检测MondoA在人体肾脏和IRI模型中的表达
明确MondoA在CKD和AKI中的表达变化。
通过免疫组化检测人肾活检样本中MONDOA、RUBCN、TFEB的表达;通过scRNA-seq和qPCR分析小鼠IRI肾脏中Mlxip等基因表达。
MondoA and AKI and AKI-to-CKD Transition
包含人类肾活检样本、小鼠IRI模型、细胞H/R实验,并利用基因敲除小鼠和细胞进行功能验证,且明确机制验证(Rubicon、TFEB-PGC1α)。
人肾活检样本 小鼠IRI模型 培养的近端小管上皮细胞
IRI手术时间:单侧或双侧肾蒂夹闭35分钟 MondoA敲除小鼠:MondoAF/F;KAP和MondoAF/F;NDRG1小鼠,使用他莫昔芬诱导缺失 H/R处理:低氧1% O2,6小时,复氧3小时 自噬通量检测:使用巴佛洛霉素A1(200 nM)或体内氯喹(50 mg/g体重) 药物处理:海藻糖(50 mM体外,2 mg/g体内)和ZLN005(20 μM体外,12 mg/g体内)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确MondoA在CKD和AKI中的表达变化。
通过免疫组化检测人肾活检样本中MONDOA、RUBCN、TFEB的表达;通过scRNA-seq和qPCR分析小鼠IRI肾脏中Mlxip等基因表达。
验证低氧/复氧对MondoA转录活性的影响。
培养小鼠近端小管上皮细胞,进行低氧(1% O2)6小时和复氧3小时处理,检测MondoA及其下游基因的表达。
研究急性期MondoA缺失对肾损伤和自噬的影响。
使用MondoAF/F;KAP小鼠进行IRI,分析肾损伤、自噬通量和线粒体功能。
确定Rubicon介导MondoA缺失引起的自噬抑制和线粒体功能障碍。
在Rubicon缺陷的近端小管细胞中敲低MondoA,或在MondoA;Rubicon双敲除小鼠中诱导IRI,评估自噬和线粒体功能。
研究恢复期MondoA再激活对肾纤维化和线粒体功能的影响。
使用诱导型MondoA敲除小鼠(MondoAF/F;NDRG1),在IRI后1天和4天注射他莫昔芬诱导缺失,评估3周后的肾损伤和纤维化。
验证药物上调TFEB-PGC1α轴能否缓解MondoA缺失引起的AKI向CKD转化。
对诱导型MondoA敲除小鼠给予海藻糖或ZLN005处理,评估肾损伤、纤维化和线粒体功能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 低糖DMEM培养基 | Nacalai Tesque | 08456-65 |
| 胎牛血清 | Sigma-Aldrich | F7524 | |
| 细胞处理 | 2-脱氧-D-葡萄糖 | Sigma-Aldrich | D8375 |
| 巴佛洛霉素A1 | Cayman Chemical | 11038 | |
| 海藻糖 | Sigma-Aldrich | T0167 | |
| ZLN005 | MedChemExpress | HY-17538 | |
| 动物实验 | 他莫昔芬 | Sigma-Aldrich | T5648 |
| 玉米油 | Sigma-Aldrich | C8267 | |
| 海藻糖 | Sigma-Aldrich | T9531 | |
| 氯喹 | Sigma-Aldrich | C6628 | |
| Western blot | MondoA/MLXIP抗体 | Bethyl Laboratories | A303-195A |
| TXNIP抗体 | Cell Signaling Technology | 14715 | |
| RUBCN抗体 | Cell Signaling Technology | 8465 | |
| PGC1α抗体 | Novus Biologicals | NBP1-04676 | |
| 免疫荧光 | MAP1LC3B抗体 | Medical and Biologic Laboratory | PM036 |
| 免疫组化 | COL1A1抗体 | Abcam | ab34710 |
| Western blot | ACTB抗体 | Sigma-Aldrich | A5316 |
| 线粒体功能检测 | 四甲基罗丹明乙酯 | Invitrogen | -- |
| MitoSOX Red | Invitrogen | -- | |
| 细胞培养 | Lipofectamine3000 | Thermo Fisher | -- |
| 嘌呤霉素 | Wisent | 450-162-XL | |
| pCAG-Cre载体 | Addgene | 13775 | |
| MISSION shRNA慢病毒转导颗粒 | Sigma-Aldrich | TRCN0000124922 | |
| 缺氧处理 | 低氧培养箱 | PHC | MCO-5MUV-PJ |
| 线粒体功能检测 | Seahorse XF96分析仪 | Seahorse Bioscience | -- |
| Seahorse XF DMEM | Agilent Technologies | 103578-100 | |
| 葡萄糖 | Agilent Technologies | 103577-100 | |
| L-谷氨酰胺 | Agilent Technologies | 103579-100 | |
| Seahorse XF细胞线粒体压力测试试剂盒 | Agilent Technologies | 103015-100 | |
| 生化检测 | DICT-500(肌酐检测试剂盒) | BioAssay Systems | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 培养基:低糖DMEM+5% FBS;培养条件:37°C,5% CO2;细胞代数:3-10代 阅读提示:Methods: Cell Culture |
| H/R实验 | 低氧条件:1% O2,6小时;复氧:21% O2,3小时 阅读提示:Methods: Cell Culture |
| 动物实验 | 小鼠品系:C57BL/6N;性别:雄性;年龄:8-10周;IRI手术:单侧或双侧肾蒂夹闭35分钟 阅读提示:Methods: Mice, Kidney IRI |
| 基因敲除 | 使用MondoAF/F;KAP和MondoAF/F;NDRG1小鼠;他莫昔芬注射剂量和时间 阅读提示:Methods: Mice |
| 自噬检测 | 巴佛洛霉素A1浓度200 nM处理1小时;氯喹给药剂量50 mg/kg,6小时前注射 阅读提示:Methods: Cell Culture, Kidney IRI |
| 药物处理 | 海藻糖浓度:体内2 mg/g,每周3次;ZLN005剂量:12 mg/g,每周3次 阅读提示:Methods: Mice |