体内oskar颗粒物理性质表征
确定卵母细胞中oskar RNP颗粒是否为液体或固体样凝聚物
对w1118卵房进行smFISH和3D STED成像,测量颗粒球形度和大小;活体成像观察颗粒融合;1,6-己二醇处理和卵质挤出实验检测颗粒溶解性
Liquid-to-solid phase transition of oskar ribonucleoprotein granules is essential for their function in Drosophila embryonic development.
体外纯化蛋白凝聚物、细胞系、果蝇活体成像、转基因果蝇及胚胎表型多层级验证,含功能与机制验证
果蝇卵母细胞及卵房 体外纯化oskar 3′UTR与Bruno/Hrp48/PTB凝聚物 果蝇S2R+细胞 转基因果蝇胚胎
oskar 3′UTR与Bruno或Hrp48在150 mM NaCl条件下形成凝聚物,FRAP显示Bruno不可动部分大、Hrp48居中 Bruno ΔN或Hrp48 ΔC转基因在相应缺陷背景中的表型拯救程度 FUS LC系连oskar mRNA后颗粒材料性质改变及后极定位缺陷 1,6-己二醇处理15 min及秋水仙素处理100 μg/ml 2 h对颗粒的影响 胚胎孵化率、极细胞数目及Eve条纹和腹节图式
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定卵母细胞中oskar RNP颗粒是否为液体或固体样凝聚物
对w1118卵房进行smFISH和3D STED成像,测量颗粒球形度和大小;活体成像观察颗粒融合;1,6-己二醇处理和卵质挤出实验检测颗粒溶解性
验证纯化oskar RNA与支架蛋白能否在体外形成凝聚物并发生液-固相变
从昆虫细胞纯化EGFP标记的Bruno、Hrp48和mRFP-PTB,与体外转录的oskar 3′UTR混合,通过EMSA、FRAP、cryo-ET检测结合、动态性和结构
检验液相是否允许RNA掺入、固相是否排除RNA但允许蛋白分配
在Bruno-oskar 3′UTR凝聚物组装后0或30 min加入荧光标记oskar 3′UTR或mRFP-PTB,共聚焦成像和cryo-ET观察RNA和蛋白分布
确定Bruno和Hrp48的PrLD对oskar颗粒形成、定位和翻译的影响
在果蝇生殖系表达Bruno FL/ΔN或Hrp48 FL/ΔC转基因,结合smFISH、免疫染色和EMSA检测oskar颗粒形态、定位、翻译及蛋白结合能力
测试将oskar颗粒推向更液态是否影响其定位和翻译
表达MCP-EGFP-FUS LC或MCP-EGFP-FUS LC 12E系连oskar6xMS2 mRNA,活体成像、smFISH和免疫染色检测颗粒动态、定位及Oskar蛋白
评估颗粒材料性质改变对生殖细胞形成和腹部图式的影响
对胚胎进行Vasa免疫染色计数极细胞、Eve免疫染色观察条纹、角质层制备分析腹节及孵化率统计
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 化学处理 | 1,6-己二醇 | Sigma | 240117 |
| 微管解聚 | 秋水仙碱 | Sigma | C9754 |
| 细胞培养 | 胰岛素 | Sigma | I9278 |
| 胎牛血清 | Life Technologies | 10082147 | |
| Schneider果蝇培养基 | Life Technologies | 21720024 | |
| 蛋白纯化 | SumoStar蛋白酶 | Life Sensors | 4110 |
| 体外相分离 | 聚乙二醇4000 | Thermo Scientific | EL0011 |
| 体外转录 | MEGAscript T7转录试剂盒 | Thermo Scientific | AMB13345 |
| 蛋白纯化 | StrepTrap HP层析柱 | Merck | GE28-9075-47 |
| HisTrap HP层析柱 | Merck | GE17-5248-01 | |
| HiLoad 16/600 Superdex 200pg凝胶过滤柱 | Merck | GE28-9893-35 | |
| 细胞转染 | Effectene转染试剂 | Qiagen | 301425 |
| X-tremeGENE HP DNA转染试剂 | Roche | 06 366 236 001 | |
| 免疫染色 | 兔抗EGFP抗体 | Torrey Pines Biolabs | TP401 |
| Western blot | 兔抗组蛋白H3抗体 | Abcam | ab1791 |
| 免疫染色 | 四甲基罗丹明标记牛血清白蛋白 | Thermo Scientific | A23016 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体外相分离实验 | 蛋白浓度10 μM、oskar 3′UTR浓度100 nM、缓冲液150 mM NaCl、SumoStar蛋白酶1 U/20 μl 30 min 阅读提示:STAR Methods中In vitro phase separation assays及Figure 2、Figure S3图注 |
| FRAP分析 | 感兴趣区1.4-1.5 μm²、漂白100%激光功率、记录至1 min(帧间隔0.35 s)或3 min(帧间隔2 s) 阅读提示:STAR Methods中Fluorescence recovery after photobleaching及Figure 2D、S3H、S3I |
| 1,6-己二醇处理 | 5% 1,6-己二醇处理15 min,溶剂对照为水 阅读提示:STAR Methods中Ex vivo treatments of whole ovaries及Figure 1C、S1B |
| 秋水仙素处理 | 100 μg/ml秋水仙素处理2 h,溶剂对照为100%乙醇,成像在90 min时进行 阅读提示:STAR Methods中Ex vivo treatments of whole ovaries及Figure 6E、S7E |
| FUS LC系连实验 | oskar6xMS2转基因、MCP-EGFP-FUS LC或12E表达、oskar RNA-null背景oskA87/Df3RpXT103 阅读提示:STAR Methods中Generation of transgenic flies及Figure 6、Figure 7 |