qRgls1位点的精细定位与近等基因系构建
将数量抗病位点qRgls1缩小到更小的基因组区间,并创建只有该位点不同的近等基因系,为克隆致病基因提供材料
利用BC2F5、BC5F7、BC7F7重组自交系群体进行连续回交和自交,最终将qRgls1定位在122-kb区间;从重组体IV获得NIL-Y32(含Y32抗性等位基因)和NIL-Q11(含Q11感病等位基因),二者遗传背景一致性达96.12%。
The ZmWAKL-ZmWIK-ZmBLK1-ZmRBOH4 module provides quantitative resistance to gray leaf spot in maize
包含遗传定位与精细定位、转基因功能验证(互补和过表达)、蛋白互作与磷酸化分析、体内体外生化实验以及突变体表型验证等多个独立证据层级。
玉米(Zea mays L.)近等基因系NIL-Y32和NIL-Q11 玉米自交系B73(转基因受体) 本氏烟草(Nicotiana benthamiana)叶片(瞬时表达) 洋葱表皮细胞(亚细胞定位)
供试菌株为Cercospora zeina,接种方法为10叶期叶鞘注射5 ml浓度为5×10^3孢子/ml的接种液 田间试验地点云南宝山(自然发病)和北京(人工接种) 用于基因表达的样本为每个基因型/处理3个叶圆片混合 GLS严重度评分在授粉后2周开始,每周一次,共3次,评分等级为1、3、5、7、9 统计方法:两组比较用Student's t检验或配对t检验,多组比较用单因素方差分析(Tukey或LSD)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
将数量抗病位点qRgls1缩小到更小的基因组区间,并创建只有该位点不同的近等基因系,为克隆致病基因提供材料
利用BC2F5、BC5F7、BC7F7重组自交系群体进行连续回交和自交,最终将qRgls1定位在122-kb区间;从重组体IV获得NIL-Y32(含Y32抗性等位基因)和NIL-Q11(含Q11感病等位基因),二者遗传背景一致性达96.12%。
验证ZmWAKL是否为qRgls1的致病基因,并评估其抗病效果
在感病自交系B73背景下,分别转入Y32的基因组片段(包含天然启动子和完整ZmWAKLY编码区)、Ubipro驱动的ZmWAKLY-GFP和ZmWAKLQ-GFP过表达载体,以及嵌合基因ZmWAKLC(YmWAKLY ECD/TM + ZmWAKLQ ICD);通过自交和回交产生分离群体,接种C. zeina后评估GLS抗性。
分析ZmWAKL两个等位基因的表达模式、亚细胞定位和结构差异
利用RT-qPCR检测ZmWAKLY和ZmWAKLQ在组织中的表达及接种后的表达变化;通过洋葱表皮细胞和转基因系根表皮观察GFP融合蛋白的亚细胞定位;比较两个等位基因的编码区序列。
验证ZmWAKLY能否自结合并具有激酶活性,比较其与感病等位基因的差异
用膜酵母双杂交、SLC、Co-IP检测ZmWAKLY和ZmWAKLQ的自结合能力;用体外磷酸化检测ICD的激酶活性(MBP标签融合蛋白)。
寻找ZmWAKL在质膜上的共受体,并验证其相互作用
通过IP-MS从ZmWAKLY-GFP过表达转基因系中鉴定候选互作蛋白,通过SLC和Co-IP验证ZmWIK与ZmWAKL的互作,并通过体外磷酸化实验研究它们之间的相互磷酸化。
验证ZmBLK1作为下游RLCK连接ZmWAKL/ZmWIK复合物,并确认磷酸化关系
通过SLC和Co-IP检测ZmBLK1与ZmWAKL、ZmWIK的互作;通过体外磷酸化实验分析三者间的磷酸化级联;在本氏烟草和转基因玉米原生质体中验证ZmBLK1的磷酸化水平。
验证ZmRBOH4作为ZmBLK1的下游靶标,参与ROS爆发和抗病
通过SLC、pull-down验证ZmBLK1与ZmRBOH4的互作;体外磷酸化实验证明ZmBLK1磷酸化ZmRBOH4的N端;CRISPR/Cas9敲除ZmRBOH4观察对GLS抗性和植株表型的影响。
验证ZmWAKL介导的抗病信号在体内引发ROS爆发,并确认相关组件的必要性
接种C. zeina后检测ZmWAKLY和ZmWAKLQ磷酸化水平变化;磷酸化蛋白质组学分析ZmBLK1和ZmRBOH4的磷酸化;用L-012化学发光法检测NIL和突变体的ROS爆发。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 遗传转化 | pCAMBIA3301载体 | -- | -- |
| pBCXUN-Myc载体 | -- | -- | |
| pEZS-NL载体 | -- | -- | |
| pSuper1300-GFP载体 | -- | -- | |
| JW771-35S-CLuc载体 | -- | -- | |
| JW772-35S-NLuc载体 | -- | -- | |
| pBT3-SUC载体 | -- | -- | |
| pPR3-N载体 | -- | -- | |
| pGADT7载体 | -- | -- | |
| pGBKT7载体 | -- | -- | |
| 农杆菌菌株EHA105 | -- | -- | |
| 基因分型 | Axiom_M6H60k基因分型芯片 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 基因表达分析 | RT-qPCR | -- | -- |
| 蛋白提取和免疫印迹 | 蛋白酶抑制剂混合物 | -- | -- |
| 磷酸酶抑制剂 | -- | -- | |
| α-GFP抗体 | ABclonal | AE012 | |
| α-Myc抗体 | ABclonal | AE010 | |
| α-Actin抗体 | EASYBIO | BE0028 | |
| α-LUC抗体 | Abcam | ab181640 | |
| α-磷酸化(丝/苏氨酸)抗体 | Abcam | ab117253 | |
| α-MBP抗体 | ABclonal | AE016 | |
| α-GST抗体 | Yeasen | 30903ES10 | |
| α-His抗体 | Yeasen | 30404ES60 | |
| α-Myc磁珠 | -- | -- | |
| α-GFP磁珠 | MBL | D153-11 | |
| 蛋白表达纯化 | MBP(麦芽糖结合蛋白) | -- | -- |
| GST(谷胱甘肽S-转移酶) | -- | -- | |
| His标签 | -- | -- | |
| MBPa(髓鞘碱性蛋白) | EMD Millipore | 13-104 | |
| 激酶实验 | (32P)-γ-ATP | -- | -- |
| ATP | -- | -- | |
| CBB染色 | -- | -- | |
| 放射自显影 | -- | -- | |
| 酵母双杂交 | DUAL膜系统 | Clontech | -- |
| 酵母菌株NMY51 | Clontech | -- | |
| Y2HGold菌株 | Clontech | -- | |
| 荧光素酶互补实验 | 荧光素 | Promega | E1601 |
| 化学发光成像系统 | Tanon | -- | |
| ImageJ Launcher | National Institutes of Health | -- | |
| 质谱分析 | LTQ Orbitrap Velos质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 胰蛋白酶 | -- | -- | |
| TMT 6-plex试剂 | Thermo Fisher Scientific | 90068 | |
| Proteome Discoverer | Thermo Fisher Scientific | v2.4.1.15 | |
| Mascot Server | Matrix Science | 2.3 | |
| IMAC微球 | -- | -- | |
| 磷酸化蛋白质组学 | TMT 6-plex标记 | Thermo Fisher Scientific | 90068 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | -- | -- | |
| Agilent 300Extend C18色谱柱 | Agilent | -- | |
| 亚细胞定位 | 共聚焦显微镜 | Zeiss | -- |
| FM4-64 | MedchemExpress | HY-103466 | |
| 蔗糖 | -- | -- | |
| 金颗粒 | -- | -- | |
| ROS测定 | L-012 | Wako | 120-04891 |
| 辣根过氧化物酶 | Sigma-Aldrich | V900503 | |
| 二甲基亚砜 | -- | -- | |
| Silwet L-77 | -- | -- | |
| GLOMAX96发光检测仪 | Promega | -- | |
| 显微观察 | 扫描电子显微镜 | -- | -- |
| 统计分析 | IBM SPSS Statistics | IBM | SV26 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 精细定位与NIL构建 | 标记IDP2、M2的物理位置;用于基因分型的标记(Supplementary Table 1);重组体的来源和衍生系 阅读提示:Methods 'Sequential fine-mapping of qRgls1' 和 'Plant materials';图1a和图例 |
| 田间接种与GLS评估 | 种植地点(云南宝山自然发病、北京人工接种);播种规格(行距0.5m、株距0.25m);C. zeina接种浓度5×10^3孢子/ml,10叶期叶鞘注射5ml;病情调查时间(授粉后2周开始,每周一次,共3次);DSI计算方法和分级标准 阅读提示:Methods 'Field assays';图1c-e、j-l、Extended Data Fig. 2 |
| 转基因功能验证 | 基于Y32 BAC克隆构建的9.2kb基因组片段(含2.1kb启动子、2.2kb编码区、4.9kb 3'UTR);遗传转化受体B73;农杆菌菌株EHA105;过表达载体Ubipro:ZmWAKLY-GFP;回交群体背景(Q11或NIL-Y32);T1BC1F1和T1BC3F1群体的DSI比较 阅读提示:Methods 'Genetic transformation';图1b-h、i-o,Extended Data Fig. 4 |
| 蛋白互作和磷酸化分析 | 质膜定位的确认(FM4-64共定位);蛋白表达体系(本氏烟草、酵母、E. coli);纯化蛋白的标签和激酶失活突变(ZmWAKLY/K391E, ZmWAKLQ/K430E, ZmWIK/K339E, ZmBLK1/K114E);体外激酶缓冲液组成(20 mM Tris-HCl pH7.5, 10 mM MgCl2, 1 mM CaCl2, 1 mM DTT) 阅读提示:Methods 'Co-IP assay', 'SLC assay', 'In vitro phosphorylation assay';图3a-e、4a-j |
| 体内磷酸化检测 | C. zeina接种后ZmWAKL磷酸化检测时间点(6 hpi);α-phospho-(Ser/Thr)抗体(Abcam ab117253);蛋白提取缓冲液(含蛋白酶和磷酸酶抑制剂) 阅读提示:Methods 'In vivo phosphorylation assay';图6a、b |
| ROS爆发测定 | 使用C. zeina诱导;叶片切条(3mm宽);L-012浓度;HRP浓度(40 µg/ml);记录时间(1.25h,每60s) 阅读提示:Methods 'Oxidative burst assay';图6d-f |