人类队列建立与样本采集
比较轻度至中度COPD患者与吸烟对照的下气道微生物组和宿主转录组差异
招募57名>10包年吸烟史志愿者,通过支气管镜收集上气道、下气道(BAL)和环境背景样本。
Lower Airway Dysbiosis Augments Lung Inflammatory Injury in Mild-to-Moderate Chronic Obstructive Pulmonary Disease
研究包含人类队列(26例COPD和31例吸烟对照)的多组学分析(16S rRNA、宏基因组、宏转录组、宿主转录组)及小鼠模型(烟雾暴露、MOC干预)的功能验证,涵盖微生物组、宿主转录、组织学及免疫学检测。
C57BL6/J小鼠烟雾暴露模型 C57BL6/J小鼠MOC吸入模型 人类队列(轻度至中度COPD,吸烟对照)
人类队列:有>10包年吸烟史,COPD组和吸烟对照组各26例和31例 小鼠模型:12周龄雌性C57BL6/J小鼠,暴露于PBS、烟雾、MOC或MOC+烟雾12周 MOC组成:包含Streptococcus mitis, Veillonella parvula, Prevotella melaninogenica 检测时间:小鼠最后一次暴露后5天收集下气道样本进行微生物负担和组成分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较轻度至中度COPD患者与吸烟对照的下气道微生物组和宿主转录组差异
招募57名>10包年吸烟史志愿者,通过支气管镜收集上气道、下气道(BAL)和环境背景样本。
鉴定下气道微生物组成和宿主基因表达差异
对BAL样本进行16S rRNA基因测序、全基因组测序、RNA宏转录组测序和宿主RNA转录组测序,并进行生物信息学分析。
评估下气道菌群失调对烟雾相关肺损伤的因果作用
C57BL/6J小鼠接受PBS、烟雾、MOC或MOC+烟雾暴露12周,后评估组织学和炎症。
量化肺实质破坏和免疫细胞浸润
测量平均线性截距(MLI),检测细胞因子/趋化因子,流式细胞术分析T细胞,免疫组化定量免疫细胞。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA/RNA提取 | zymoBIOMICS DNA/RNA提取试剂盒 | Zymo Research | R2002 |
| 16S rRNA基因测序 | MiSeq测序平台 | Illumina | -- |
| 宏基因组/宏转录组测序 | NovaSeq测序平台 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人类队列 | 样本纳入标准:>10包年吸烟史;COPD定义为FEV1/FVC<70且FEV1>50%预计值;SC组无阻塞(FEV1/FVC>70%和/或FEV1>70%);年龄、性别、BMI、吸烟状态等匹配信息需核对。 阅读提示:Methods: Cohort, Table 1 |
| 支气管镜采样 | 下气道样本采集自右中叶和舌叶;背景和声门样本采集方法;样本处理(冰上运输、BAL和细胞沉淀分装、-80℃保存)。 阅读提示:Methods: Lower Airway Bronchoscopic Sampling Procedure |
| 测序与生物信息学分析 | 测序平台(MiSeq和NovaSeq)、16S V4区引物、宏基因组和宏转录组分析方法(Trimmomatic, Bowtie2, Kraken2, Bracken, FMAP)、宿主转录组分析(Rsubread)。 阅读提示:Methods: DNA/RNA Isolation, Library Preparation, and Sequencing; 在线补充方法 |
| 小鼠模型 | 小鼠品系(C57BL/6J)、年龄(12周龄)、性别(雌性)、暴露方式(PBS、烟雾、MOC、MOC+烟雾)、MOC组成(S. mitis, V. parvula, P. melaninogenica)和剂量、暴露频率(每周)和持续时间(12周)。 阅读提示:Methods: Mouse Dysbiosis and Cigarette Smoke Exposure; 在线补充方法及参考文献[18] |
| 小鼠肺评估 | MLI测量(每只小鼠20个肺切片);细胞因子/趋化因子检测(多重荧光珠分析,n=5/组);FACS分析(CD4/CD8比例、活化标志物、IL-17、PD-1);IHC(每只小鼠5个切片,20个视野)。 阅读提示:Methods: Mouse Dysbiosis and Cigarette Smoke Exposure; Results (Figures 3-5); Figure legends |