轻度至中度慢性阻塞性肺疾病中下气道菌群失调加重肺部炎症损伤

Lower Airway Dysbiosis Augments Lung Inflammatory Injury in Mild-to-Moderate Chronic Obstructive Pulmonary Disease

作者信息Imran Sulaiman, Benjamin G Wu, Matthew Chung, Bradley Isaacs, Jun-Chieh J Tsay, Meredith Holub, Clea R Barnett, Benjamin Kwok, Matthias C Kugler, Jake G Natalini, Shivani Singh, Yonghua Li, Rosemary Schluger, Joseph Carpenito, Destiny Collazo, Luisanny Perez, Yaa Kyeremateng, Miao Chang, Christina D Campbell, Philip M Hansbro, Beno W Oppenheimer, Kenneth I Berger, Roberta M Goldring, Sergei B Koralov, Michael D Weiden, Rui Xiao, Jeanine D'Armiento, Jose C Clemente, Elodie Ghedin, Leopoldo N Segal
PMID37677136
发布时间2023-11-15
DOI10.1164/rccm.202210-1865OC

实验完整度

研究包含人类队列(26例COPD和31例吸烟对照)的多组学分析(16S rRNA、宏基因组、宏转录组、宿主转录组)及小鼠模型(烟雾暴露、MOC干预)的功能验证,涵盖微生物组、宿主转录、组织学及免疫学检测。

主要模型

C57BL6/J小鼠烟雾暴露模型 C57BL6/J小鼠MOC吸入模型 人类队列(轻度至中度COPD,吸烟对照)

重点核对

人类队列:有>10包年吸烟史,COPD组和吸烟对照组各26例和31例 小鼠模型:12周龄雌性C57BL6/J小鼠,暴露于PBS、烟雾、MOC或MOC+烟雾12周 MOC组成:包含Streptococcus mitis, Veillonella parvula, Prevotella melaninogenica 检测时间:小鼠最后一次暴露后5天收集下气道样本进行微生物负担和组成分析

摘要

慢性阻塞性肺疾病(COPD)与高发病率、高死亡率和医疗费用相关。香烟烟雾是致病因素;然而,并非所有重度吸烟者都会发展为COPD。微生物定植和感染是晚期疾病进展的促成因素。我们调查了轻度至中度COPD中是否发生下气道菌群失调,并分析了对COPD发病机制的潜在机制贡献。我们招募了57名有>10包年吸烟史的患者:26名有生理学上的COPD证据,31名肺功能正常(吸烟对照组)。通过支气管镜取样上气道、下气道和环境背景样本。样本通过16S rRNA基因测序、全基因组、RNA宏转录组和宿主RNA转录组进行分析。使用临床前小鼠模型评估香烟烟雾和菌群失调对下气道炎症损伤的贡献。与吸烟对照相比,微生物组分析显示COPD受试者的下气道富集了常见的口腔共生菌。下气道宿主转录组学显示轻度至中度COPD中炎症和肿瘤发生标志物存在差异,如IL-17、IL-6、ERK/MAPK、PI3K、MUC1和MUC4上调。最后,在暴露于香烟烟雾的临床前小鼠模型中,常见口腔共生菌导致的下气道菌群失调加重了炎症损伤,揭示了与人类COPD患者观察到的相似转录组特征。下气道菌群失调在烟雾暴露背景下对COPD早期的炎症损伤有贡献。针对下气道微生物组与戒烟相结合可能具有潜在的治疗相关性。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
轻度至中度COPD中是否发生下气道菌群失调,及其是否对发病机制有贡献?
核心机制
下气道菌群失调(常见口腔共生菌富集)与烟雾暴露共同作用,通过上调炎症通路(如IL-17、IL-6)和转录组特征,加重气道炎症损伤。
主要证据
人类队列的微生物组和宿主转录组分析显示口腔共生菌富集及炎症相关基因上调;小鼠模型中,MOC+烟雾暴露导致炎症细胞浸润和组织学改变(MLI增加),且转录组特征与人类COPD相似。
研究意义
研究提示针对下气道微生物组与戒烟结合可能预防或延缓COPD进展,为早期干预提供潜在靶点。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

人类队列建立与样本采集

比较轻度至中度COPD患者与吸烟对照的下气道微生物组和宿主转录组差异

招募57名>10包年吸烟史志愿者,通过支气管镜收集上气道、下气道(BAL)和环境背景样本。

2

微生物组与宿主转录组分析

鉴定下气道微生物组成和宿主基因表达差异

对BAL样本进行16S rRNA基因测序、全基因组测序、RNA宏转录组测序和宿主RNA转录组测序,并进行生物信息学分析。

3

小鼠模型建立与干预

评估下气道菌群失调对烟雾相关肺损伤的因果作用

C57BL/6J小鼠接受PBS、烟雾、MOC或MOC+烟雾暴露12周,后评估组织学和炎症。

4

小鼠肺损伤与炎症评估

量化肺实质破坏和免疫细胞浸润

测量平均线性截距(MLI),检测细胞因子/趋化因子,流式细胞术分析T细胞,免疫组化定量免疫细胞。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
zymoBIOMICS DNA/RNA提取试剂盒Zymo ResearchR2002
MiSeq测序平台Illumina--
NovaSeq测序平台Illumina--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
人类队列
样本纳入标准:>10包年吸烟史;COPD定义为FEV1/FVC<70且FEV1>50%预计值;SC组无阻塞(FEV1/FVC>70%和/或FEV1>70%);年龄、性别、BMI、吸烟状态等匹配信息需核对。
阅读提示:Methods: Cohort, Table 1
支气管镜采样
下气道样本采集自右中叶和舌叶;背景和声门样本采集方法;样本处理(冰上运输、BAL和细胞沉淀分装、-80℃保存)。
阅读提示:Methods: Lower Airway Bronchoscopic Sampling Procedure
测序与生物信息学分析
测序平台(MiSeq和NovaSeq)、16S V4区引物、宏基因组和宏转录组分析方法(Trimmomatic, Bowtie2, Kraken2, Bracken, FMAP)、宿主转录组分析(Rsubread)。
阅读提示:Methods: DNA/RNA Isolation, Library Preparation, and Sequencing; 在线补充方法
小鼠模型
小鼠品系(C57BL/6J)、年龄(12周龄)、性别(雌性)、暴露方式(PBS、烟雾、MOC、MOC+烟雾)、MOC组成(S. mitis, V. parvula, P. melaninogenica)和剂量、暴露频率(每周)和持续时间(12周)。
阅读提示:Methods: Mouse Dysbiosis and Cigarette Smoke Exposure; 在线补充方法及参考文献[18]
小鼠肺评估
MLI测量(每只小鼠20个肺切片);细胞因子/趋化因子检测(多重荧光珠分析,n=5/组);FACS分析(CD4/CD8比例、活化标志物、IL-17、PD-1);IHC(每只小鼠5个切片,20个视野)。
阅读提示:Methods: Mouse Dysbiosis and Cigarette Smoke Exposure; Results (Figures 3-5); Figure legends