RNAseq差异表达分析
鉴定ASD儿童海马体与对照之间的差异表达基因及相关通路
对7例ASD和6例对照儿童海马组织进行RNA测序,分析差异表达基因并进行通路富集分析
Molecular profiling of the hippocampus of children with autism spectrum disorder
研究包含RNAseq、qRT-PCR、Western blot和免疫荧光等多种方法,但未涉及动物模型或功能验证实验。
ASD患儿死后海马组织 正常对照儿童死后海马组织
ASD儿童海马组织中MMP9蛋白(82kDa和65kDa亚型)表达增加 突触蛋白PSD95和SYN1蛋白表达降低 星形胶质细胞中BCAN表达增加 GFAP+BCAN+星形胶质细胞形态改变
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定ASD儿童海马体与对照之间的差异表达基因及相关通路
对7例ASD和6例对照儿童海马组织进行RNA测序,分析差异表达基因并进行通路富集分析
验证RNAseq结果中部分关键基因的表达变化
对28个差异表达基因进行qRT-PCR,并检测MMP9和IL1B的表达
在蛋白水平验证MMP9、PSD95、SYN1、MEF2C等分子的表达变化
对脑组织蛋白进行Western blot,检测MMP9、IL1β、PSD95、SYN1、MEF2C和DGCR6
分析BCAN在星形胶质细胞中的表达及星形胶质细胞形态
对脑切片进行三重免疫荧光标记,检测BCAN、GFAP、IBA1等,并进行Sholl分析
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA-seq | TruSeq链式总RNA LT样品制备试剂盒 | Illumina | -- |
| NextSeq 500测序仪 | Illumina | -- | |
| 150循环高通量试剂盒 | Illumina | -- | |
| RNA提取 | PureLink RNA迷你试剂盒 | Invitrogen | -- |
| Trizol试剂 | Life Technologies | -- | |
| RNA质量检测 | QIAxcel先进系统 | Qiagen | -- |
| RNA浓度检测 | Qubit荧光计 | -- | -- |
| qRT-PCR | iScript高级cDNA合成试剂盒 | Invitrogen | 1725038 |
| CFX 384实时PCR检测系统 | Bio-Rad | -- | |
| iQ-SYBR Green预混液 | Bio-Rad | 1708880 | |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | -- | |
| Polytron匀浆器 | Brinkmann Instruments | -- | |
| 4-15% MP TGX无染凝胶 | Biorad | -- | |
| LF PVDF膜 | Biorad | -- | |
| 快速转印试剂盒 | Biorad | -- | |
| EveryBlot封闭缓冲液 | Biorad | -- | |
| MMP9抗体 | MilliporeSigma | AB13458 | |
| PSD-95抗体 | Protein Tech | 20665-1-AP | |
| SYN1抗体 | Protein Tech | 20258-1-AP | |
| MEF2C抗体 | Abnova | 10056-1-AP | |
| DGCR6抗体 | Protein Tech | H00008214-B01P | |
| VCP抗体(小鼠) | Santa Cruz Biotechnology | sc-57492 | |
| VCP抗体(兔) | Abcam | ab111740 | |
| Starbright blue 520荧光二抗 | Biorad | -- | |
| Starbright blue 700荧光二抗 | Biorad | -- | |
| ChemicDoc MP成像系统 | Biorad | -- | |
| 免疫荧光 | BCAN抗体 | Protein Tech | 19017-1-AP |
| 生物素化紫藤凝集素 | Vector Labs | B-1355 | |
| IBA1抗体(小鼠) | Wako Chemicals | 013-27593 | |
| IBA1抗体(兔) | Wako Chemicals | 019-19741 | |
| TPSAB1抗体 | Protein Tech | 66174-1-Ig | |
| Alexa Fluor山羊抗小鼠647 | Invitrogen | A-21235 | |
| 驴抗兔555 | Invitrogen | A-32794 | |
| TrueBlack溶液 | Biotum | 23007 | |
| Dako封片剂 | Dako | S3023 | |
| 显微镜 | Olympus BX 61荧光显微镜 | Olympus | -- |
| 图像分析 | StereoInvestigator v11 | MBF Biosciences | -- |
| Sholl分析 | Neurolucida 360 | MBF Biosciences | -- |
| 切片 | Leica CM 3050 S冷冻切片机 | Leica Biosystems | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集 | ASD和对照组的年龄、性别、RIN值、PMI、死因 阅读提示:表1 |
| RNA-seq | RNA提取方法、文库制备、测序平台、差异表达阈值 阅读提示:Methods: RNAseq profiling |
| qRT-PCR | 引物序列、内参基因、PCR循环条件 阅读提示:Methods: qRT-PCR |
| Western blot | 抗体稀释度、蛋白上样量、一抗和二抗信息 阅读提示:Methods: Western blot analysis |
| 免疫荧光 | 抗体浓度、孵育时间、封片剂、图像采集参数 阅读提示:Methods: Immunohistochemistry |
| Sholl分析 | GFAP和BCAN共标细胞的采样区域、细胞数量 阅读提示:Methods: Sholl analysis |
| 统计分析 | 协变量(年龄、PMI、RIN等)的处理、显著性阈值 阅读提示:Methods: Statistical analysis |