AD大脑淀粉样纤维蛋白质组学揭示聚集和毒性的调节因子

Amyloid fibril proteomics of AD brains reveals modifiers of aggregation and toxicity

作者信息Arun Upadhyay, Deepak Chhangani, Nalini R Rao, Julia Kofler, Robert Vassar, Diego E Rincon-Limas, Jeffrey N Savas
PMID37710351
发布时间2023-09-14
DOI10.1186/s13024-023-00654-z

实验完整度

涵盖人类AD脑、三种小鼠模型、原代神经元和果蝇模型的体外与体内实验,包括纤维纯化、蛋白质组学、免疫验证及遗传功能验证。

主要模型

人类AD脑组织 5xFAD和App敲入小鼠模型 Aβ42转基因果蝇(GMR-Gal4和201Y-Gal4) 原代大鼠海马/皮层神经元

重点核对

淀粉样纤维纯化方案:蔗糖密度梯度离心结合超声处理 Aβ38在纤维中的存在及对Aβ42聚集的影响(体外ThT实验) MT3与纤维的共定位及对Aβ42聚集的延迟作用 果蝇模型中20个基因对Aβ42毒性的调节(RNAi/过表达)

摘要

背景:淀粉样β(Aβ)肽在纤维中的积累是阿尔茨海默病(AD)的前提。由于从脑提取物中分离纯淀粉样纤维的技术挑战,我们对促进Aβ纤维形成和介导神经毒性的蛋白质的理解一直有限。方法:为了研究淀粉样纤维如何在AD大脑中形成并引起神经毒性,我们开发了一种稳健的生化策略。我们使用电子显微镜、淀粉样染料和大量Aβ免疫测定法验证了我们的纯化效果。基于串联质谱的蛋白质组学分析工作流程提供了淀粉样纤维蛋白质组的定量测量。这些方法使我们能够比较来自人类AD大脑、三种淀粉样小鼠模型、转基因Aβ42果蝇和Aβ42种子培养神经元的淀粉样纤维组成。结果:淀粉样纤维主要由Aβ42组成,并意外地含有Aβ38,但通常缺乏Aβ40肽。多维定量蛋白质组学使我们通过鉴定20种新的淀粉样相关蛋白重新定义了纤维蛋白质组。值得注意的是,我们确认了57种先前报道的斑块相关蛋白。我们使用抗体和正交蛋白质组学分析验证了一组这些蛋白作为真正的淀粉样相互作用蛋白。一种金属结合伴侣金属硫蛋白-3与淀粉样纤维紧密相关,并在体外调节纤维形成。最后,我们使用转基因Aβ42果蝇模型来测试敲低或过表达纤维相互作用基因同源物是否改变神经毒性。在这里,我们能够在体内功能验证20个基因作为Aβ42毒性的修饰因子。结论:这些发现和随后的确认表明,纤维相关蛋白在淀粉样形成和AD病理中起关键作用。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
哪些蛋白与AD大脑中的淀粉样纤维相关,并调节纤维形成和神经毒性?
核心机制
纤维相关蛋白(如MT3)通过与Aβ42相互作用调节纤维形成和毒性;MT3增加聚集延迟时间但不影响总体聚集程度。
主要证据
多种模型(小鼠、人类、果蝇、神经元)的蛋白质组学鉴定,免疫验证(WB,IF,免疫金标记),体外聚集实验(ThT),果蝇基因修饰实验。
研究意义
鉴定新的淀粉样纤维相关蛋白,为理解AD病理和开发靶向治疗提供基础。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

淀粉样纤维纯化

从不同生物样本(人脑、小鼠脑、果蝇头、神经元)中分离高纯度淀粉样纤维,以进行后续组成和功能分析。

采用蔗糖密度梯度离心、超声处理和SDS洗涤等步骤,从组织匀浆中纯化不溶性淀粉样纤维。

2

淀粉样纤维组成分析

鉴定淀粉样纤维中Aβ肽亚型和伴随蛋白的组成。

通过WB、ELISA、质谱(LFQ、TMT)等方法分析纯化纤维中的Aβ38、40、42含量以及蛋白质组。

3

Aβ38对Aβ42聚集的影响

研究Aβ38是否调节Aβ42的聚集过程。

体外ThT动力学实验,在Aβ42单体中加入少量Aβ38或Aβ40,监测聚集曲线。

4

MT3对Aβ42聚集的影响

验证纤维相关蛋白MT3是否影响Aβ42聚集。

体外ThT实验,在Aβ42单体中加入重组人MT3蛋白,观察聚集动力学。

5

果蝇体内功能验证

验证人类/小鼠纤维相关蛋白的同源基因是否调节Aβ42毒性。

在GMR-Gal4驱动的Aβ42果蝇眼中,通过RNAi或过表达候选基因,观察眼睛表型变化。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
神经元基础培养基Gibco21103049
SM1添加剂STEMCELL Technologies05711
谷氨酰胺补充剂GibcoA1286001
β-巯基乙醇Thermo Scientific0219483425
多聚-D-赖氨酸Sigma-AldrichP0899
层粘连蛋白Gibco23017015
胶原酶----
脱氧核糖核酸酶I----
蛋白酶抑制剂混合物----
BCA蛋白定量试剂盒Thermo Scientific23225
4-15% Mini-PROTEAN TGX无染预铸凝胶BioRad4568084
丽春红SSigma AldrichP7170
OCT包埋剂Sakura--
Fluoromount-G封片剂----
马血清----
刚果红Sigma AldrichC6277
ProteaseMAX表面活性剂PromegaV2072
胰蛋白酶PromegaV5280
赖氨酰内肽酶CPromegaPI90307
三(2-羧乙基)膦----
C18离心柱Thermo Scientific89870
C18 HyperSep柱Thermo Fisher Scientific60108-302
高pH反相肽分级柱Thermo Fisher ScientificPI84868
串联质谱标签试剂Thermo Fisher Scientific--
Aβ38 ELISA试剂盒IBL America27717
Aβ40 ELISA试剂盒Thermo FisherKHB3781
Aβ42 ELISA试剂盒Thermo FisherKHB3441
聚集Aβ ELISA试剂盒Thermo FisherKHB3791
硫黄素T----
重组Aβ38肽rPeptideA-1078-2
重组Aβ40肽rPeptideA-1153-2
重组Aβ42肽rPeptideA-1163-2
Aβ42乱序肽rPeptideA-1004-02
重组人金属硫蛋白3Boster BioPROTP25713
α-胰凝乳蛋白酶SigmaC3142
嗜热菌蛋白酶SigmaP1512
内肽酶Asp-NNew England BiolabsP8104S
葡萄糖-半胱氨酸蛋白酶SigmaP2922
精氨酸-C蛋白酶BiovendorRBG40003005
胰蛋白酶PromegaV5280
赖氨酰内肽酶CPromegaPI90307
Bio-Rad ChemiDoc MP成像系统Bio-Rad--
Nikon AXR共聚焦显微镜Nikon--
Leica共聚焦显微镜Leica--
FEI Tecnai Spirit G2透射电子显微镜FEI--
Leica Z16 Apo变倍系统Leica--
Synergy HTX多功能酶标仪Biotek--
Bioruptor Pico Plus超声破碎仪Diagenode--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
淀粉样纤维纯化
脑组织量、蔗糖浓度梯度、离心速度和时长、超声处理条件、SDS浓度和洗涤次数
阅读提示:Methods 'Amyloid fibril purification from brain tissues'
Aβ肽定量
组织稀释倍数(1:60至1:600)、GuHCl浓度、ELISA试剂盒型号
阅读提示:Methods 'ELISA assay'
Aβ聚集动力学
Aβ肽浓度(3 µM)和添加剂浓度(100 nM)、缓冲液pH和组成、ThT浓度、读数间隔
阅读提示:Methods 'Amyloid kinetics experiment'
MT3实验
MT3浓度(100 nM)、Aβ42浓度(3 µM)、ThT浓度(20 µM)
阅读提示:Methods 'Amyloid kinetics experiment'
果蝇遗传实验
果蝇品系(GMR-Gal4;UAS-Aβ42)、培养温度(27°C)、基因型数量(n=8-15)
阅读提示:Methods 'Genetic validation in Drosophila'