含有21号染色体三体的脑类器官分泌阿尔茨海默病相关的可溶性聚集体,可通过单分子荧光和超分辨显微镜检测

Cerebral organoids with chromosome 21 trisomy secrete Alzheimer's disease-related soluble aggregates detectable by single-molecule-fluorescence and super-resolution microscopy

作者信息Emre Fertan, Dorothea Böken, Aoife Murray, John S H Danial, Jeff Y L Lam, Yunzhao Wu, Pollyanna A Goh, Ivan Alić, Matthew R Cheetham, Evgeniia Lobanova, Yu P Zhang, Dean Nižetić, David Klenerman
PMID38102482
发布时间2024-02
DOI10.1038/s41380-023-02333-3

实验完整度

高

实验包含体外类器官模型、单分子检测、超分辨成像、生化分析及多克隆重复实验,功能验证和机制验证明确。

主要模型

人类iPSC来源的脑类器官(D21和T21同基因系) 条件培养基中的可溶性聚集体

重点核对

使用同基因的D21和T21 iPSC克隆(NIZEDSM1iD21-C3/9和NIZEDSM1iT21-C5/6/13) 葡萄糖消耗归一化方法验证(高密度和低密度类器官的LDH和葡萄糖水平) SiMPull检测条件:抗体浓度、孵育时间和成像参数 DNA-PAINT和STORM成像的具体条件(成像缓冲液、激光波长等) 重复性实验使用不同克隆、不同实验者、不同实验室

摘要

理解β-淀粉样蛋白(Aβ)和tau蛋白的小型可溶性聚集体在阿尔茨海默病(AD)中的作用,对于合理设计预防性治疗至关重要。本文报道了一套方法,用于检测、定量和表征来自人类iPSC来源的、具有21号染色体三体的脑类器官条件培养基中的可溶性聚集体,这些类器官因此含有一个额外的淀粉样前体蛋白(APP)基因拷贝。我们检测到了对照和同基因三体21(T21)基因型脑类器官分泌的可溶性β-淀粉样蛋白(Aβ)和tau蛋白聚集体。我们开发了一种新方法,基于葡萄糖消耗将测量结果标准化到类器官条件培养基中活神经元的数量。经标准化后,T21类器官产生的Aβ聚集体数量是对照的2.5倍,且更大比例(300–2000 nm²)和更纤维状的聚集体也更多,同时可溶性磷酸化tau(pTau)聚集体增加1.3倍,炎症小体ASC斑点增加,以及诱导硫氧还蛋白相互作用蛋白(TXNIP)的氧化应激水平升高。重要的是,所有这些在类器官切片中出现组织学淀粉样斑块或神经元内tau病理之前即可检测到,证明了使用来自遗传易感活体供体的细胞在临床发病前体外模拟AD初始致病机制的可行性。然后,使用在不同时间、两个独立实验中从同一供体产生的不同iPSC克隆,我们测试了类器官中发现的重复性。虽然不同实验之间的疾病进展速率存在差异,但疾病机制是保守的。总之,我们的结果表明,通过监测条件培养基中聚集体和蛋白质的变化,可以无创地追踪AD类器官模型中病理的发展,并为了解关键致病过程的时间进程开辟了可能性。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
T21脑类器官是否分泌可溶性Aβ和tau聚集体,其数量、形态和病理学特征是否与D21对照组不同,并且这些发现是否可以重现。
核心机制
21号染色体三体导致APP基因过度表达,增加Aβ产生,促进Aβ聚集,进而可能引发tau过度磷酸化、炎症和氧化应激,这些机制共同推动AD病理。
主要证据
SiMPull和DNA-PAINT检测显示T21类器官分泌的Aβ聚集体数量增加2.5倍,形态更大且更纤维状;SiMoA证实Aβ40和Aβ42增加;AT8阳性tau聚集体增加;ASC斑点增多;TXNIP水平升高;这些结果在重复实验中得到部分重现。
研究意义
该研究证明了使用脑类器官模型非侵入性追踪AD病理发展时间进程的可行性,为在人类来源系统中研究AD早期机制和测试疗法提供了平台。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

类器官培养和条件培养基收集

建立T21和D21脑类器官模型,并收集含有分泌蛋白质的培养基用于后续分析。

使用同基因iPSC系生成脑类器官,在特定时间点收集条件培养基,并冷冻保存。

2

葡萄糖消耗归一化

开发并验证一种基于葡萄糖消耗的归一化方法,以校正类器官数量差异。

测量条件培养基中葡萄糖和LDH水平,以高密度和低密度类器官样品验证葡萄糖消耗与细胞数量的关系。

3

Aβ和tau聚集体的检测与定量

使用SiMPull和SiMoA定量T21和D21类器官分泌的可溶性Aβ和tau聚集体。

使用抗体6E10捕获Aβ,AT8捕获pTau,通过TIRF显微镜计数;SiMoA用于定量总Aβ、Aβ40、Aβ42和总tau。

4

超分辨成像分析聚集体形态

表征Aβ和tau聚集体的长度、面积和偏心度。

使用DNA-PAINT对Aβ和tau聚集进行超分辨成像,STORM对ASC斑点成像,分析形态参数。

5

炎症和氧化应激标志物检测

评估T21和D21类器官的炎症小体激活和氧化应激水平。

测量ASC斑点数量(通过SiMPull/STORM)和TXNIP浓度(通过ELISA)。

6

可重复性验证

使用独立克隆和实验者重复关键实验,验证发现的可靠性。

在两个独立实验中,使用来自同一供体的不同iPSC克隆(T21和D21),重复检测Aβ聚集体、tau聚集体、ASC和TXNIP水平。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
mTESR1培养基----
E8培养基----
Geltrex基质胶----
温和细胞解离液StemCell Technologies100-0485
Accutase酶Thermo ScientificA1110501
基质胶----
DMEM-F12培养基----
GlutaMAX补充剂Thermo Scientific35050061
非必需氨基酸Thermo Scientific11140050
肝素----
葡萄糖检测试剂盒abcamab65333
乳酸脱氢酶检测试剂盒abcamab65393
中性抗生物素蛋白----
吐温20--P1379-25ML
生物素化6E10抗体BioLegend9340-02
AT8抗体InvitrogenMN1020B
AL177抗体AdipoGenAG-25B-0006-C100
牛血清白蛋白Thermo Scientific10829410
TetraSpeck微球Thermo ScientificT7279
PDMS垫片MerckGBL-103250-10EA
成像链(TGGTGGT-cy3B)atdbio--
半胱胺Merck30070
葡萄糖氧化酶MerckG2133
过氧化氢酶MerckC40
SiteClick™抗体叠氮修饰试剂盒InvitrogenS20026
DBCO-PEG4-生物素Merck760749,
Zeba™离心脱盐柱----
Pierce™荧光生物素定量试剂盒Thermo Scientific46610
Homebrew羧基磁珠Quanterix104006
Homebrew 2.0开发试剂盒Quanterix101354
EDC(1-乙基-3-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺)Thermo ScientificA35391
生物素化检测抗体6E10、11A50、12F4BioLegend805404,
SiMoA tau优势试剂盒Quanterix101552
SR-X™生物标志物检测系统Quanterix--
TXNIP ELISA试剂盒antibodies.comA76729
全内反射荧光显微镜----
DNA-PAINT----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
类器官培养
iPSC系、培养基、基质胶、分化时间、类器官数量、收集间隔
阅读提示:Methods: Development of cerebral organoids and conditioned media collection
葡萄糖消耗归一化
高密度和低密度类器官的葡萄糖和LDH水平、孵育时间、读数波长
阅读提示:Methods: Glucose and LDH assays; Results: Fig. 2
SiMPull
抗体浓度(捕获抗体10 nM,检测抗体6E10 0.5 nM,AT8 2 nM,AL177 1 nM)、孵育时间(捕获过夜,检测45/15/10分钟)、成像参数(638 nm激光,50 ms曝光,50帧,至少9视野)
阅读提示:Methods: SiMPull; Results: Fig. 1
SiMoA
捕获抗体6E10浓度、检测抗体11A50和12F4浓度(0.1 μg/mL)、孵育时间(30分钟捕获,10分钟检测,10分钟SBG)、SR-X系统
阅读提示:Methods: SiMoA; Results: Fig. 4
超分辨成像(DNA-PAINT和STORM)
DNA标记抗体、成像链浓度、TetraSpeck微球、STORM成像缓冲液组成(葡萄糖氧化酶、过氧化氢酶、半胱胺、葡萄糖等)、成像参数(激光、帧数、曝光时间)
阅读提示:Methods: DNA-PAINT和STORM; Results: Fig. 5
炎症和氧化应激检测
ASC斑点检测的抗体、STORM成像条件;TXNIP ELISA的试剂盒、孵育时间和波长
阅读提示:Methods: TXNIP ELISA; Results: Figs. 7, 8