房颤相关基因ZFHX3的缺失导致小鼠心房颤动和扩张型心肌病

Loss of the Atrial Fibrillation-Related Gene,

作者信息Heather S Jameson, Alan Hanley, Matthew C Hill, Ling Xiao, Jiangchuan Ye, Aneesh Bapat, Elsa Ronzier, Amelia Weber Hall, William J Hucker, Sebastian Clauss, Miranda Barazza, Elizabeth Silber, Julie A Mina, Nathan R Tucker, Robert W Mills, Jin-Tang Dong, David J Milan, Patrick T Ellinor
PMID37449401
期刊Circ Res
发布时间2023-08-04
DOI10.1161/CIRCRESAHA.123.323029

实验完整度

包含体外细胞模型(PSC-CMs)验证功能性SNP、体内小鼠模型(Zfhx3 Het/KO)功能验证(电生理、钙成像、MRI)及转录组和snATAC-seq机制分析,证据层级完整。

主要模型

人多能干细胞来源的心肌细胞(PSC-CMs) 心肌细胞特异性Zfhx3敲除小鼠(Zfhx3 Het/KO) Langendorff离体灌注小鼠心脏 小鼠左心房心肌细胞

重点核对

rs12931021等位基因(C/A)对ZFHX3表达的影响 Zfhx3基因剂量(WT、Het、KO)对AF易感性的影响 左心房心肌细胞钙处理异常(自发性钙释放事件、衰变时间) 右心房传导速度减慢 SNP rs12931021(C/A)对ZFHX3表达的增强子活性影响

摘要

背景:ZFHX3编码一种大型转录因子,是房颤(AF)相关性第二显著的基因座,但其在心脏中的功能尚不清楚。本研究旨在鉴定ZFHX3基因座上与AF相关的致病变异,并检测Zfhx3缺失对小鼠心脏功能的影响。方法:使用CRISPR-Cas9基因组编辑、染色质免疫沉淀和荧光素酶报告基因实验,在人多能干细胞来源的心肌细胞中鉴定与AF相关的致病变异。通过超声心动图、磁共振成像、电生理研究、钙成像和RNA测序,评估心肌细胞特异性Zfhx3杂合和纯合缺失(分别为Zfhx3 Het和KO)小鼠的心脏功能。分析人类心脏单核ATAC测序数据,以确定心房心肌细胞中受ZFHX3直接调控的基因。结果:我们发现SNP rs12931021调节增强子活性,进而调控ZFHX3表达,AF风险等位基因与ZFHX3转录水平降低相关。我们观察到AF易感性的基因剂量效应,Zfhx3 KO小鼠的AF发生率、频率和负担均高于Zfhx3 Het和WT小鼠,并伴有传导速度、心房动作电位时程、钙处理的改变,以及心房扩大、血栓形成和扩张型心肌病的发生。Zfhx3缺失导致心房特异性基因和信号通路的差异表达,这些基因和通路参与心脏病理生理和AF。结论:我们的发现表明ZFHX3是16q22基因座上AF的致病基因,心脏Zfhx3缺失引起的心脏异常是由于参与AF易感性的通路在心房特异性失调所致。总之,这些数据揭示了Zfhx3在控制正常心房功能所必需的心脏基因和信号通路中的新的重要作用。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
ZFHX3基因座上的遗传变异如何导致房颤,以及Zfhx3缺失对心脏功能的影响及其机制是什么?
核心机制
Zfhx3缺失导致心房特异性基因表达失调,包括炎症、纤维化、Wnt信号通路相关基因,以及调控心脏传导和钙处理的关键基因,从而增加房颤易感性并导致心肌病。
主要证据
通过PSC-CMs的luciferase和ChIP-qPCR证明rs12931021调控ZFHX3表达;Zfhx3 KO小鼠表现出更高的AF诱导率、传导速度减慢、钙处理异常、心房扩大及血栓形成和扩张型心肌病。
研究意义
该研究确定ZFHX3为16q22基因座上的AF致病基因,并揭示其在维持正常心房功能和心脏稳态中的关键作用,为AF的机制研究和潜在治疗靶点提供依据。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

功能性SNP的鉴定与验证

在ZFHX3基因座中鉴定导致AF风险的功能性遗传变异。

通过ENCODE DHS数据、Roadmap Epigenomics染色质状态,筛选候选SNP;在PSC-CMs中进行luciferase报告基因、ChIP-qPCR和CRISPR-Cas9删除实验,验证rs12931021对ZFHX3表达的调控。

2

体内Zfhx3缺失小鼠模型建立及表型分析

评估心肌细胞特异性Zfhx3缺失对心脏结构和功能的影响。

构建Zfhx3 Het和KO小鼠,通过超声心动图、MRI、组织学和生存分析评估心脏结构、功能及纤维化。

3

心律失常易感性和电生理机制评估

确定Zfhx3缺失对心律失常易感性的影响及其电生理机制。

通过程控电刺激诱导心律失常,进行Langendorff离体心脏光学标测评估传导速度和动作电位时程,并对左心房心肌细胞进行钙成像。

4

转录组和表观基因组机制分析

揭示Zfhx3缺失导致的心房特异性基因表达变化及直接靶基因。

对6月龄小鼠的左、右心房进行RNA-seq,分析差异表达基因和通路;利用人类心脏snATAC-seq数据鉴定ZFHX3的直接靶基因,并与AF GWAS位点关联。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
mTeSR1培养基文中未明确说明--
RPMI培养基文中未明确说明--
B27添加剂文中未明确说明--
Matrigel基质胶文中未明确说明--
CHIR99021文中未明确说明--
IWP2文中未明确说明--
Y-27632文中未明确说明--
pSpCas9(BB)-2A-Puro (PX459)载体Addgene--
pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458)载体Addgene--
pGL4.23载体Promega--
双荧光素酶报告基因检测系统Promega--
抗H3K4me1抗体Abcamab8895
抗H3K27ac抗体Abcamab4729
TaqMan探针Thermo Fisher Scientific--
抗ZFHX3抗体Santa Cruz Biotechnologysc-271859
抗GAPDH抗体Cell Signaling Technology5174
抗α-微管蛋白抗体Sigma-AldrichT6074
fluo-3AM钙荧光探针Thermo Fisher Scientific--
IonOptix系统IonOptix--
di-4-ANEPPS电压敏感染料Thermo Fisher Scientific--
EMCCD相机文中未明确说明--
Vevo 2100成像系统VisualSonics--
Bruker BioSpin 7T磁共振成像仪Bruker--
Masson三色染色Sigma-AldrichHT15-1KT
RNeasy Mini试剂盒Qiagen74104
TruSeq链式mRNA文库制备试剂盒Illumina20020594
NextSeq 500测序平台Illumina--
GraphPad Prism 9软件GraphPad Software--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
PSC-CMs分化与基因编辑
PSC-CMs分化方案(如Wnt信号调控)、rs12931021位点的基因型(AA、AC、CC)、CRISPR-Cas9目标序列及删除区域大小
阅读提示:Methods: PSC-CMs分化、CRISPR-Cas9基因组编辑
荧光素酶报告基因实验
SNP位点(rs12931021等)、克隆片段长度(500-1000 bp)、等位基因(C/A)、转染细胞系(PSC-CMs)及内参
阅读提示:Figure 1B和图注
ChIP-qPCR
抗体(H3K4me1、H3K27ac)、细胞系(PSC-CMs,杂合rs12931021)、等位基因特异性引物及富集计算方法
阅读提示:Figure 1C和图注
小鼠模型构建
Zfhx3 floxed小鼠品系、Myh6-cre小鼠、基因型(WT、Het、KO)及心脏特异性敲除确认方法
阅读提示:Methods: Animal Protocols、Figure S2
心脏功能评估
小鼠年龄(3月龄)、超声心动图参数(LVIDs等)、MRI参数(EDV、ESV、EF)及麻醉方案
阅读提示:Results: 图2、图7、表S2
电生理研究
小鼠年龄(3月龄)、程控电刺激方案(burst pacing周期长度)、心律失常判定标准(持续时间≥1秒或15秒)
阅读提示:Results: 图3、图S3
光学标测
Langendorff灌注方案、电压敏感染料(di-4-ANEPPS)、起搏频率及传导速度计算方法
阅读提示:Methods: Optical mapping、图S4
钙成像
左心房心肌细胞分离方法、fluo-3AM浓度、起搏频率(1 Hz)、钙瞬变参数(幅度、达峰时间、衰变时间)及自发钙释放事件计数
阅读提示:Methods: Calcium imaging、图4
RNA-seq分析
小鼠年龄(6月龄)、心房组织(LA、RA)、每组动物数(n=3)、文库制备试剂盒、测序平台及差异表达分析软件(如DESeq2)
阅读提示:Methods: RNA-seq、图5