内源性TDP-43的错定位导致ALS样早期代谢功能障碍和进行性运动缺陷

Mis-localization of endogenous TDP-43 leads to ALS-like early-stage metabolic dysfunction and progressive motor deficits

作者信息Yiying Hu, Alexander Hruscha, Chenchen Pan, Martina Schifferer, Michael K Schmidt, Brigitte Nuscher, Martin Giera, Sarantos Kostidis, Özge Burhan, Frauke van Bebber, Dieter Edbauer, Thomas Arzberger, Christian Haass, Bettina Schmid
PMID38902734
发布时间2024-06
DOI10.1186/s13024-024-00735-7

实验完整度

研究包含基因编辑模型构建、运动行为检测、神经肌肉接头和肌肉超微结构分析、小胶质细胞和凋亡定量、RNA-seq转录组分析及代谢物定量等多层次证据,并进行了功能验证和机制比较。

主要模型

CytoTDP斑马鱼(tardbp ΔNLS/ΔNLS; tardbpl-/-) TDP DKO斑马鱼(tardbp-/-; tardbpl-/-) 对照斑马鱼(tardbp+/+; tardbpl-/-)

重点核对

斑马鱼品系:CytoTDP(tardbp ΔNLS/ΔNLS; tardbpl-/-),对照(tardbp+/+; tardbpl-/-),TDP DKO(tardbp-/-; tardbpl-/-) Tardbp NLS1突变(KRK至AAA)及Tardbp蛋白水平(CytoTDP中减少82%)和错定位验证 行为学检测时间点:1.5 dpf逃逸反应,5 dpf和8 dpf自发游泳活动 神经肌肉接头共定位和肌肉面积定量时间点:8 dpf和16 dpf RNA-seq分析时间点:1.5 dpf和5 dpf

摘要

背景 ALS/FTLD的关键病理特征是内源性TDP-43从细胞核错定位到细胞质。然而,由于缺乏能再现内源性TDP-43从细胞核到细胞质错定位的TDP-43动物模型,TDP-43在细胞质中的功能获得仍知之甚少。 方法 利用CRISPR/Cas9技术生成一种斑马鱼品系(称为CytoTDP),该品系使内源性TDP-43从细胞核错定位到细胞质。通过免疫染色对运动神经元和神经肌肉接头进行表型鉴定,通过整体组织透明化对微生物进行免疫组化定位,并通过扫描电子显微镜分析肌肉超微结构。通过视频追踪和游泳参数的定量分析研究行为。利用RNA测序鉴定失调的通路,并通过分子分析进行验证。 结果 CytoTDP鱼具有早期幼虫表型,类似于ALS的临床特征,如进行性运动缺陷、神经变性和肌肉萎缩。利用斑马鱼胚胎发育在受精后5天前完全依赖卵黄的特点,我们证明了下丘脑中的小胶质细胞增殖和激活与食物摄入无关。通过将CytoTDP与先前产生的TDP-43敲除品系进行比较,转录组分析揭示,内源性TDP-43的错定位而非TDP-43核功能丧失导致早期代谢功能障碍。 结论 新型TDP-43模型模拟了ALS/FTLD的标志性进行性运动功能障碍。我们的结果表明,代谢调节中枢下丘脑的功能缺陷可能是ALS患者体重减轻的主要原因。内源性TDP-43的细胞质功能获得导致体内代谢功能障碍,类似于ALS早期临床非运动性代谢改变。因此,CytoTDP斑马鱼模型为在疾病进展早期识别治疗干预的失调靶点提供了独特的机会。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
内源性TDP-43的细胞质错定位(而非核功能丧失)是否会导致ALS样早期代谢功能障碍和进行性运动缺陷?
核心机制
内源性TDP-43错定位导致细胞质功能获得,从而引发早期代谢功能障碍,可能与糖原代谢通路失调有关(如pygmb下调)。
主要证据
通过比较CytoTDP和TDP DKO的转录组,发现CytoTDP特异性富集代谢通路(如碳水化合物代谢),且CytoTDP中糖原水平升高,同时表现出进行性运动缺陷、NMJ变性、肌肉萎缩和小胶质细胞激活。
研究意义
该模型为研究ALS早期代谢功能障碍的机制和开发早期干预靶点提供了工具。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

构建CytoTDP斑马鱼模型

生成内源性TDP-43从细胞核错位到细胞质的模型

通过CRISPR/Cas9同源修复将tardbp NLS1中KRK突变为AAA,产生ΔNLS-Tardbp敲入,并与tardbpl-/-背景结合得到CytoTDP品系。

2

验证TDP-43错位和蛋白水平

确认内源性Tardbp从细胞核错位到细胞质并检查蛋白修饰

通过免疫组化和免疫荧光检测Tardbp定位,通过Western blot检测蛋白水平和分子量变化,检测磷酸化和泛素化。

3

评估运动行为和存活

评估进行性运动缺陷和存活率

通过触觉诱导逃逸反应(1.5 dpf)和自发游泳活动(5 dpf和8 dpf)分析运动行为,统计存活率。

4

分析神经肌肉接头和肌肉超微结构

评估神经肌肉接头完整性和肌肉萎缩

通过免疫染色共定位突触前(synaptotagmin 2)和突触后(bungarotoxin)标记,测量肌肉面积,并通过扫描电镜观察肌纤维超微结构。

5

分析小胶质细胞和细胞死亡

确定受影响的脑区及其与代谢失调的关系

利用mpeg1.1:EGFP-CAAX转基因系和全组织透明化,免疫染色小胶质细胞,定量全脑和下丘脑小胶质细胞数量,评估形态学激活,并量化TUNEL阳性细胞。

6

转录组和代谢通路分析

识别早期分子变化,特别是代谢通路

对1.5 dpf和5 dpf幼虫进行RNA-seq,比较CytoTDP、TDP DKO和对照,进行GO分析和hub基因分析,并定量糖原水平。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Alt-R® S.p. Cas9核酸酶V3IDT--
crRNA:tracrRNA双链体IDT--
ApeKI限制酶NEB--
DEEP-Clear----
尿素Carl Roth3941.1
Triton X-100Sigma-AldrichX100-1L
碘化丙啶Sigma-AldrichP4864
DAPISigma-AldrichD8417
苯甲酸苄酯SigmaW213802
甲醇Carl Roth4627.1
山羊血清Gibco16210072
兔抗GFP抗体ThermoFisherA-11122
大鼠抗5-HT抗体Sigma-AldrichMAB352
单克隆抗体ZNP-1DSHB--
TUNEL染色试剂盒Roche12156792910
原位细胞死亡检测试剂盒TMR红色Roche12156792910
琼脂糖----
玻璃底培养皿ibidi81156
共聚焦显微镜Leica TCS SP5 II--
Zeiss LSM 710 ConfoCor 3Zeiss--
胶原酶----
Alexa Fluor 488-α-银环蛇毒素Molecular ProbesB-13422
山羊抗小鼠Alexa Fluor抗体----
MetaPhor™琼脂糖--50180
Zeiss LSM800共聚焦显微镜Carl Zeiss--
Tissue-Tek O.C.T包埋剂Sakuraus4583
CryoStar NX70低温切片机Epredia--
Superfrost Plus载玻片EprediaJ1800AMNZ
ChAT抗体Chemicon AB144P, Merck--
Alexa488标记驴抗山羊抗体Thermo Fisher ScientificA-11055
含DAPI的VECTASHIELD封片剂Vector LaboratoriesVec-H-1500
Axio Scope.A1显微镜Carl Zeiss--
PELCO BioWave实验室微波炉----
硫代碳酰肼Sigma--
醋酸铀酰----
LX112树脂LADD--
TRIM2修块机Leica--
35°超金刚石刀Diatome--
超薄切片机UC7Leica--
碳纳米管胶带Science Services--
硅片Siegert Wafer--
Crossbeam Gemini 340扫描电子显微镜Zeiss--
Zebrabox追踪设备Viewpoint--
QIAzol裂解试剂QIAGEN--
miRNeasy微型试剂盒QIAGEN--
Agilent 2100生物分析仪----
TruSeq链特异性总RNA样本制备试剂盒Illumina--
Novaseq6000测序仪Illumina--
链特异性mRNA文库BGI Genomics--
DNBSEQ G400测序仪BGI--
糖原检测试剂盒II(比色法)Abcamab169558
GraphPad Prism 9.3.0GraphPad--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
模型构建与基因型
CytoTDP为tardbp ΔNLS/ΔNLS; tardbpl-/-,对照为tardbp+/+; tardbpl-/-,TDP DKO为tardbp-/-; tardbpl-/-
阅读提示:Methods: Generation of genome edited fish; Results: Generation of the ΔNLS-Tardbp mutation
运动行为检测
温度28.5°C,E3培养基;1.5 dpf触觉诱导逃逸反应;5 dpf和8 dpf自发游泳记录60分钟,记录总游泳距离、速度和运动时间
阅读提示:Methods: Behavioral assays; Results: Age dependent movement phenotypes
神经肌肉接头和肌肉分析
8 dpf和16 dpf幼虫;NMJ共定位需要synaptotagmin 2和α-银环蛇毒素染色;肌肉面积测量最后体节腹侧半;SEM按标准rOTO协议
阅读提示:Methods: Whole-mount neuromuscular junctions staining; Confocal microscopy and NMJ analysis; Scanning electron microscopy; Results: Progressive degeneration of neuromuscular junctions and muscle atrophy
小胶质细胞和细胞死亡分析
使用Tg(mpeg1.1:EGFP-CAAX)转基因系;5 dpf和8 dpf全脑及下丘脑小胶质细胞计数;TUNEL阳性细胞计数在5、8、16 dpf;样本量为每组10只幼虫
阅读提示:Methods: Tissue clearing and whole-mount immunofluorescence; Microglia and TUNEL quantification by confocal microscopy; Results: Microglia proliferation and activation in the hypothalamus
转录组分析
1.5 dpf和5 dpf幼虫;每组3个样本;RNA-seq测序深度和平台;差异表达分析(padj≤0.05),GO和hub基因分析
阅读提示:Methods: RNA isolation and library preparation; Data analysis; Results: CytoTDP affects key metabolic processes
糖原定量
5 dpf幼虫,每组5个样本(每个样本5只幼虫);使用Glycogen Assay Kit II (ab169558)
阅读提示:Methods: Glycogen quantification; Results: CytoTDP affects key metabolic processes