类器官培养和条件培养基收集
建立T21和D21脑类器官模型,并收集含有分泌蛋白质的培养基用于后续分析。
使用同基因iPSC系生成脑类器官,在特定时间点收集条件培养基,并冷冻保存。
Cerebral organoids with chromosome 21 trisomy secrete Alzheimer's disease-related soluble aggregates detectable by single-molecule-fluorescence and super-resolution microscopy
实验包含体外类器官模型、单分子检测、超分辨成像、生化分析及多克隆重复实验,功能验证和机制验证明确。
人类iPSC来源的脑类器官(D21和T21同基因系) 条件培养基中的可溶性聚集体
使用同基因的D21和T21 iPSC克隆(NIZEDSM1iD21-C3/9和NIZEDSM1iT21-C5/6/13) 葡萄糖消耗归一化方法验证(高密度和低密度类器官的LDH和葡萄糖水平) SiMPull检测条件:抗体浓度、孵育时间和成像参数 DNA-PAINT和STORM成像的具体条件(成像缓冲液、激光波长等) 重复性实验使用不同克隆、不同实验者、不同实验室
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立T21和D21脑类器官模型,并收集含有分泌蛋白质的培养基用于后续分析。
使用同基因iPSC系生成脑类器官,在特定时间点收集条件培养基,并冷冻保存。
开发并验证一种基于葡萄糖消耗的归一化方法,以校正类器官数量差异。
测量条件培养基中葡萄糖和LDH水平,以高密度和低密度类器官样品验证葡萄糖消耗与细胞数量的关系。
使用SiMPull和SiMoA定量T21和D21类器官分泌的可溶性Aβ和tau聚集体。
使用抗体6E10捕获Aβ,AT8捕获pTau,通过TIRF显微镜计数;SiMoA用于定量总Aβ、Aβ40、Aβ42和总tau。
表征Aβ和tau聚集体的长度、面积和偏心度。
使用DNA-PAINT对Aβ和tau聚集进行超分辨成像,STORM对ASC斑点成像,分析形态参数。
评估T21和D21类器官的炎症小体激活和氧化应激水平。
测量ASC斑点数量(通过SiMPull/STORM)和TXNIP浓度(通过ELISA)。
使用独立克隆和实验者重复关键实验,验证发现的可靠性。
在两个独立实验中,使用来自同一供体的不同iPSC克隆(T21和D21),重复检测Aβ聚集体、tau聚集体、ASC和TXNIP水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | mTESR1培养基 | -- | -- |
| E8培养基 | -- | -- | |
| Geltrex基质胶 | -- | -- | |
| 温和细胞解离液 | StemCell Technologies | 100-0485 | |
| Accutase酶 | Thermo Scientific | A1110501 | |
| 类器官分化 | 基质胶 | -- | -- |
| DMEM-F12培养基 | -- | -- | |
| GlutaMAX补充剂 | Thermo Scientific | 35050061 | |
| 非必需氨基酸 | Thermo Scientific | 11140050 | |
| 肝素 | -- | -- | |
| 生化检测 | 葡萄糖检测试剂盒 | abcam | ab65333 |
| 乳酸脱氢酶检测试剂盒 | abcam | ab65393 | |
| SiMPull | 中性抗生物素蛋白 | -- | -- |
| 吐温20 | -- | P1379-25ML | |
| 生物素化6E10抗体 | BioLegend | 9340-02 | |
| AT8抗体 | Invitrogen | MN1020B | |
| AL177抗体 | AdipoGen | AG-25B-0006-C100 | |
| 牛血清白蛋白 | Thermo Scientific | 10829410 | |
| 超分辨成像 | TetraSpeck微球 | Thermo Scientific | T7279 |
| PDMS垫片 | Merck | GBL-103250-10EA | |
| 成像链(TGGTGGT-cy3B) | atdbio | -- | |
| STORM | 半胱胺 | Merck | 30070 |
| 葡萄糖氧化酶 | Merck | G2133 | |
| 过氧化氢酶 | Merck | C40 | |
| 抗体修饰 | SiteClick™抗体叠氮修饰试剂盒 | Invitrogen | S20026 |
| DBCO-PEG4-生物素 | Merck | 760749, | |
| Zeba™离心脱盐柱 | -- | -- | |
| Pierce™荧光生物素定量试剂盒 | Thermo Scientific | 46610 | |
| SiMoA | Homebrew羧基磁珠 | Quanterix | 104006 |
| Homebrew 2.0开发试剂盒 | Quanterix | 101354 | |
| EDC(1-乙基-3-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺) | Thermo Scientific | A35391 | |
| 生物素化检测抗体6E10、11A50、12F4 | BioLegend | 805404, | |
| SiMoA tau优势试剂盒 | Quanterix | 101552 | |
| SR-X™生物标志物检测系统 | Quanterix | -- | |
| ELISA | TXNIP ELISA试剂盒 | antibodies.com | A76729 |
| 显微镜 | 全内反射荧光显微镜 | -- | -- |
| 超分辨成像 | DNA-PAINT | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 类器官培养 | iPSC系、培养基、基质胶、分化时间、类器官数量、收集间隔 阅读提示:Methods: Development of cerebral organoids and conditioned media collection |
| 葡萄糖消耗归一化 | 高密度和低密度类器官的葡萄糖和LDH水平、孵育时间、读数波长 阅读提示:Methods: Glucose and LDH assays; Results: Fig. 2 |
| SiMPull | 抗体浓度(捕获抗体10 nM,检测抗体6E10 0.5 nM,AT8 2 nM,AL177 1 nM)、孵育时间(捕获过夜,检测45/15/10分钟)、成像参数(638 nm激光,50 ms曝光,50帧,至少9视野) 阅读提示:Methods: SiMPull; Results: Fig. 1 |
| SiMoA | 捕获抗体6E10浓度、检测抗体11A50和12F4浓度(0.1 μg/mL)、孵育时间(30分钟捕获,10分钟检测,10分钟SBG)、SR-X系统 阅读提示:Methods: SiMoA; Results: Fig. 4 |
| 超分辨成像(DNA-PAINT和STORM) | DNA标记抗体、成像链浓度、TetraSpeck微球、STORM成像缓冲液组成(葡萄糖氧化酶、过氧化氢酶、半胱胺、葡萄糖等)、成像参数(激光、帧数、曝光时间) 阅读提示:Methods: DNA-PAINT和STORM; Results: Fig. 5 |
| 炎症和氧化应激检测 | ASC斑点检测的抗体、STORM成像条件;TXNIP ELISA的试剂盒、孵育时间和波长 阅读提示:Methods: TXNIP ELISA; Results: Figs. 7, 8 |