淀粉样纤维纯化
从不同生物样本(人脑、小鼠脑、果蝇头、神经元)中分离高纯度淀粉样纤维,以进行后续组成和功能分析。
采用蔗糖密度梯度离心、超声处理和SDS洗涤等步骤,从组织匀浆中纯化不溶性淀粉样纤维。
Amyloid fibril proteomics of AD brains reveals modifiers of aggregation and toxicity
涵盖人类AD脑、三种小鼠模型、原代神经元和果蝇模型的体外与体内实验,包括纤维纯化、蛋白质组学、免疫验证及遗传功能验证。
人类AD脑组织 5xFAD和App敲入小鼠模型 Aβ42转基因果蝇(GMR-Gal4和201Y-Gal4) 原代大鼠海马/皮层神经元
淀粉样纤维纯化方案:蔗糖密度梯度离心结合超声处理 Aβ38在纤维中的存在及对Aβ42聚集的影响(体外ThT实验) MT3与纤维的共定位及对Aβ42聚集的延迟作用 果蝇模型中20个基因对Aβ42毒性的调节(RNAi/过表达)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从不同生物样本(人脑、小鼠脑、果蝇头、神经元)中分离高纯度淀粉样纤维,以进行后续组成和功能分析。
采用蔗糖密度梯度离心、超声处理和SDS洗涤等步骤,从组织匀浆中纯化不溶性淀粉样纤维。
鉴定淀粉样纤维中Aβ肽亚型和伴随蛋白的组成。
通过WB、ELISA、质谱(LFQ、TMT)等方法分析纯化纤维中的Aβ38、40、42含量以及蛋白质组。
研究Aβ38是否调节Aβ42的聚集过程。
体外ThT动力学实验,在Aβ42单体中加入少量Aβ38或Aβ40,监测聚集曲线。
验证纤维相关蛋白MT3是否影响Aβ42聚集。
体外ThT实验,在Aβ42单体中加入重组人MT3蛋白,观察聚集动力学。
验证人类/小鼠纤维相关蛋白的同源基因是否调节Aβ42毒性。
在GMR-Gal4驱动的Aβ42果蝇眼中,通过RNAi或过表达候选基因,观察眼睛表型变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 神经元基础培养基 | Gibco | 21103049 |
| SM1添加剂 | STEMCELL Technologies | 05711 | |
| 谷氨酰胺补充剂 | Gibco | A1286001 | |
| β-巯基乙醇 | Thermo Scientific | 0219483425 | |
| 多聚-D-赖氨酸 | Sigma-Aldrich | P0899 | |
| 层粘连蛋白 | Gibco | 23017015 | |
| 纤维纯化 | 胶原酶 | -- | -- |
| 脱氧核糖核酸酶I | -- | -- | |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | -- | -- | |
| 免疫印迹 | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Scientific | 23225 |
| 4-15% Mini-PROTEAN TGX无染预铸凝胶 | BioRad | 4568084 | |
| 丽春红S | Sigma Aldrich | P7170 | |
| 免疫组化 | OCT包埋剂 | Sakura | -- |
| Fluoromount-G封片剂 | -- | -- | |
| 马血清 | -- | -- | |
| 染色 | 刚果红 | Sigma Aldrich | C6277 |
| 蛋白质组学 | ProteaseMAX表面活性剂 | Promega | V2072 |
| 胰蛋白酶 | Promega | V5280 | |
| 赖氨酰内肽酶C | Promega | PI90307 | |
| 三(2-羧乙基)膦 | -- | -- | |
| C18离心柱 | Thermo Scientific | 89870 | |
| C18 HyperSep柱 | Thermo Fisher Scientific | 60108-302 | |
| 高pH反相肽分级柱 | Thermo Fisher Scientific | PI84868 | |
| 串联质谱标签试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| ELISA | Aβ38 ELISA试剂盒 | IBL America | 27717 |
| Aβ40 ELISA试剂盒 | Thermo Fisher | KHB3781 | |
| Aβ42 ELISA试剂盒 | Thermo Fisher | KHB3441 | |
| 聚集Aβ ELISA试剂盒 | Thermo Fisher | KHB3791 | |
| 动力学实验 | 硫黄素T | -- | -- |
| 重组Aβ38肽 | rPeptide | A-1078-2 | |
| 重组Aβ40肽 | rPeptide | A-1153-2 | |
| 重组Aβ42肽 | rPeptide | A-1163-2 | |
| Aβ42乱序肽 | rPeptide | A-1004-02 | |
| 重组人金属硫蛋白3 | Boster Bio | PROTP25713 | |
| 蛋白酶消化 | α-胰凝乳蛋白酶 | Sigma | C3142 |
| 嗜热菌蛋白酶 | Sigma | P1512 | |
| 内肽酶Asp-N | New England Biolabs | P8104S | |
| 葡萄糖-半胱氨酸蛋白酶 | Sigma | P2922 | |
| 精氨酸-C蛋白酶 | Biovendor | RBG40003005 | |
| 胰蛋白酶 | Promega | V5280 | |
| 赖氨酰内肽酶C | Promega | PI90307 | |
| 仪器设备 | Bio-Rad ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad | -- |
| Nikon AXR共聚焦显微镜 | Nikon | -- | |
| Leica共聚焦显微镜 | Leica | -- | |
| FEI Tecnai Spirit G2透射电子显微镜 | FEI | -- | |
| Leica Z16 Apo变倍系统 | Leica | -- | |
| Synergy HTX多功能酶标仪 | Biotek | -- | |
| Bioruptor Pico Plus超声破碎仪 | Diagenode | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 淀粉样纤维纯化 | 脑组织量、蔗糖浓度梯度、离心速度和时长、超声处理条件、SDS浓度和洗涤次数 阅读提示:Methods 'Amyloid fibril purification from brain tissues' |
| Aβ肽定量 | 组织稀释倍数(1:60至1:600)、GuHCl浓度、ELISA试剂盒型号 阅读提示:Methods 'ELISA assay' |
| Aβ聚集动力学 | Aβ肽浓度(3 µM)和添加剂浓度(100 nM)、缓冲液pH和组成、ThT浓度、读数间隔 阅读提示:Methods 'Amyloid kinetics experiment' |
| MT3实验 | MT3浓度(100 nM)、Aβ42浓度(3 µM)、ThT浓度(20 µM) 阅读提示:Methods 'Amyloid kinetics experiment' |
| 果蝇遗传实验 | 果蝇品系(GMR-Gal4;UAS-Aβ42)、培养温度(27°C)、基因型数量(n=8-15) 阅读提示:Methods 'Genetic validation in Drosophila' |