患者纳入与样本采集
收集活动期EoE、缓解期EoE和非EoE对照的食管活检样本,以比较IgG4和CMP共定位
从UVA EoE队列中选取成年患者,进行EGD时获取食管活检组织,根据病理和临床标准分为EoE组和对照组。
Immunoglobulin G4 in eosinophilic esophagitis: Immune complex formation and correlation with disease activity
包含患者队列的病例对照研究,使用免疫荧光共定位、AutoSTOMP蛋白质组学、免疫共沉淀和质谱验证,具有多层次证据。
活动期EoE患者食管活检组织 非EoE对照食管活检组织 缓解期EoE患者食管活检组织
病例组EoE诊断标准为≥15个嗜酸性粒细胞/高倍镜视野(eos/hpf) 缓解定义为<6 eos/hpf且无食管症状 对照组为0 eos/hpf的非EoE患者 配对样本来自活动期和缓解期(糖皮质激素或CMP剔除饮食)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集活动期EoE、缓解期EoE和非EoE对照的食管活检样本,以比较IgG4和CMP共定位
从UVA EoE队列中选取成年患者,进行EGD时获取食管活检组织,根据病理和临床标准分为EoE组和对照组。
检测IgG4和主要CMP(Bos d 4、5、8)在食管组织中的空间共定位
对活检组织进行IgG4和CMP的免疫荧光染色,使用共聚焦显微镜采集图像,计算Pearson相关系数评估共定位。
验证IgG4是否直接结合食物蛋白,支持免疫复合物形成
使用免疫共沉淀从EoE患者食管组织中富集IgG4复合物,通过质谱鉴定结合的蛋白。
识别IgG4沉积附近富集的宿主蛋白和食物蛋白
使用AutoSTOMP技术对活动期EoE患者的食管活检组织进行原位蛋白质组分析,结合激光捕获和质谱鉴定。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫荧光染色 | 抗α-乳白蛋白抗体 | Abcam | ab112972 |
| 抗酪蛋白抗体 | Abcam | ab166596 | |
| 抗β-乳球蛋白抗体 | Absolute antibody | Ab00650-23.0 | |
| 抗IgG4抗体 | Cell Marque | 367M-1 | |
| Alexa Fluor 488 驴抗小鼠IgG | Invitrogen | A21202 | |
| Alexa Fluor 555 驴抗兔IgG | Invitrogen | Ab150074 | |
| Fluoro-Gel II封片剂(含DAPI) | Electron Microscopy Sciences | -- | |
| 组织处理 | 柠檬酸盐缓冲液 | Abcam | -- |
| 驴血清 | Sigma | -- | |
| 人Fc阻断剂 | BD Pharmingen | -- | |
| 免疫共沉淀 | Dynabeads免疫共沉淀试剂盒 | ThermoFisher | -- |
| Laemmli缓冲液 | Bio-Rad | -- | |
| AutoSTOMP | 生物素-dPEG3-二苯甲酮 | Sigma | QBD |
| 链霉亲和素磁珠 | Pierce | 88817 | |
| Zeiss LSM880共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| 免疫荧光验证 | 抗EPX抗体 | Novus | EPO104 |
| 抗PRG2抗体 | Proteintech | 10766-1-AP | |
| 抗RNase3抗体 | Proteintech | 55338-1-AP |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者纳入与分组 | EoE诊断标准(≥15 eos/hpf)、缓解定义(<6 eos/hpf)、对照组确认无EoE(0 eos/hpf) 阅读提示:Methods: Study Population |
| 免疫荧光染色 | 抗体浓度(如抗IgG4 1:100、抗CMP 1:250)、抗原修复条件(柠檬酸盐缓冲液pH 6.0)、封闭条件(10%驴血清、0.1% Triton X-100、1 μg/ml Fc Block) 阅读提示:Methods: Immunofluorescence staining |
| 共定位分析 | 使用的显微镜设置(Zeiss LSM 700)、放大倍数(10x、20x)、每样本图像数量(至少3张)、Pearson相关系数计算方法、选取最高相关系数图像进行统计 阅读提示:Methods: Confocal microscopy and statistical analysis |
| 免疫共沉淀 | 使用试剂盒(Dynabeads Co-IP kit)、抗体(抗IgG4 1:100)、裂解和洗脱条件、质谱分析参数 阅读提示:Methods: Co-immunoprecipitation |
| AutoSTOMP分析 | 样本处理(新鲜冷冻组织)、标记试剂(biotin-dPEG3-benzophenone)、激光参数、裂解和洗脱条件、质谱数据分析和数据库搜索细节 阅读提示:Methods: Automated Spatially Targeted Optical Micro Proteomics (AutoSTOMP) |