环状RNA作为癌症疫苗新抗原的来源

背景：体细胞新抗原免疫治疗的有效性常常受到低至中等突变负荷肿瘤中有限突变数量的阻碍。本研究聚焦于微卫星稳定型结直肠癌（CRC），探讨肿瘤相关环状RNA（circRNA）作为CRC新表位替代来源的潜力。方法：使用MiOncoCirc数据库和配对临床正常与肿瘤样本的核糖体RNA去除RNA测序鉴定CRC中的肿瘤相关circRNA。使用发散引物通过定量实时PCR（RT-qPCR）验证候选circRNA表达。使用TransCirc数据库进行翻译预测。使用pVACtools预测潜在可翻译circRNA开放阅读框的人白细胞抗原结合亲和力。使用BlastP排除来自信使RNA编码蛋白的强结合物。通过刺激初始CD8+ T细胞针对预测新表位，并随后通过酶联免疫斑点实验（ELISpot）、细胞内细胞因子染色（ICS）和颗粒酶B（GZMB）报告基因分析T细胞，功能性验证候选抗原的免疫原性。进一步使用患者来源类器官测试经抗原肽训练的T细胞的细胞毒性。结果：我们从MiOncoCirc数据库中CRC肿瘤样本上调的circRAPGEF5中鉴定出一个新表位，并从我们匹配的临床样本中上调的circMYH9中鉴定出两个新表位。使用PepQuery通过临床蛋白质组肿瘤分析联盟数据库支持候选肽的翻译潜力。候选肽引发抗原特异性T细胞反应和扩增，通过ELISpot、ICS和GZMB报告基因等多种实验证实。此外，经circMYH9肽训练的T细胞能够特异性靶向并消除肿瘤来源类器官，但不影响匹配的正常类器官。这一观察强调了circRNA作为免疫原性新抗原来源的潜力。最后，circMYH9在CRC患者液体活检中富集，从而为CRC患者实现从检测到疫苗接种的治疗策略。结论：我们的研究结果强调了肿瘤相关circRNA作为针对中等突变水平肿瘤的癌症疫苗新抗原替代来源的可行性。