Ras介导的表观遗传沉默所需的一条精细通路

An elaborate pathway required for Ras-mediated epigenetic silencing.

作者信息Claude Gazin, Narendra Wajapeyee, Stephane Gobeil, Ching-Man Virbasius, Michael R Green
PMID17960246
期刊Nature
发布时间2007-10-25
DOI10.1038/nature06251

实验完整度

高

包含全基因组shRNA筛选、多种细胞系模型、ChIP/MeDIP/亚硫酸氢盐测序及裸鼠成瘤实验,涵盖体外和体内功能验证。

主要模型

K-ras转化的NIH 3T3细胞 未转化的NIH 3T3细胞 H-ras转化的C3H10T1/2细胞 裸鼠皮下成瘤模型

重点核对

shRNA文库感染K-ras NIH 3T3细胞的MOI为0.2,嘌呤霉素筛选浓度1.5 μg/ml 5-aza处理K-ras NIH 3T3细胞的浓度为10 μM,处理时间72小时 ChIP和MeDIP实验在逆转录病毒感染和嘌呤霉素筛选后7天进行 裸鼠成瘤实验注射细胞数为5×10^6,皮下注射至右侧腹侧,每3天测量肿瘤尺寸 亚硫酸氢盐测序每个细胞系测序6个克隆

摘要

正常细胞向癌细胞的转化是一个逐步过程,通常涉及癌基因的激活和抑癌基因及促凋亡基因的失活。在许多情况下,对癌症发展至关重要的基因失活通过表观遗传沉默发生,这通常涉及富含CpG的启动子区域的高甲基化。沉默是通过随机获得赋予选择性生长优势的表观遗传标记发生,还是通过由癌基因启动的特定通路发生,仍有待确定。在此,我们在K-ras转化的NIH 3T3细胞中进行全基因组RNA干扰(RNAi)筛选,鉴定出28个基因是Ras介导的促凋亡Fas基因表观遗传沉默所必需的。至少九个这样的Ras表观遗传沉默效应子(RESEs),包括DNA甲基转移酶DNMT1,在K-ras转化的NIH 3T3细胞中直接与Fas启动子的特定区域结合,而在未转化的NIH 3T3细胞中则不结合。RNAi介导的任意28个RESEs的敲低导致DNMT1无法招募到Fas启动子、Fas启动子高甲基化丢失以及Fas表达的解除抑制。对另外五个表观遗传抑制基因的分析表明,Ras通过一个很大程度上共同的通路指导多个不相关基因的沉默。最后,我们表明九个RESEs是K-ras转化的NIH 3T3细胞的锚定非依赖性生长和致瘤性所必需的;这九个基因先前未被牵涉到Ras转化中。我们的结果证明,Ras介导的表观遗传沉默通过一条特定的、出乎意料复杂的通路发生,该通路涉及维持完全转化表型所需的组件。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
Ras介导的表观遗传沉默是通过随机获得表观遗传标记,还是通过由癌基因启动的特定通路发生?
核心机制
致癌性Ras指导一条涉及至少28个组件(RESEs)的特定通路,这些组件是招募DNMT1到Fas启动子、维持启动子高甲基化和基因沉默所必需的。
主要证据
在K-ras转化的NIH 3T3细胞中进行全基因组shRNA筛选,鉴定出28个基因;敲低任一RESE导致DNMT1招募失败、Fas启动子高甲基化丢失和Fas表达重新激活;ChIP显示至少9个RESEs直接结合Fas启动子;敲低9个RESEs抑制锚定非依赖性生长和裸鼠致瘤性。
研究意义
鉴定出作用于Ras下游、参与表观遗传沉默和完全转化的新组件,为抗癌治疗提供了潜在的新靶点。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

全基因组shRNA筛选鉴定Ras表观遗传沉默效应子

鉴定Ras介导的Fas表观遗传沉默所需的基因。

使用小鼠shRNA文库转染K-ras NIH 3T3细胞,通过抗Fas抗体和磁珠分选Fas阳性细胞,PCR扩增并测序shRNA区域,鉴定候选基因;用单个shRNA验证Fas重新表达。

2

验证RESEs对Fas沉默和启动子甲基化的影响

验证28个RESEs敲低后对Fas表达和启动子甲基化的影响。

建立28个K-ras NIH 3T3敲低细胞系,通过免疫印迹检测Fas表达,亚硫酸氢盐测序和MeDIP分析Fas启动子甲基化状态,ChIP分析RESEs和DNMT1与Fas启动子的结合。

3

分析Ras对多个基因表观遗传沉默的共同通路

探究Ras是否通过共同通路沉默多个不相关基因。

检测Sfrp1、Par4/Pawr、Plagl1、H2-K1和Lox在K-ras NIH 3T3细胞中的表达和启动子甲基化,并在28个敲低细胞系中分析这些基因的重新表达。

4

评估RESEs在Ras转化表型中的作用

确定RESEs是否参与Ras介导的转化。

对9个RESEs敲低细胞系进行软琼脂集落形成实验和裸鼠皮下成瘤实验。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
小鼠shRNAmir文库Open Biosystems--
抗Fas抗体eBiosciences--
IgG偶联磁珠Miltenyi Biotec--
Mini MACS磁分离系统Miltenyi Biotec--
Qiaquick柱Qiagen--
抗Fas抗体Santa Cruzsc-716
抗p21 Ras抗体Abcamab16795
SuperSignal West Pico化学发光底物Pierce--
抗5-甲基胞嘧啶抗体Abcamab1884
抗EZH2抗体Cell Signaling Technology4905
抗CTCF抗体Upstate07-729
抗BMI1抗体Abcamab14389
抗DNMT1抗体ImgenexIMG-261A
抗SIRT6抗体Aviva Systems BiologyASB-ARP32409
抗TRIM37抗体----
抗TRIM66抗体----
抗NPM2抗体----
抗ZFP354B抗体----
Platinum SYBR Green qPCR预混液Invitrogen--
TRIZOL试剂Invitrogen--
SuperScript II逆转录酶Invitrogen--
CytoSelect 96孔细胞转化实验试剂盒Cell Biolabs--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
shRNA筛选
shRNA文库版本、细胞系、MOI、嘌呤霉素浓度、筛选时间、抗体克隆号、磁珠品牌
阅读提示:Methods: shRNA screen小节
5-aza处理
5-aza浓度、处理时间
阅读提示:Methods: Cell culture小节
ChIP和MeDIP
抗体货号、细胞提取时间、PCR引物序列
阅读提示:Methods: ChIP and MeDIP小节及Supplementary Table 2
亚硫酸氢盐测序
亚硫酸氢盐转化条件、巢式PCR循环参数、测序克隆数
阅读提示:Methods: Bisulphite sequencing小节
成瘤实验
细胞注射数量、小鼠品系和来源、注射部位、测量频率
阅读提示:Methods: Tumour formation assays小节