | QIAzol裂解试剂 | QIAGEN | -- |
| miRNeasy微型试剂盒 | QIAGEN | -- | |
| RNA测序 | Agilent 2100生物分析仪 | -- | -- |
| TruSeq链特异性总RNA样本制备试剂盒 | Illumina | -- | |
| Novaseq6000测序仪 | Illumina | -- | |
| 链特异性mRNA文库 | BGI Genomics | -- | |
| DNBSEQ G400测序仪 | BGI | -- | |
| 糖原定量 | 糖原检测试剂盒II(比色法) | Abcam | ab169558 |
| 统计 | GraphPad Prism 9.3.0 | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 模型构建与基因型 | CytoTDP为tardbp ΔNLS/ΔNLS; tardbpl-/-,对照为tardbp+/+; tardbpl-/-,TDP DKO为tardbp-/-; tardbpl-/- 阅读提示:Methods: Generation of genome edited fish; Results: Generation of the ΔNLS-Tardbp mutation |
| 运动行为检测 | 温度28.5°C,E3培养基;1.5 dpf触觉诱导逃逸反应;5 dpf和8 dpf自发游泳记录60分钟,记录总游泳距离、速度和运动时间 阅读提示:Methods: Behavioral assays; Results: Age dependent movement phenotypes |
| 神经肌肉接头和肌肉分析 | 8 dpf和16 dpf幼虫;NMJ共定位需要synaptotagmin 2和α-银环蛇毒素染色;肌肉面积测量最后体节腹侧半;SEM按标准rOTO协议 阅读提示:Methods: Whole-mount neuromuscular junctions staining; Confocal microscopy and NMJ analysis; Scanning electron microscopy; Results: Progressive degeneration of neuromuscular junctions and muscle atrophy |
| 小胶质细胞和细胞死亡分析 | 使用Tg(mpeg1.1:EGFP-CAAX)转基因系;5 dpf和8 dpf全脑及下丘脑小胶质细胞计数;TUNEL阳性细胞计数在5、8、16 dpf;样本量为每组10只幼虫 阅读提示:Methods: Tissue clearing and whole-mount immunofluorescence; Microglia and TUNEL quantification by confocal microscopy; Results: Microglia proliferation and activation in the hypothalamus |
| 转录组分析 | 1.5 dpf和5 dpf幼虫;每组3个样本;RNA-seq测序深度和平台;差异表达分析(padj≤0.05),GO和hub基因分析 阅读提示:Methods: RNA isolation and library preparation; Data analysis; Results: CytoTDP affects key metabolic processes |
| 糖原定量 | 5 dpf幼虫,每组5个样本(每个样本5只幼虫);使用Glycogen Assay Kit II (ab169558) 阅读提示:Methods: Glycogen quantification; Results: CytoTDP affects key metabolic processes |