全基因组shRNA筛选鉴定Ras表观遗传沉默效应子
鉴定Ras介导的Fas表观遗传沉默所需的基因。
使用小鼠shRNA文库转染K-ras NIH 3T3细胞,通过抗Fas抗体和磁珠分选Fas阳性细胞,PCR扩增并测序shRNA区域,鉴定候选基因;用单个shRNA验证Fas重新表达。
An elaborate pathway required for Ras-mediated epigenetic silencing.
包含全基因组shRNA筛选、多种细胞系模型、ChIP/MeDIP/亚硫酸氢盐测序及裸鼠成瘤实验,涵盖体外和体内功能验证。
K-ras转化的NIH 3T3细胞 未转化的NIH 3T3细胞 H-ras转化的C3H10T1/2细胞 裸鼠皮下成瘤模型
shRNA文库感染K-ras NIH 3T3细胞的MOI为0.2,嘌呤霉素筛选浓度1.5 μg/ml 5-aza处理K-ras NIH 3T3细胞的浓度为10 μM,处理时间72小时 ChIP和MeDIP实验在逆转录病毒感染和嘌呤霉素筛选后7天进行 裸鼠成瘤实验注射细胞数为5×10^6,皮下注射至右侧腹侧,每3天测量肿瘤尺寸 亚硫酸氢盐测序每个细胞系测序6个克隆
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定Ras介导的Fas表观遗传沉默所需的基因。
使用小鼠shRNA文库转染K-ras NIH 3T3细胞,通过抗Fas抗体和磁珠分选Fas阳性细胞,PCR扩增并测序shRNA区域,鉴定候选基因;用单个shRNA验证Fas重新表达。
验证28个RESEs敲低后对Fas表达和启动子甲基化的影响。
建立28个K-ras NIH 3T3敲低细胞系,通过免疫印迹检测Fas表达,亚硫酸氢盐测序和MeDIP分析Fas启动子甲基化状态,ChIP分析RESEs和DNMT1与Fas启动子的结合。
探究Ras是否通过共同通路沉默多个不相关基因。
检测Sfrp1、Par4/Pawr、Plagl1、H2-K1和Lox在K-ras NIH 3T3细胞中的表达和启动子甲基化,并在28个敲低细胞系中分析这些基因的重新表达。
确定RESEs是否参与Ras介导的转化。
对9个RESEs敲低细胞系进行软琼脂集落形成实验和裸鼠皮下成瘤实验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| shRNA筛选 | 小鼠shRNAmir文库 | Open Biosystems | -- |
| 抗Fas抗体 | eBiosciences | -- | |
| IgG偶联磁珠 | Miltenyi Biotec | -- | |
| Mini MACS磁分离系统 | Miltenyi Biotec | -- | |
| 亚硫酸氢盐测序 | Qiaquick柱 | Qiagen | -- |
| 免疫印迹 | 抗Fas抗体 | Santa Cruz | sc-716 |
| 抗p21 Ras抗体 | Abcam | ab16795 | |
| SuperSignal West Pico化学发光底物 | Pierce | -- | |
| ChIP和MeDIP | 抗5-甲基胞嘧啶抗体 | Abcam | ab1884 |
| ChIP | 抗EZH2抗体 | Cell Signaling Technology | 4905 |
| 抗CTCF抗体 | Upstate | 07-729 | |
| 抗BMI1抗体 | Abcam | ab14389 | |
| 抗DNMT1抗体 | Imgenex | IMG-261A | |
| 抗SIRT6抗体 | Aviva Systems Biology | ASB-ARP32409 | |
| 抗TRIM37抗体 | -- | -- | |
| 抗TRIM66抗体 | -- | -- | |
| 抗NPM2抗体 | -- | -- | |
| 抗ZFP354B抗体 | -- | -- | |
| qRT-PCR | Platinum SYBR Green qPCR预混液 | Invitrogen | -- |
| RNA提取 | TRIZOL试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录 | SuperScript II逆转录酶 | Invitrogen | -- |
| 软琼脂实验 | CytoSelect 96孔细胞转化实验试剂盒 | Cell Biolabs | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| shRNA筛选 | shRNA文库版本、细胞系、MOI、嘌呤霉素浓度、筛选时间、抗体克隆号、磁珠品牌 阅读提示:Methods: shRNA screen小节 |
| 5-aza处理 | 5-aza浓度、处理时间 阅读提示:Methods: Cell culture小节 |
| ChIP和MeDIP | 抗体货号、细胞提取时间、PCR引物序列 阅读提示:Methods: ChIP and MeDIP小节及Supplementary Table 2 |
| 亚硫酸氢盐测序 | 亚硫酸氢盐转化条件、巢式PCR循环参数、测序克隆数 阅读提示:Methods: Bisulphite sequencing小节 |
| 成瘤实验 | 细胞注射数量、小鼠品系和来源、注射部位、测量频率 阅读提示:Methods: Tumour formation assays小节 |