验证糖酵解对HMGB1释放的调控
探究有氧糖酵解是否参与HMGB1释放的调节。
使用糖酵解抑制剂2-DG处理RAW 264.7和原代腹腔巨噬细胞,检测OCR/ECAR、IL-1β和HMGB1释放及mRNA水平。
PKM2 regulates the Warburg effect and promotes HMGB1 release in sepsis.
包含体外巨噬细胞模型、分子机制验证(免疫共沉淀、基因敲低)及两种小鼠脓毒症模型(内毒素血症和CLP)的体内功能验证。
小鼠巨噬细胞系RAW 264.7 小鼠原代腹腔巨噬细胞 小鼠原代骨髓巨噬细胞(BMMs) Balb/C小鼠内毒素血症和盲肠结扎穿刺(CLP)脓毒症模型
LPS刺激浓度100 ng/ml,处理时间2-24小时 2-DG预处理3小时,浓度1-2 mM 紫草素(shikonin)体外浓度5 µM,体内剂量8 mg/kg腹腔注射 CLP术后24、48、72小时重复给予紫草素或溶剂 每组小鼠n=20(生存率),n=3-5(生化指标)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究有氧糖酵解是否参与HMGB1释放的调节。
使用糖酵解抑制剂2-DG处理RAW 264.7和原代腹腔巨噬细胞,检测OCR/ECAR、IL-1β和HMGB1释放及mRNA水平。
确定PKM2是否介导有氧糖酵解并调控HMGB1释放。
检测LPS诱导的PKM2表达;用shRNA敲低PKM2,检测糖酵解和HMGB1释放;使用紫草素抑制PKM2活性。
探究PKM2是否通过HIF1α激活糖酵解基因转录。
免疫共沉淀检测PKM2与HIF1α结合;敲低PKM2后检测HIF1α转录活性和GLUT1、LDHA、PDK1 mRNA;敲低HIF1α或糖酵解基因检测HMGB1释放。
明确糖酵解产物乳酸是否通过抑制HDAC促进HMGB1乙酰化及释放。
检测LPS刺激后乳酸积累;外源乳酸或糖酵解中间产物处理细胞,检测HMGB1释放、乙酰化及HDAC活性;使用GPR81 shRNA和HMGB1中和抗体。
在体内验证PKM2抑制剂紫草素对致死性内毒素血症和脓毒症的保护效果。
建立LPS诱导的内毒素血症和CLP诱导的脓毒症模型,腹腔注射紫草素,监测生存率、PKM2活性及血清乳酸、IL-1β、HMGB1水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞刺激 | 脂多糖(大肠杆菌O111:B4) | Sigma | L4391 |
| 糖酵解抑制 | 2-脱氧-D-葡萄糖 | Sigma | D8375 |
| HDAC抑制 | 曲古抑菌素A | Sigma | 8552 |
| 代谢物处理 | 3-磷酸甘油酸 | Sigma | P8877 |
| 2-磷酸甘油酸 | Sigma | 19710 | |
| PKM2抑制 | 紫草素 | EMD Millipore Corporation | 517-89-5 |
| 细胞因子刺激 | 小鼠肿瘤坏死因子-α | R&D Systems | 410-MT-010 |
| 小鼠干扰素-γ | R&D Systems | 485-MI-100 | |
| HMGB1中和 | 小鼠抗HMGB1 2G7中和抗体 | Kevin J. Tracey (The Feinstein Institute for Medical Research) | -- |
| ELISA | HMGB1酶联免疫吸附测定试剂盒 | Shino Test Corporation | ST51011 |
| IL-1β酶联免疫吸附测定试剂盒 | R&D Systems | MLB00C | |
| TNF-α酶联免疫吸附测定试剂盒 | R&D Systems | MTA00B | |
| 乳酸测定 | 比色L-乳酸测定试剂盒 | Abcam | ab65331 |
| HDAC活性测定 | 荧光HDAC活性测定试剂盒 | Abcam | ab156064 |
| HIF1α活性测定 | HIF1α转录因子测定试剂盒 | Cayman | 10006910 |
| shRNA转染 | FuGENE HD转染试剂 | Roche Applied Science | -- |
| MISSION shRNA慢病毒转导 | Sigma | -- | |
| Western blot | 抗HMGB1抗体 | Abcam | ab18256 |
| 抗HIF1α抗体 | Abcam | ab16066 | |
| 抗PKM1抗体 | Cell Signaling Technology | 7067 | |
| 抗PKM2抗体 | Cell Signaling Technology | 4053 | |
| 抗乙酰化赖氨酸抗体 | Cell Signaling Technology | 9441 | |
| 抗肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 3700 | |
| 抗GPR81抗体 | Sigma | SAB1300089 | |
| 增强化学发光 | Pierce | 32106 | |
| RNA提取 | TRI试剂 | Sigma | -- |
| cDNA合成 | iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | -- |
| 免疫沉淀 | RIPA裂解液 | Millipore | -- |
| Protein A琼脂糖珠 | Millipore | -- | |
| 代谢分析 | Seahorse生物细胞外流量分析仪(XF24) | Seahorse Bioscience Inc. | -- |
| 细胞培养 | Dulbecco改良Eagle培养基 | -- | -- |
| shRNA对照 | 对照空shRNA | Sigma | SHC001 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 糖酵解抑制实验 | 2-DG预处理时间(3小时)、浓度(1-2 mM)、LPS刺激浓度(100 ng/ml)和时间(2-24小时)、细胞类型(RAW 264.7和原代腹腔巨噬细胞) 阅读提示:Methods未详述,见Figure 1图注 |
| PKM2敲低实验 | shRNA转染时间(48小时)、LPS刺激浓度(100 ng/ml)和时间(6-24小时)、细胞类型(RAW 264.7和BMMs) 阅读提示:Methods 'RNAi'小节及Figure 2图注 |
| 紫草素体内实验 | 紫草素剂量(8 mg/kg)、给药途径(腹腔注射)、给药时间点(内毒素血症:-0.5、+12、+24小时;CLP:+24、+48、+72小时)、LPS剂量(5 mg/kg)、小鼠品系(Balb/C,雄性,7-8周龄,20-25 g)、每组样本量(n=20生存率,n=3-5生化指标) 阅读提示:Methods 'Animal model of endotoxemia and sepsis'小节及Figure 5图注 |
| 乳酸及代谢物处理实验 | 乳酸浓度(5 mM)和处理时间(6小时)、3PG/2PG/PEP浓度(各2 mM)和处理时间(6小时) 阅读提示:Figure 4图注 |
| HMGB1乙酰化检测 | LPS刺激浓度(100 ng/ml)和时间(24小时)、乳酸处理浓度(5 mM)和时间(6小时)、TSA浓度(2 µM) 阅读提示:Figure 4图注 |