功能性SNP的鉴定与验证
在ZFHX3基因座中鉴定导致AF风险的功能性遗传变异。
通过ENCODE DHS数据、Roadmap Epigenomics染色质状态,筛选候选SNP;在PSC-CMs中进行luciferase报告基因、ChIP-qPCR和CRISPR-Cas9删除实验,验证rs12931021对ZFHX3表达的调控。
Loss of the Atrial Fibrillation-Related Gene,
包含体外细胞模型(PSC-CMs)验证功能性SNP、体内小鼠模型(Zfhx3 Het/KO)功能验证(电生理、钙成像、MRI)及转录组和snATAC-seq机制分析,证据层级完整。
人多能干细胞来源的心肌细胞(PSC-CMs) 心肌细胞特异性Zfhx3敲除小鼠(Zfhx3 Het/KO) Langendorff离体灌注小鼠心脏 小鼠左心房心肌细胞
rs12931021等位基因(C/A)对ZFHX3表达的影响 Zfhx3基因剂量(WT、Het、KO)对AF易感性的影响 左心房心肌细胞钙处理异常(自发性钙释放事件、衰变时间) 右心房传导速度减慢 SNP rs12931021(C/A)对ZFHX3表达的增强子活性影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
在ZFHX3基因座中鉴定导致AF风险的功能性遗传变异。
通过ENCODE DHS数据、Roadmap Epigenomics染色质状态,筛选候选SNP;在PSC-CMs中进行luciferase报告基因、ChIP-qPCR和CRISPR-Cas9删除实验,验证rs12931021对ZFHX3表达的调控。
评估心肌细胞特异性Zfhx3缺失对心脏结构和功能的影响。
构建Zfhx3 Het和KO小鼠,通过超声心动图、MRI、组织学和生存分析评估心脏结构、功能及纤维化。
确定Zfhx3缺失对心律失常易感性的影响及其电生理机制。
通过程控电刺激诱导心律失常,进行Langendorff离体心脏光学标测评估传导速度和动作电位时程,并对左心房心肌细胞进行钙成像。
揭示Zfhx3缺失导致的心房特异性基因表达变化及直接靶基因。
对6月龄小鼠的左、右心房进行RNA-seq,分析差异表达基因和通路;利用人类心脏snATAC-seq数据鉴定ZFHX3的直接靶基因,并与AF GWAS位点关联。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与分化 | mTeSR1培养基 | 文中未明确说明 | -- |
| RPMI培养基 | 文中未明确说明 | -- | |
| B27添加剂 | 文中未明确说明 | -- | |
| Matrigel基质胶 | 文中未明确说明 | -- | |
| CHIR99021 | 文中未明确说明 | -- | |
| IWP2 | 文中未明确说明 | -- | |
| Y-27632 | 文中未明确说明 | -- | |
| 基因编辑 | pSpCas9(BB)-2A-Puro (PX459)载体 | Addgene | -- |
| pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458)载体 | Addgene | -- | |
| 荧光素酶报告基因实验 | pGL4.23载体 | Promega | -- |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- | |
| ChIP-qPCR | 抗H3K4me1抗体 | Abcam | ab8895 |
| 抗H3K27ac抗体 | Abcam | ab4729 | |
| qPCR | TaqMan探针 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Western blot | 抗ZFHX3抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-271859 |
| 抗GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 5174 | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | T6074 | |
| 钙成像 | fluo-3AM钙荧光探针 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| IonOptix系统 | IonOptix | -- | |
| 光学标测 | di-4-ANEPPS电压敏感染料 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| EMCCD相机 | 文中未明确说明 | -- | |
| 超声心动图 | Vevo 2100成像系统 | VisualSonics | -- |
| MRI | Bruker BioSpin 7T磁共振成像仪 | Bruker | -- |
| 组织学 | Masson三色染色 | Sigma-Aldrich | HT15-1KT |
| RNA-seq | RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | 74104 |
| TruSeq链式mRNA文库制备试剂盒 | Illumina | 20020594 | |
| NextSeq 500测序平台 | Illumina | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 9软件 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| PSC-CMs分化与基因编辑 | PSC-CMs分化方案(如Wnt信号调控)、rs12931021位点的基因型(AA、AC、CC)、CRISPR-Cas9目标序列及删除区域大小 阅读提示:Methods: PSC-CMs分化、CRISPR-Cas9基因组编辑 |
| 荧光素酶报告基因实验 | SNP位点(rs12931021等)、克隆片段长度(500-1000 bp)、等位基因(C/A)、转染细胞系(PSC-CMs)及内参 阅读提示:Figure 1B和图注 |
| ChIP-qPCR | 抗体(H3K4me1、H3K27ac)、细胞系(PSC-CMs,杂合rs12931021)、等位基因特异性引物及富集计算方法 阅读提示:Figure 1C和图注 |
| 小鼠模型构建 | Zfhx3 floxed小鼠品系、Myh6-cre小鼠、基因型(WT、Het、KO)及心脏特异性敲除确认方法 阅读提示:Methods: Animal Protocols、Figure S2 |
| 心脏功能评估 | 小鼠年龄(3月龄)、超声心动图参数(LVIDs等)、MRI参数(EDV、ESV、EF)及麻醉方案 阅读提示:Results: 图2、图7、表S2 |
| 电生理研究 | 小鼠年龄(3月龄)、程控电刺激方案(burst pacing周期长度)、心律失常判定标准(持续时间≥1秒或15秒) 阅读提示:Results: 图3、图S3 |
| 光学标测 | Langendorff灌注方案、电压敏感染料(di-4-ANEPPS)、起搏频率及传导速度计算方法 阅读提示:Methods: Optical mapping、图S4 |
| 钙成像 | 左心房心肌细胞分离方法、fluo-3AM浓度、起搏频率(1 Hz)、钙瞬变参数(幅度、达峰时间、衰变时间)及自发钙释放事件计数 阅读提示:Methods: Calcium imaging、图4 |
| RNA-seq分析 | 小鼠年龄(6月龄)、心房组织(LA、RA)、每组动物数(n=3)、文库制备试剂盒、测序平台及差异表达分析软件(如DESeq2) 阅读提示:Methods: RNA-seq、图5 |