NPAS4-NuA4复合物的鉴定
纯化和鉴定与NPAS4相互作用的蛋白质复合物
从Npas4-Flag-HA敲入小鼠海马中免疫沉淀NPAS4,进行质谱分析,鉴定NuA4复合物组分。
A NPAS4-NuA4 complex couples synaptic activity to DNA repair.
包含体外原代神经元、体内小鼠模型、多组学及电生理功能验证,涵盖机制与功能验证
Npas4–Flag-HA和Arnt2–Flag-HA敲入小鼠 Npas4fl/fl和Tip60fl/fl小鼠 原代小鼠皮层/海马神经元培养 HEK293T细胞
低剂量红藻氨酸注射诱导小鼠海马神经元活动,剂量为5-8 mg/kg(电生理)或12-15 mg/kg(基因表达、CUT&RUN、sBLISS-seq和免疫沉淀) Npas4fl/fl或Tip60fl/fl小鼠海马单侧注射Cre-mCherry或ΔCre-GFP病毒以敲除基因 sBLISS-seq检测DNA双链断裂,在KA刺激后0、2、10小时收集样本 电生理记录CA1锥体神经元诱发性IPSCs,比较未感染和Cre感染细胞对 行为学或寿命分析使用Npas4敲除小鼠,样本量53-64只
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
纯化和鉴定与NPAS4相互作用的蛋白质复合物
从Npas4-Flag-HA敲入小鼠海马中免疫沉淀NPAS4,进行质谱分析,鉴定NuA4复合物组分。
确定NPAS4和NuA4在染色质上的结合位点
在KA刺激后的小鼠海马核中进行CUT&RUN,检测NPAS4、ARNT2、EP400和ETL4的结合。
验证NPAS4和TIP60在活动依赖性基因表达中的作用
在Npas4fl/fl和Tip60fl/fl小鼠海马中注射Cre或ΔCre病毒,KA刺激后6小时进行单核RNA-seq。
检测NPAS4或TIP60缺失对神经元抑制性突触传递的影响
在急性海马切片中记录CA1锥体神经元的诱发性IPSCs,比较未感染和Cre感染细胞。
检测活动诱导的DNA断裂及NPAS4-NuA4在修复中的作用
使用γH2AX ChIP-seq、sBLISS-seq和END-seq检测DNA断裂,并分析NPAS4缺失对断裂的影响。
评估NPAS4缺失对体细胞突变积累和寿命的影响
对年轻、中年和老年小鼠海马神经元进行靶向扩增子测序检测突变频率,并分析Npas4敲除小鼠的寿命。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫沉淀 | 抗M2-Flag树脂 | Sigma-Aldrich | A2220 |
| 3×Flag肽 | Sigma-Aldrich | F4799 | |
| CUT&RUN | 抗NPAS4抗体 | in house | -- |
| 抗EP400抗体 | Bethyl Laboratories | A300-541-A | |
| 抗MRE11抗体 | Novus Biologicals | NB100-142 | |
| 抗RAD50抗体 | Novus Biologicals | NB100-154 | |
| ChIP-seq | 抗γH2AX抗体 | Abcam | ab2893 |
| sBLISS-seq | T4 DNA连接酶 | Thermo Fisher Scientific | EL0011 |
| 质谱 | 修饰测序级胰蛋白酶 | Promega | -- |
| 细胞培养 | Neurobasal培养基 | Gibco | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| KA诱导神经元活动 | KA剂量(5-8 mg/kg或12-15 mg/kg)和给药方式(腹腔注射) 阅读提示:Methods: Collection time points |
| 病毒注射敲除基因 | 病毒类型(AAV-Cre-mCherry或ΔCre-GFP)、注射坐标和滴度 阅读提示:Methods: Stereotaxically guided surgery |
| CUT&RUN | 抗体用量和细胞核数量 阅读提示:Methods: CUT&RUN |
| sBLISS-seq | 细胞核固定和连接条件 阅读提示:Methods: sBLISS-seq in cultured neurons and in isolated hippocampal nuclei |
| 电生理记录 | 切片制备和刺激参数 阅读提示:Methods: Electrophysiology |