发现caspase和FASN调节压力反应
确定caspase和FASN是否调节对多种压力源的反应强度。
使用报告基因(HSP-4p::GFP、NLP-29p::GFP、GCS-1p::GFP)检测ced-3(-)、ced-4(-)和fasn-1(D/E)突变体在ER、渗透、ROS压力下的诱导;RNAi筛选鉴定fasn-1;AID降解确认FASN-1功能。
Proteolytic activation of fatty acid synthase signals pan-stress resolution
包含体外切割实验、CRISPR突变体、报告基因检测、代谢组学、转录组学、脂滴成像及小鼠肝脏研究,多层级验证功能与机制。
秀丽隐杆线虫(C. elegans) 小鼠肝组织 小鼠原代成骨细胞
FASN-1在Asp1593位点被CED-3切割(D1593E突变消除切割) FASN-CTF表达(尤其KR结构域活性)降低压力反应基因表达和脂滴积累 氧化还原状态:抗氧化剂(NAC、肌肽)降低ced-3突变体的压力反应,氧化剂(MDA)增强反应 ced-3(-)和fasn-1(D/E)突变体增强压力反应,但不影响棕榈酸合成 FASN加工在饱食小鼠肝中检测到,在禁食小鼠中未检测到
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定caspase和FASN是否调节对多种压力源的反应强度。
使用报告基因(HSP-4p::GFP、NLP-29p::GFP、GCS-1p::GFP)检测ced-3(-)、ced-4(-)和fasn-1(D/E)突变体在ER、渗透、ROS压力下的诱导;RNAi筛选鉴定fasn-1;AID降解确认FASN-1功能。
证明FASN被CED-3切割,并检验切割是否影响压力反应。
体外切割实验确定FASN-1的切割位点;生成切割抗性突变fasn-1(D/E);检测其对压力反应的影响;D2O标记检测棕榈酸合成。
确定FASN切割是否影响代谢和氧化还原状态。
对野生型、ced-3(-)和fasn-1(D/E)进行非靶向代谢组学;检测谷胱甘肽比例;测试抗氧化剂和氧化剂的影响;检测caspase氧化和活性。
评估FASN-CTF是否足以调节压力反应。
生成表达FASN-CTF的线虫株;检测其对压力反应基因表达、代谢产物和脂滴的影响;进行组织特异性表达实验。
确定FASN-CTF的哪个酶结构域对其功能至关重要。
生成单个酶结构域突变体(ER-KO、KR-KO、ACP-KO、TE-KO)并检测其对压力反应和脂滴的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 衣霉素 | Sigma-Aldrich | T7765 |
| 氯化钠 | Sigma-Aldrich | S7653 | |
| 代谢物补充 | 棕榈酸钠 | Sigma-Aldrich | P9767 |
| N-乙酰半胱氨酸 | Sigma-Aldrich | A7250 | |
| L-肌肽 | Sigma-Aldrich | C9625 | |
| 丙二醛 | Sigma-Aldrich | 63287 | |
| 四丁基氯化铵 | Sigma-Aldrich | 86870 | |
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基 | -- | -- |
| 显微镜成像 | Axiozoom显微镜 | Zeiss | -- |
| Nomarski显微镜 | Zeiss | -- | |
| LSM900共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| 蛋白质检测 | 抗HA抗体 | Cell Signaling Technology | 3724S |
| 抗肌动蛋白抗体 | Bio-Rad | 12004163 | |
| HA标签(C29F4)兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 11846S | |
| 代谢检测 | Seahorse XFp分析仪 | Agilent | -- |
| 代谢组学 | DCP-Bio1探针 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 线虫培养与压力处理 | 线虫株、压力处理浓度与时间(衣霉素6 μg/ml、NaCl 400 mM、百草枯16 mM)、报告基因株系、动物同步化阶段、温度(20°C) 阅读提示:Methods: Maintenance of C. elegans strains, Stress treatment and metabolite supplementation; Figure legends for Fig. 1 |
| CRISPR突变体构建 | 突变位点(D1593E)、同源臂设计、筛选标记、单拷贝插入位点(Mos1) 阅读提示:Methods: Generation of CRISPR-Cas9 mutations; Supplementary Tables 1-3 |
| 体外切割实验 | 蛋白片段表达系统(TNT)、caspase来源与浓度、孵育温度与时间(30°C过夜) 阅读提示:Methods: In vitro cleavage assay; Figure legends for Fig. 2c-e |
| 代谢组学分析 | 样本量(6个生物学重复)、提取方法(85%甲醇)、数据分析工具(MetaboAnalyst) 阅读提示:Methods: Metabolomics; Figure legends for Fig. 3 |
| 蛋白检测 | 抗体稀释度、裂解液成分、蛋白上样量、凝胶浓度(4-20%梯度) 阅读提示:Methods: Western blot; Extended Data Fig. 4h |
| 脂滴成像 | 报告基因DHS-3::GFP、显微镜设置(ApoTome)、图像分析(Fiji) 阅读提示:Methods: Imaging; Figure legends for Fig. 5 |