GWAS与荟萃分析发现风险位点
鉴定与妊娠时长和自发性早产相关的母体遗传位点
对FinnGen、23andMe和北/中芬兰队列进行GWAS,并采用固定效应逆方差加权或样本量加权的荟萃分析,检测全基因组显著关联位点(p<5×10-8)。
Meta-analysis of genome-wide association studies of gestational duration and spontaneous preterm birth identifies new maternal risk loci
研究包含多队列GWAS荟萃分析、复制研究、共定位分析和组织表达分析,但缺乏功能实验验证。
欧洲母亲队列(FinnGen、23andMe、北芬兰/中芬兰队列) 芬蘭母体队列(FinnGen) 23andMe母体队列 北欧复制队列(FIN、MoBa、DNBC)
SPTB病例对照荟萃分析:8,542例病例,89,828例对照 妊娠时长的定量荟萃分析:68,732名欧洲母亲 效应等位基因频率和效应方向的一致性与复制分析 共定位分析的后验概率PP>0.6 LDSC遗传相关性分析(与773个复杂性状)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与妊娠时长和自发性早产相关的母体遗传位点
对FinnGen、23andMe和北/中芬兰队列进行GWAS,并采用固定效应逆方差加权或样本量加权的荟萃分析,检测全基因组显著关联位点(p<5×10-8)。
验证发现位点并检测额外位点
在北欧数据组(FIN、MoBa、DNBC)中测试lead variants的关联,并进行联合分析以识别达到全基因组显著性的新位点。
评估与其它复杂性状的遗传相关性及涉及的生物学通路
使用LDSC评估遗传相关性和SNP遗传力,使用MAGMA进行基因集和组织表达分析。
探索关联位点的潜在调控机制和靶基因
使用FUM进行功能注释,进行PheWAS和共定位分析,结合eQTL数据评估关联变异是否通过调控基因表达起作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA提取 | UltraClean血液DNA提取试剂盒 | MO BIO Laboratories, Inc. | -- |
| Puregene血液核心试剂盒 | Qiagen | -- | |
| prepIT-L2P试剂盒 | DNA Genotek | -- | |
| 基因分型 | Infinium HumanCoreExome芯片 | Illumina | -- |
| Illumina芯片 | Illumina Inc. | -- | |
| Affymetrix芯片 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| GWAS分析 | 样本来源(FinnGen、23andMe、北/中芬兰)、样本量(SPTB:98,370;妊娠时长:68,732)、病例和对照定义(早产<37周,足月≥37周)、模型协变量(年龄、性别、基因分型批次、主成分)。 阅读提示:Methods: Study cohorts and phenotype descriptions; GWAS and meta-analysis。 |
| 荟萃分析 | 荟萃分析方法(固定效应逆方差加权 vs 样本量加权)、基因组坐标(GRCh38)、最小等位基因频率(MAF<0.01%)、关联显著性阈值(p<5×10-8)。 阅读提示:Methods: GWAS and meta-analysis。 |
| 复制和联合分析 | 复制队列(FIN、MoBa、DNBC)、样本量(FIN=888, MoBa=1,834, DNBC=5,921)、排除标准(非自发早产、引产、先兆子痫等)、联合分析阈值(p<1×10-6)。 阅读提示:Methods: Replication and joint analysis。 |
| 功能注释和共定位分析 | eQTL来源(eQTLCatalogue)、eQTL FDR阈值(<0.05)、共定位方法的PP阈值(>0.6)、分析的变异窗口(±1Mb)、组织类型。 阅读提示:Methods: Characterization of association signals。 |
| 遗传相关性和基因集分析 | LDSC参考面板、遗传力估计模型、基因集数据库(MsigDB)、组织表达数据库(GTEx v8)、MAGMA设置。 阅读提示:Methods: Characterization of association signals。 |