患者队列与样本收集
建立卵巢癌患者血清和组织样本队列以分析抗p53自身抗体。
纳入丹麦Pelvic Mass/GOVEC研究的174例卵巢癌患者,收集血清和新鲜冷冻及FFPE组织样本。
Biologic and immunologic characteristics of ovarian cancers that are associated with p53 autoantibodies
患者血清和组织队列(174例)结合TP53测序、p53 IHC、多重免疫荧光及抗体竞争吸收实验,包含功能与机制验证
丹麦Pelvic Mass/GOVEC研究卵巢癌患者队列(174例) 卵巢癌患者FFPE组织芯片(TMA) 患者血清样本
抗p53自身抗体免疫分析:血清2 µL,p53偶联微球50 beads/µL,室温孵育1小时,MAGPIX检测,每孔至少50个微球 抗p53自身抗体阳性 cutoff 为78 U/mL TP53突变检测:10 ng基因组DNA,Ion AmpliSeq TP53 panel,变异等位基因频率阈值5%,测序深度>100x p53 IHC阳性 cutoff 为10%核染色,DO-7抗体1:400稀释,室温孵育1小时 竞争吸收实验:血清与过量野生型p53蛋白4°C过夜预吸收后检测残余抗突变型p53反应性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立卵巢癌患者血清和组织样本队列以分析抗p53自身抗体。
纳入丹麦Pelvic Mass/GOVEC研究的174例卵巢癌患者,收集血清和新鲜冷冻及FFPE组织样本。
检测患者血清中IgG抗p53自身抗体水平并确定阳性 cutoff。
使用xMAP微球免疫分析检测血清IgG抗p53自身抗体,以标准曲线和阴阳性对照定量。
分析抗p53自身抗体阳性患者的TP53突变类型和位置。
提取FFPE组织DNA,使用Ion AmpliSeq TP53 panel进行下一代测序,注释变异。
评估p53蛋白表达及其与Hsp70/Hsp90的关系。
在组织芯片上进行p53、Hsp70和Hsp90免疫组化染色并评分。
确定抗p53自身抗体识别野生型还是突变型p53表位。
将患者血清与过量野生型p53蛋白预吸收后,检测对野生型和突变型p53偶联微球的残余反应性。
评估抗p53自身抗体与肿瘤免疫细胞浸润的关系。
使用多重免疫荧光检测CD4、CD8、CD11b、CD20、CD23、CD138和FOXP3,并分析细胞密度和空间邻近性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 抗p53自身抗体检测 | MagPlex微球 | Luminex | -- |
| xMAP抗体偶联试剂盒 | Luminex | -- | |
| p53自身抗体校准品、阳性对照和阴性对照 | Dianova | -- | |
| 生物素标记山羊抗人IgG抗体 | Jackson ImmunoResearch | -- | |
| 重组人野生型p53蛋白 | BD Pharmingen | -- | |
| 抗体竞争吸收实验 | 重组野生型和突变型p53蛋白 | CUSABIO | -- |
| HE4抗原–自身抗体免疫分析 | 带His标签的重组人HE4蛋白 | ACRO Biosystems | -- |
| 小鼠抗HE4单克隆IgG抗体 | OriGene Technologies | -- | |
| Zeba旋转脱盐柱,0.5 mL | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| TP53突变检测 | Maxwell快速样本浓缩仪 | Promega Corporation | -- |
| FFPE DNA提取试剂盒 | Promega | -- | |
| Nanodrop仪器 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Ion AmpliSeq TP53 panel | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Ion AmpliSeq文库试剂盒2.0 | Life Technologies | -- | |
| Ion Xpress条形码接头试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Agencourt AMPure XP试剂 | Beckman Coulter | -- | |
| Ion文库定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Ion OneTouch 200模板试剂盒,版本2 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Dynabeads MyOne链霉亲和素C1磁珠 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Ion 318芯片,版本2 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Ion Personal Genome Machine测序200试剂盒,版本2 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| p53免疫组化 | 鼠抗人p53蛋白单克隆抗体(克隆DO-7,货号M7001) | DAKO A/S | M7001 |
| Hsp70/Hsp90免疫组化 | HSP70抗体,克隆6B3(货号4873) | Cell Signaling Technology | 4873 |
| HSP90抗体,克隆C45G5(货号4877) | Cell Signaling Technology | 4877 | |
| BOND Polymer Refine检测试剂盒(货号DS9800) | Leica Biosciences | DS9800 | |
| 多重免疫荧光 | Opal 7色试剂盒 | Akoya/PerkinElmer | -- |
| CD8抗体(克隆C8/144B,1:100稀释) | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| CD3epsilon抗体(克隆D7A6E,1:100稀释) | Cell Signaling Technology | -- | |
| CD20cy抗体(克隆L26,1:100稀释) | Dako | -- | |
| 泛细胞角蛋白抗体(AE1/AE3,1:50稀释) | Dako | -- | |
| 组织芯片构建 | 手动组织阵列仪 | Beecher Instruments Inc. | -- |
| p53免疫组化 | 切片转移系统Ergostar HM200 | MICROM International GmbH | -- |
| Chem-Mate毛细管盖玻片显微镜载玻片,57 mm | DAKO A/S | -- | |
| DAKO Techmate 500PLUS仪器 | DAKO A/S | -- | |
| Hsp70/Hsp90免疫组化 | Leica BOND RX自动染色仪 | Leica Biosciences | -- |
| 多重免疫荧光 | BOND-MAX自动染色系统 | Leica Microsystems | -- |
| Vectra多光谱显微镜及Vectra 3.0光谱成像系统 | PerkinElmer | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 血清抗p53自身抗体检测 | 血清体积2 µL;p53偶联微球浓度50 beads/µL;室温孵育1小时;每孔至少分析50个微球;阳性 cutoff 78 U/mL 阅读提示:Methods中Anti-p53 AAb immunoassay小节 |
| TP53突变检测 | DNA input 10 ng;变异等位基因频率阈值5%;测序深度>100x;Ion AmpliSeq TP53 panel覆盖全部编码外显子 阅读提示:Methods中TP53 mutation detection小节及Table S1 |
| p53免疫组化评分 | p53抗体clone DO-7 1:400稀释,室温孵育1小时;阳性 cutoff 为10%核染色;TMA组织芯直径2 mm 阅读提示:Methods中p53 immunohistochemistry小节及Figure 2 |
| 抗体竞争吸收实验 | 3例患者血清(1例p.Arg175His,2例p.Tyr220Cys);过量野生型p53蛋白4°C过夜预吸收;MAGPIX检测中位荧光强度 阅读提示:Methods中Anti-p53 AAb competition assay小节及Figure 3A–C |
| 免疫微环境多重免疫荧光 | 4 µm FFPE切片;Opal 7色试剂盒;CD8 clone C8/144B 1:100,CD20cy clone L26 1:100;每例肿瘤区域5个视野(669×500 µm);7例抗体阳性与10例抗体阴性样本用于空间分析 阅读提示:Methods中Multiplex immunofluorescence小节及Figure 4 |