Cep295保守性及中心粒定位分析
确定Cep295是否为进化上保守的中心粒形成因子,并明确其在中心粒上的精细定位。
通过BLAST分析鉴定Cep295家族保守基序(PICA和DDC8-like结构域);利用免疫荧光和3D-SIM/STED显微术观察内源性Cep295在细胞周期不同阶段的中心粒分布。
Cep295 is a conserved scaffold protein required for generation of a bona fide mother centriole.
使用HeLa、U2OS、HEK293T细胞,结合RNAi、免疫荧光、3D-SIM/STED、免疫共沉淀、酵母双杂交和GST pull-down等多层验证。
HeLa细胞 U2OS细胞 HEK293T细胞 稳定表达GFP-centrin1的HeLa细胞
Cep295 siRNA处理HeLa细胞48-72小时后分析中心粒数目和纺锤体表型 Cep295缺失后检测Cep192、Cep152、γ-tubulin等PCM蛋白在中心粒的募集 Cep295与Cep192相互作用的免疫共沉淀和酵母双杂交验证 Cep295结构域缺失突变体(ΔDDC8-like、ΔPICA、ΔCep192结合区)的拯救实验
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定Cep295是否为进化上保守的中心粒形成因子,并明确其在中心粒上的精细定位。
通过BLAST分析鉴定Cep295家族保守基序(PICA和DDC8-like结构域);利用免疫荧光和3D-SIM/STED显微术观察内源性Cep295在细胞周期不同阶段的中心粒分布。
验证Cep295对中心粒数目维持和双极纺锤体形成的重要性。
使用siRNA敲低Cep295,免疫荧光染色分析中心粒数目和纺锤体形态;通过回补全长或缺失突变体进行拯救实验。
确定Cep295是否影响新母中心粒招募PCM和形成前中心粒的能力。
在Cep295缺失细胞中,通过免疫荧光检测新母中心粒(Odf2阴性)和老子中心粒(Odf2阳性)对γ-tubulin、Cep192、Cep152、Plk4、STIL、HsSAS-6、CPAP等蛋白的募集。
验证Cep295是否与Cep192直接结合,并确定相互作用结构域。
免疫共沉淀(co-IP)、酵母双杂交和GST pull-down实验;构建Cep295和Cep192系列缺失突变体进行结构域定位。
验证Cep295通过结合Cep192将其募集到子中心粒壁,并检验该相互作用对子中心粒向母中心粒转化的必要性。
在Cep295缺失细胞中回补不能结合Cep192的Cep295突变体,检测Cep192在子中心粒壁的募集和γ-tubulin焦点形成;在Cep192缺失细胞中回补不能结合Cep295的Cep192突变体,检测γ-tubulin募集和纺锤体形成。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Dulbecco改良Eagle培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| G418 | -- | -- | |
| Lipofectamine RNAiMAX | Life Technologies | -- | |
| Lipofectamine 2000 | Life Technologies | -- | |
| 质粒构建 | PrimeSTAR定点突变试剂盒 | TaKaRa | -- |
| 免疫荧光 | 兔多克隆抗Cep295/KIAA1731抗体 | Sigma | HPA038596 |
| 兔多克隆抗Cep192抗体 | Bethyl laboratories | A302-324A | |
| 兔多克隆抗Cep152抗体 | Bethyl laboratories | A302-480A | |
| 兔多克隆抗CP110抗体 | proteintech | 12780-1-AP | |
| 兔多克隆抗CPAP抗体 | Proteintech | 11517-1-AP | |
| 兔多克隆抗STIL抗体 | Abcam | ab89314 | |
| 兔多克隆抗Cep135抗体 | Abcam | ab196809 | |
| 鼠单克隆抗centrin-2抗体 | Millipore | 20H5 | |
| 鼠单克隆抗HsSAS-6抗体 | Santa Cruz Bio-technology, Inc. | sc-81431 | |
| 鼠单克隆抗Plk4抗体 | Merck Millipore | MABC544 | |
| 鼠单克隆抗γ-tubulin抗体(GTU88) | Sigma-Aldrich | T5192 | |
| 多聚谷氨酰化修饰抗体(GT335,单克隆) | AdipoGen | AG-20B-0020-C100 | |
| FLAG标签抗体 | Sigma | F1804 | |
| α-tubulin抗体 | Sigma-Aldrich | DM1A | |
| FITC偶联的山羊多克隆抗GFP抗体 | Abcam | ab6662 | |
| Alexa 488标记的ODF2 | Abcam | ab43840 | |
| Alexa Fluor 488山羊抗小鼠IgG(H+L) | Molecular probes | A-11001 | |
| Alexa Fluor 568山羊抗兔IgG(H+L) | Molecular probes | A-11011 | |
| STED显微术 | Alexa Fluor 555山羊抗兔IgG(H+L) | Molecular probes | A-21428 |
| 免疫荧光 | Hoechst 33258 | DOJINDO | -- |
| 免疫沉淀 | Flag抗体偶联M2琼脂糖 | SIGMA | -- |
| 蛋白质印迹 | Immobilon-P膜 | Millipore corporation | -- |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗小鼠IgG多克隆抗体 | Promega | W402B | |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗兔IgG多克隆抗体 | Promega | W401B | |
| Chemi Doc XRS+凝胶成像系统 | BIO RAD | -- | |
| 酵母双杂交 | 3-氨基-1,2,4-三唑 | Sigma | -- |
| 体外结合实验 | 谷胱甘肽琼脂糖珠 | GE healthcare | -- |
| Prescission蛋白酶 | GE healthcare | -- | |
| SimplyBlue Safe蛋白胶染色液 | Invitrogen | -- | |
| 活细胞成像 | 共聚焦扫描盒Cell Voyager CV1000 | Yokogawa Electric Corp | -- |
| 35毫米玻璃底培养皿 | MatTek Co. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| Cep295敲低实验 | siRNA序列(Cep295 #1 s229742、#2 s229743)、转染试剂(Lipofectamine RNAiMAX)、转染后分析时间(48-72小时)、细胞系(HeLa) 阅读提示:Methods中RNA interference和Cell culture and transfection小节 |
| 免疫荧光显微镜观察 | 固定方法(-20°C甲醇7分钟)、封闭条件(1% BSA in PBSX 30分钟)、一抗孵育条件(4°C过夜)、二抗孵育条件(室温1小时)、Hoechst 33258浓度(0.2 μg/ml) 阅读提示:Methods中Microscopy小节 |
| 免疫共沉淀实验 | 细胞裂解液组成(20 mM Tris/HCl pH7.5, 50 mM NaCl, 1% TritonX-100, 5 mM EGTA, 1 mM DTT, 2 mM MgCl2, 1/1000蛋白酶抑制剂)、Flag M2琼脂糖孵育时间(2小时或过夜,4°C)、洗涤次数(至少3次) 阅读提示:Methods中Immunoprecipitation and western blotting小节 |
| GST pull-down实验 | 重组蛋白表达条件(大肠杆菌BL21(DE3),18°C,0.3 mM IPTG诱导18小时)、结合条件(4°C 2小时,约5 μg Cep295片段)、洗涤次数(7次)、高盐洗涤(额外500 mM NaCl) 阅读提示:Methods中In vitro binding assay小节 |
| 酵母双杂交实验 | 酵母菌株(L40)、培养基(缺乏亮氨酸和色氨酸,含组氨酸)、3-AT浓度(50 mM)、培养温度(30°C) 阅读提示:Methods中Yeast two-hybrid analysis小节 |
| 活细胞成像 | 细胞系(稳定表达GFP-centrin1的HeLa细胞)、siRNA处理时间(24小时)、成像间隔(每10分钟,持续24-48小时)、z轴步进(1 μm,25-30个平面) 阅读提示:Methods中Live cell imaging小节 |