无测序的全基因组空间转录组学在单分子分辨率下的应用

近期空间转录组学技术的突破增强了我们对多种细胞身份、空间组织和功能的理解。然而，现有的空间转录组学工具在转录组覆盖范围或空间分辨率上仍存在局限，阻碍了在高空间分辨率下进行无偏、无假设的转录组分析。在此，我们开发了反向锁式扩增子编码荧光原位杂交（RAEFISH），一种基于图像的空间转录组学方法，具有全基因组覆盖和完整组织中单分子分辨率的特点。我们展示了单细胞和组织切片中23,000个人类或22,000个小鼠转录本的空间分析。我们的分析揭示了转录本特异性亚细胞定位、细胞类型特异性和细胞类型不变的分区依赖性转录组，以及优先细胞-细胞相互作用背后的基因程序。最后，我们进一步开发了该技术，用于在基于图像的高内涵CRISPR筛选中间接读取gRNA的空间读出。总体而言，这些进展提供了一种广泛适用的技术，能够在许多生物医学背景下对长和短、天然和工程RNA进行高覆盖、高分辨率的空间分析。