Zbtb20表达模式分析
确定Zbtb20在发育中新皮层及星形胶质细胞谱系中的表达特征
免疫荧光染色检测胚胎及出生后小鼠新皮层Zbtb20与Sox2、Sox9、NFIA、GFAP、S100β、Aldh1L1-GFP、Sox10、PDGFRα、CC1、MAG、GSTπ等标志物共表达;定量RT-PCR检测VZ/SVZ及不同DIV NPC培养中Zbtb20 mRNA丰度;NPC分化时间进程免疫染色。
Zbtb20 promotes astrocytogenesis during neocortical development.
包含体外NPC培养、克隆分析、体内子宫内电转、原代细胞及组织免疫染色、ChIP、荧光素酶报告基因等多层级功能与机制验证
E11.5/E16.5小鼠端脑NPC神经球培养 E15.5/P0小鼠新皮层子宫内/出生后电转模型 Aldh1L1-GFP转基因小鼠 HEK293T细胞
NPC分化实验中撤除FGF2和EGF培养6天,过表达或敲低Zbtb20后检测GFAP、S100β、TuJ1、O4、Sox9等标志物比例 克隆密度实验(160 cells per mm²)培养3天含FGF2、4天无FGF2,分析星形胶质细胞-only、神经元-only及混合克隆比例 子宫内电转E15.5或出生后P0电转Zbtb20过表达/敲低质粒,于E18.5、P3或P7检测GFAP、S100β、Cux1、Tbr1、Tbr2、GLAST、BLBP、Brn2等 ChIP实验检测TY1-Zbtb20在Brn2启动子R1–R7区域的富集,荧光素酶报告基因检测Brn2启动子活性 Zbtb20敲低联合Sox9或NFIA敲低/过表达,以及mut-Zbtb20回补实验验证特异性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定Zbtb20在发育中新皮层及星形胶质细胞谱系中的表达特征
免疫荧光染色检测胚胎及出生后小鼠新皮层Zbtb20与Sox2、Sox9、NFIA、GFAP、S100β、Aldh1L1-GFP、Sox10、PDGFRα、CC1、MAG、GSTπ等标志物共表达;定量RT-PCR检测VZ/SVZ及不同DIV NPC培养中Zbtb20 mRNA丰度;NPC分化时间进程免疫染色。
验证Zbtb20是否足以促进星形胶质细胞发生
E11.5或E16.5 NPC感染表达GFP对照或GFP+Zbtb20的逆转录病毒,撤除生长因子诱导分化6天,免疫染色检测TuJ1、GFAP、O4、Sox9、GFP;EdU掺入和cleaved caspase 3染色评估增殖和存活;克隆密度实验分析克隆类型和大小。
验证Zbtb20对星形胶质细胞发生的必要性并排除脱靶效应
E16.5 NPC感染对照shRNA(sh-Luc)或Zbtb20 shRNA(#1或#2)或sh-Zbtb20 #1联合shRNA抗性突变体mut-Zbtb20的逆转录病毒,诱导分化6天后免疫染色检测TuJ1、GFAP、O4、GFP;定量RT-PCR验证敲低效率;克隆分析。
验证Zbtb20在体内是否促进星形胶质细胞发生
E15.5小鼠子宫内电转pCAGIG-Zbtb20或对照质粒,P7或E18.5取材免疫染色检测GFAP、S100β、Sox9、Cux1、Brn2、GLAST、BLBP、GFP;Aldh1L1-GFP小鼠电转mCherry或mCherry+Zbtb20,P7检测GFP+细胞比例。
验证Zbtb20在体内对星形胶质细胞发生的必要性
P0小鼠新生电转对照shRNA、Zbtb20 shRNA或sh-Zbtb20 #1联合mut-Zbtb20质粒,P7检测GFAP+星形胶质细胞,P3检测Tbr2+和Tbr1+细胞;P0 Aldh1L1-GFP小鼠电转sh-Luc或sh-Zbtb20 #1,P7检测GFP+细胞比例。
验证Zbtb20促星形胶质细胞发生是否依赖Sox9和NFIA
E11.5或E16.5 NPC分别过表达Sox9或NFIA、敲低Sox9或NFIA、以及Zbtb20过表达联合Sox9或NFIA敲低、Sox9或NFIA过表达联合Zbtb20敲低,诱导分化6天后免疫染色检测TuJ1、GFAP、O4、GFP;定量RT-PCR检测Sox9、NFIA、Zbtb20 mRNA水平。
探究CNTF、BMP4、Notch和STAT信号对Zbtb20表达的调控以及Zbtb20对CNTF诱导星形胶质细胞分化的影响
E11.5 NPC分别用CNTF、BMP4、NICD、STAT3-C处理或过表达,定量RT-PCR检测Zbtb20 mRNA,免疫染色检测Zbtb20+细胞比例;Zbtb20敲低联合CNTF处理,免疫染色检测TuJ1和GFAP+细胞比例。
鉴定Zbtb20调控的下游靶基因并验证其对Brn2的直接抑制作用
Zbtb20过表达NPC进行Affymetrix微阵列分析,定量RT-PCR验证候选基因;Brn2过表达联合Zbtb20过表达检测分化标志物;Brn2启动子荧光素酶报告基因检测Zbtb20、Sox9、NFIA、Neurog2及sh-Sox9、sh-NFIA的影响;ChIP检测TY1-Zbtb20在Brn2启动子R1–R7区域的结合;体内电转验证Zbtb20对Brn2+细胞的影响;免疫共沉淀检测Zbtb20与NFIA或Sox9的物理互作。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫染色 | 抗Zbtb20抗体 | Sigma-Aldrich | HPA016815 |
| 抗βIII-微管蛋白(TuJ1)抗体 | Covance | MMS-435P | |
| 抗GFAP抗体 | Millipore | MAB360 | |
| 抗GFAP抗体 | Dako | Z0334 | |
| 抗GFAP抗体 | Abcam | ab4674 | |
| 抗S100β抗体 | Dako | Z0311 | |
| 抗S100β抗体 | Sigma-Aldrich | SH-B1 | |
| 抗O4抗体 | Millipore | MAB345 | |
| 抗Sox9抗体 | Millipore | AB5535 | |
| 抗Sox9抗体 | Abcam | ab76997 | |
| 抗Sox9抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc17342 | |
| 抗Sox10抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc17342 | |
| 抗Sox2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc17320 | |
| 抗Brn2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc6029 | |
| 抗Olig2抗体 | IBL | 18953 | |
| 抗Olig2抗体 | Millipore | AB9610 | |
| 抗Olig2抗体 | Millipore | MABN50 | |
| 抗NFIA抗体 | Sigma-Aldrich | HPA006111 | |
| 抗Cux1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc13024 | |
| 抗Tbr1抗体 | Abcam | ab31940 | |
| 抗Tbr2抗体 | Abcam | ab23345 | |
| 抗剪切型caspase 3抗体 | Cell Signaling Technology | 9661 | |
| 抗nestin抗体 | BD Biosciences | 556309 | |
| 抗NeuN抗体 | Millipore | MAB377 | |
| 抗NeuN抗体 | Millipore | ABN78 | |
| 抗HuC/D抗体 | Life Technologies | A21271 | |
| 抗CC1抗体 | Millipore | OP80 | |
| 抗髓鞘相关糖蛋白抗体 | Millipore | MAB1567 | |
| 抗谷胱甘肽S-转移酶π抗体 | BD Biosciences | 610719 | |
| 抗血小板衍生生长因子受体α抗体 | BD Biosciences | 558774 | |
| 抗Ki67抗体 | Abcam | ab15580 | |
| 抗GLAST抗体 | Frontier Institute | Af660 | |
| 抗BLBP抗体 | Abcam | ab32423 | |
| 抗FoxJ1抗体 | eBioscience | 14-9965 | |
| 抗半乳糖脑苷脂(GalC)抗体 | Millipore | MAB342 | |
| 抗RFP抗体 | MBL | PM005 | |
| 抗GFP抗体 | MBL | 598 | |
| 抗GFP抗体 | Abcam | ab13970 | |
| EdU标记与染色 | Click-iT EdU成像试剂盒 | Life Technologies | -- |
| 免疫染色 | Zenon Alexa Fluor 488兔IgG标记试剂盒 | Life Technologies | -- |
| 细胞核染色 | Hoechst 33342 | Sigma-Aldrich | -- |
| 质粒构建 | PrimeSTAR定点突变基础试剂盒 | Takara | -- |
| 细胞培养 | DMEM/F-12(1:1)培养基 | Life Technologies | -- |
| B-27添加剂 | Life Technologies | -- | |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | Life Technologies | -- | |
| 表皮生长因子 | Millipore | -- | |
| 肝素 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 组织解离 | 胰蛋白酶 | Sigma-Aldrich | -- |
| 透明质酸酶 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Roche | -- | |
| 卵类黏蛋白 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 细胞培养 | 多聚-D-赖氨酸 | Sigma-Aldrich | -- |
| 药物处理 | 睫状神经营养因子 | Sigma-Aldrich | -- |
| 骨形态发生蛋白4 | R&D Systems | -- | |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | Thermo Scientific | -- |
| DMEM培养基 | Wako | -- | |
| 免疫染色 | 驴血清 | Millipore | -- |
| RNA提取与逆转录 | TRIzol试剂 | Life Technologies | -- |
| RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | -- | |
| ReverTra Ace qPCR RT试剂盒 | TOYOBO | -- | |
| 实时定量PCR | SYBR Premix Ex Taq | Takara | -- |
| Power SYBR Green PCR预混液 | Life Technologies | -- | |
| 荧光素酶实验 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Life Technologies | -- |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- | |
| ChIP | ChIP-IT Express酶法试剂盒 | Active Motif | -- |
| 抗TY1抗体 | Diagenode | MAb-054-050 | |
| 正常小鼠IgG | Santa Cruz Biotechnology | sc2025 | |
| Dynabeads蛋白G磁珠 | Life Technologies | -- | |
| QIAquick离心柱 | Qiagen | -- | |
| 蛋白酶K | Life Technologies | -- | |
| 免疫共沉淀 | 抗FLAG M2亲和凝胶 | Sigma-Aldrich | -- |
| Western blot | 抗FLAG抗体 | Sigma-Aldrich | F1804 |
| 抗NFIA抗体 | Abcam | ab41851 | |
| 辣根过氧化物酶标记抗兔抗体 | Promega | W4011 | |
| 辣根过氧化物酶标记抗小鼠抗体 | Promega | W4021 | |
| ECL化学发光试剂 | GE Healthcare | -- | |
| 抑制酶 | 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | -- |
| 质粒转染 | 聚乙烯亚胺 | Polysciences | -- |
| 子宫内/出生后电转 | 电转仪 | Tokiwa Science | CUY21E |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| NPC体外分化与过表达/敲低 | NPC来源(E11.5或E16.5)、逆转录病毒感染效率(60–80%)、分化培养时间(无FGF2/EGF 6天)、克隆密度(160 cells/mm²)及培养方案(含FGF2 3天+无FGF2 4天) 阅读提示:Methods中Neurosphere culture and retrovirus infection小节及Figure 2图注 |
| 体内子宫内电转 | 电转时间(E15.5)、质粒浓度(2.5 mg/ml)、电转参数(40 V,50 ms,4脉冲,间隔950 ms)、取材时间(E18.5或P7)及定量区域(1.2×1.2 mm,3–5张切片/动物) 阅读提示:Methods中In utero and postnatal electroporation小节及Figure 3图注 |
| 出生后电转敲低 | 电转时间(P0)、质粒浓度(2.5 mg/ml)、电转参数(80 V,50 ms,8脉冲,间隔950 ms)、取材时间(P3或P7) 阅读提示:Methods中In utero and postnatal electroporation小节及Figure 3、Figure 6图注 |
| ChIP检测Zbtb20结合Brn2启动子 | 交联条件(1%甲醛)、酶切条件(37°C 10分钟)、抗体用量(TY1抗体2 μg或正常小鼠IgG 2 μg)、检测区域(Brn2启动子R1–R7) 阅读提示:Methods中ChIP assay小节及Figure 6d图注 |
| 荧光素酶报告基因检测Brn2启动子活性 | Brn2启动子片段范围(−2355至+60)、转染试剂(Lipofectamine 2000)、培养时间(48小时)、内参质粒(pRL-SV40)及检测系统(Dual-Luciferase Reporter Assay System) 阅读提示:Methods中Luciferase assay小节及Figure 6c、6h图注 |