构建区域特异性Ctnnb1/Arid2突变小鼠模型
实现肝小叶1区或3区特异性、嵌合性Ctnnb1激活和Arid2失活,并建立谱系追踪系统。
使用Gls2-CreERT2(1区)、Cyp1a2-CreERT2(3区)或ApoC4-CreERT2(全小叶)与Ctnnb1(ex3)fl/+、Arid2fl/fl及Rosa26LSL-tdTomato报告基因组合,他莫昔芬诱导后通过GS免疫染色和Tomato荧光验证突变克隆定位。
The origin of hepatocellular carcinoma depends on metabolic zonation.
包含体外细胞系、原代肝细胞、多种基因工程小鼠模型、谱系追踪、单核DNA测序、空间转录组、体内药物干预及功能验证
Gls2-CreERT2;Ctnnb1(ex3)fl/+;Arid2fl/fl小鼠(1区突变模型) Cyp1a2-CreERT2;Ctnnb1(ex3)fl/+;Arid2fl/fl小鼠(3区突变模型) CTNNB1/MYC水动力转染小鼠模型 HCC53N和HCC53M细胞系
他莫昔芬剂量100 mg/kg,连续2天(出生后第28、29天) Ctnnb1(ex3)fl/+和Arid2fl/fl等位基因组合及CreER品系 依他尼酸10 mg/kg腹腔注射,HDT前2天开始每日给药 CTNNB1/MYC水动力转染质粒质量比10:1(HDT质粒:转座酶质粒) RSL3和liproxstatin-1处理浓度及时间(如1 μM RSL3、10 μM liproxstatin-1处理24小时)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
实现肝小叶1区或3区特异性、嵌合性Ctnnb1激活和Arid2失活,并建立谱系追踪系统。
使用Gls2-CreERT2(1区)、Cyp1a2-CreERT2(3区)或ApoC4-CreERT2(全小叶)与Ctnnb1(ex3)fl/+、Arid2fl/fl及Rosa26LSL-tdTomato报告基因组合,他莫昔芬诱导后通过GS免疫染色和Tomato荧光验证突变克隆定位。
确定不同区域起源的Ctnnb1/Arid2突变肝细胞克隆命运是否存在差异。
对1区和3区突变小鼠进行GS免疫染色和图像分析,量化GS+面积;采用单核DNA测序(Mission Bio Tapestri平台)进行基因分型;使用10x Xenium空间转录组分析突变克隆的基因表达和空间分布。
探究1区和3区突变克隆丰度差异的细胞学基础。
通过EdU脉冲追踪(饮水10天)和Ki-67免疫染色检测肝细胞增殖,并量化GS+与EdU+共定位比例。
确定不同区域起源的突变肝细胞转化为HCC的频率和病理特征。
在他莫昔芬后6-12个月收集肝脏,计数表面肿瘤,进行H&E和GS染色病理分析;比较Ctnnb1/Arid2双突变、Arid2单突变、Ctnnb1单突变以及Arid2杂合缺失等不同基因型。
鉴定3区富集且对HCC起始重要的基因。
使用水动力转染(HDT)递送Sleeping Beauty转座子质粒,在小鼠肝脏中CRISPR敲除11个候选3区基因,同时过表达突变CTNNB1和MYC,通过肝脏/体重比和显微肿瘤面积评估肿瘤负荷。
确定Gstm2/3是否必要且充分促进3区HCC起始。
通过CRISPR敲除、全身Gstm3 KO小鼠、AAV-Gstm3过表达、siRNA敲低、以及1区特异性Gstm3过表达转基因小鼠(RosaLSL-Gstm3-V5)结合HDT模型,评估肿瘤起始和起源区域偏移。
验证GSTM2/3通过抑制铁死亡促进肿瘤起始。
在HCC53N、HCC53M细胞和原代肝细胞中,使用RSL3诱导铁死亡,liproxstatin-1抑制铁死亡,依他尼酸抑制GSTM,通过细胞活力、PI染色、BODIPY C11脂质过氧化检测评估铁死亡;在体内使用依他尼酸和Fsp1过表达验证铁死亡的功能重要性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 他莫昔芬诱导 | 他莫昔芬 | Sigma-Aldrich | T5648-1G |
| 他莫昔芬配制 | 玉米油 | Sigma-Aldrich | C8267 |
| 免疫荧光 | 谷氨酰胺合成酶抗体 | Abcam | ab49873 |
| Ki-67抗体 | Abcam | ab15580 | |
| Tomato抗体 | Invitrogen | MA5-15257 | |
| 免疫组织化学 | CTNNB1抗体 | BD Transduction Laboratories | 610154 |
| GS抗体 | BD Transduction Laboratories | 610517 | |
| 4HNE抗体 | Alpha Diagnostic International | ABNO1 | |
| V5抗体 | Cell Signaling Technology | 13202 | |
| Western blot | GSTM3抗体 | Abcam | ab229858 |
| β-微管蛋白抗体 | CST | 2128 | |
| FSP1抗体 | Proteintech | 20886-1-AP | |
| Vinculin抗体 | CST | 13901S | |
| EdU检测 | Click-iT EdU Alexa Fluor 488成像试剂盒 | Life Technologies | C10337 |
| 单核DNA测序 | Tapestri单细胞DNA试剂盒 | Mission Bio | MB03-0033 |
| 空间转录组 | 10x Genomics Xenium平台 | 10x Genomics | -- |
| RNA-seq | TRIzol Plus RNA纯化试剂盒 | Life Technologies | 12183555 |
| PureLink RNA迷你试剂盒 | Invitrogen | 12183018A | |
| RT-qPCR | iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | 1708891 |
| iTaq Universal SYBR Green预混液 | Bio-Rad | 1725125 | |
| 水动力转染 | SB100转座酶质粒 | -- | -- |
| CTNNB1转座子质粒 | -- | -- | |
| 体内siRNA | Gstm3 siRNA | Thermo Fisher | 4457310 |
| Keap1 siRNA | Thermo Fisher | 4457310 | |
| 阴性对照siRNA | Thermo Fisher | 4457289 | |
| LNP配制 | DLin-MC3-DMA | Tocris Bioscience | 7946 |
| DOPE | Avanti Polar Lipids | 850725 | |
| 胆固醇 | Sigma-Aldrich | C3045 | |
| DMG-PEG-2000 | Avanti Polar Lipids | 880151 | |
| 体内药物处理 | 依他尼酸 | Santa Cruz | SC-257424 |
| TUNEL染色 | 原位细胞死亡检测试剂盒,荧光素 | Roche | 11684795910 |
| ROS检测 | ROS-Glo H2O2检测试剂盒 | Promega | G8820 |
| 二氢乙锭 | Thermo Fisher | 50850563 | |
| 细胞培养 | Dulbecco改良Eagle培养基 | Thermo Fisher | SH30022FS |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher | A5256701 | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo Fisher | SV30010 | |
| 细胞处理 | RSL3 | Cayman | 19288 |
| Liproxstatin-1 | Selleck | S7699 | |
| 细胞活力检测 | CellTiter-Glo | Thermo Fisher | PRG7572 |
| 细胞死亡检测 | 碘化丙啶 | Sigma-Aldrich | P4864 |
| 脂质过氧化检测 | BODIPY 581/591 C11 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 区域特异性突变诱导 | 他莫昔芬剂量100 mg/kg,连续2天(p28、p29),CreER品系(Gls2-CreERT2、Cyp1a2-CreERT2或ApoC4-CreERT2)及floxed等位基因(Ctnnb1(ex3)fl/+、Arid2fl/fl) 阅读提示:Methods 'Animals'小节及图1图注 |
| HCC发生分析 | 观察时间6-12个月,表面肿瘤计数和病理分类标准(HCC、早期HCC、发育不良),基因型(双突变、单突变、杂合缺失) 阅读提示:图3图注及表S1、S2 |
| 水动力转染筛选 | 小鼠品系(FVB或C57BL/6J)、年龄(约6周龄)、质粒质量比(10:1)、注射体积2 ml、评估时间(1或2周) 阅读提示:Methods 'Hydrodynamic transfection'小节及图4图注 |
| 依他尼酸体内处理 | 剂量10 mg/kg腹腔注射,给药方案(HDT前2天开始每日或HDT前后各2天),溶剂对照(PBS) 阅读提示:Methods 'In vivo chemical experiments'小节及图5图注 |
| 铁死亡体外实验 | 细胞系(HCC53N、HCC53M)、RSL3浓度(1 μM或0.1 μM)、liproxstatin-1浓度10 μM、依他尼酸浓度65 μM或30 μM、处理时间24小时或16小时 阅读提示:Methods 'Cell death experiments'和'BODIPY 581/591 C11 lipid peroxidation assessment'小节及图5图注 |