合成与表征ALK-PROTAC(AP)
获得靶向ALK的PROTAC分子并确认其结构、纯度和降解活性。
将ceritinib与pomalidomide通过PEG linker偶联合成AP,并用1H NMR、MS、UV-Vis和HPLC进行结构确认和纯度分析;在H3122细胞中检测AP对ALK和pALK的降解。
Alendronate-mineralized nanoparticles loaded with ALK-PROTAC reverse the resistance and rebound effects of ALK+ NSCLC to PROTAC therapy by disrupting the mitochondria-linked feedback
含体外细胞模型、无偏转录组/代谢组、体内皮下移植瘤模型,并做功能与机制验证
ALK+ NSCLC H3122细胞系 ALK阴性H1299和A549细胞系 ALCL Karpas 299细胞系 BALB/c裸鼠H3122皮下移植瘤模型
AP浓度与处理时间:AP 100 nM,24 h;撤药后0和72 h采集 Aln及纳米粒浓度:Aln 50 µM,Aln NPs/AP NPs/Aln–AP NPs 50 µM,处理48–72 h 体内给药剂量:Aln 5 mg/kg,AP 10 mg/kg,静脉注射;瘤内AP 1.5 mg/kg ALP+模型:H3122(EML4–ALK融合)与Karpas 299(NPM–ALK融合),ALK阴性对照H1299、A549 转染敲低:LNP包载siRNA敲低HK2,knockdown维持5 d
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得靶向ALK的PROTAC分子并确认其结构、纯度和降解活性。
将ceritinib与pomalidomide通过PEG linker偶联合成AP,并用1H NMR、MS、UV-Vis和HPLC进行结构确认和纯度分析;在H3122细胞中检测AP对ALK和pALK的降解。
验证AP撤药后ALK是否再表达及细胞增殖是否反弹。
H3122细胞经100 nM AP处理24 h后撤药,在0和72 h检测ALK/pALK表达、细胞增殖、转录组和ATP水平。
明确Aln是否阻断甲羟戊酸途径并扰乱线粒体相关代谢。
H3122细胞经Aln或Aln NPs处理后进行非靶向代谢组学分析,检测mevalonate、IPP、DMAPP等代谢物及葡萄糖、TCA循环中间产物。
检验Aln能否抑制AP诱导的抗凋亡蛋白和YAP1上调并延迟ALK再表达。
H3122细胞经Aln联合AP处理或AP撤药后给予Aln,Western blot检测Bcl-xL、Bcl-2、Mcl-1、YAP1、ALK和pALK。
构建共载Aln和AP的配位纳米粒并评价其理化性质和细胞摄取。
采用一步法将Aln溶液和脂质溶液滴加入CaCl2溶液制备Aln–AP NPs,检测粒径、PDI、zeta电位、稳定性、包封率和细胞摄取。
验证Aln–AP NPs是否协同抑制H3122细胞增殖并破坏线粒体功能。
H3122细胞经Aln NPs、AP NPs或Aln–AP NPs处理后检测细胞活力、ATP、ROS、线粒体超氧化物、脂质过氧化物、线粒体膜电位和线粒体形态。
在H3122皮下移植瘤模型中比较Aln–AP NPs与单药及物理混合物的疗效。
BALB/c裸鼠皮下接种H3122细胞建立移植瘤模型,静脉注射Aln NPs、AP NPs、Aln–AP NPs或混合物,监测肿瘤体积和重量,进行TUNEL和H&E染色。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 纳米粒制备 | 1,2-二油酰-sn-甘油-3-磷酸 | Avanti Polar Lipids, Inc. | -- |
| 胆固醇 | Sigma Aldrich Corporation | -- | |
| DLin-MC3-DMA | Avt (Shanghai) Pharmaceutical Tech Co., Ltd. | -- | |
| 1,2-二硬脂酰-sn-甘油-3-磷酸胆碱 | Avt (Shanghai) Pharmaceutical Tech Co., Ltd. | -- | |
| 1,2-二肉豆蔻酰-rac-甘油-3-甲氧基聚乙二醇-2000 | Avt (Shanghai) Pharmaceutical Tech Co., Ltd. | -- | |
| 基因沉默 | 小干扰RNA | Guangzhou Ribo Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| Western blot | 聚偏二氟乙烯膜 | Merck Millipore | -- |
| 膜蛋白提取试剂盒 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | EX1110 | |
| 兔抗ALK抗体 | Cell Signaling Technology | 3633 | |
| 兔抗磷酸化ALK (Tyr1507)抗体 | Affinity Biosciences Ltd. | AF3489 | |
| 兔抗CD147抗体 | Abcam Trading (Shanghai) Co., Ltd. | ab108308 | |
| 兔抗MCT1抗体 | Abcam Trading (Shanghai) Co., Ltd. | ab179832 | |
| 兔抗HK2抗体 | Abcam Trading (Shanghai) Co., Ltd. | ab209847 | |
| 兔抗LDH抗体 | Abcam Trading (Shanghai) Co., Ltd. | ab52488 | |
| 兔抗YAP1抗体 | Abcam Trading (Shanghai) Co., Ltd. | ab52771 | |
| 兔抗Bcl-xL抗体 | Abcam Trading (Shanghai) Co., Ltd. | ab32370 | |
| 兔抗Bcl-2抗体 | Abcam Trading (Shanghai) Co., Ltd. | ab182858 | |
| 兔抗Mcl-1抗体 | Abcam Trading (Shanghai) Co., Ltd. | ab32087 | |
| 兔抗RhoA抗体 | Abcam Trading (Shanghai) Co., Ltd. | ab187027 | |
| 兔抗钠钾ATP酶抗体 | Abcam Trading (Shanghai) Co., Ltd. | ab76020 | |
| 兔抗MCT4抗体 | Proteintech Group, Inc. | 22787-1-AP | |
| 鼠抗β-微管蛋白抗体 | Proteintech Group, Inc. | 66240-1-Ig | |
| 兔抗PFKP抗体 | Proteintech Group, Inc. | 13389-1-AP | |
| 兔抗GLUT3抗体 | Cloud-Clone Corp. | PAB635Hu01 | |
| 鼠抗GLUT3抗体 | Cloud-Clone Corp. | MAB185Hu22 | |
| 兔抗PKM2抗体 | Cloud-Clone Corp. | PAA588Hu01 | |
| 兔抗GAPDH抗体 | Beyotime Biotech Inc. | AF1186 | |
| HRP标记山羊抗兔IgG (H + L) | Beyotime Biotech Inc. | A0208 | |
| HRP标记山羊抗鼠IgG (H + L) | Beyotime Biotech Inc. | A0216 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | -- | -- |
| ATP测定 | CellTiter-Lumi™ Plus发光细胞活力检测试剂盒 | -- | -- |
| 乳酸和pH测定 | 乳酸含量检测试剂盒 | -- | -- |
| 流式细胞术 | Annexin V–FITC/PI试剂盒 | -- | -- |
| 细胞周期与凋亡分析试剂盒 | -- | -- | |
| 2′,7′-二氯二氢荧光素二乙酸酯 | -- | -- | |
| MitoSOX Red线粒体超氧化物荧光探针 | -- | -- | |
| BODIPY 581/591 C11脂质过氧化探针 | -- | -- | |
| 四甲基罗丹明乙酯 | -- | -- | |
| 共聚焦显微镜 | Hoechst 33342 | -- | -- |
| MitoTracker Deep Red线粒体荧光探针 | -- | -- | |
| LysoTracker Green溶酶体荧光探针 | -- | -- | |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | -- | -- |
| Dulbecco改良Eagle培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 动物实验 | 基质胶 | -- | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | -- | -- | |
| Tanon-5200 Multi成像系统 | Tanon | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| AP撤药后适应性耐药检测 | AP处理浓度100 nM、处理时间24 h、撤药后采集时间点0和72 h;H3122细胞 阅读提示:Results 3.2及Fig. 2A–2C图注 |
| Aln及纳米粒体外处理 | Aln及纳米粒浓度50 µM,处理48–72 h;AP浓度100 nM 阅读提示:Results 3.3–3.5及Fig. 3、Fig. 4、Fig. 6图注 |
| 体内抗肿瘤实验 | H3122皮下移植瘤模型;Aln 5 mg/kg、AP 10 mg/kg静脉注射;瘤内AP 1.5 mg/kg;每组n=5–6 阅读提示:Results 3.6及Fig. 7图注;Materials and Methods 2.13 |
| 纳米粒制备 | Aln 4.875 mg、CaCl2 13.32 mg、DOPA 21.72 mg、EPC 22.50 mg、胆固醇2.76 mg、DSPE-PEG2000 9.90 mg、AP 40 µg(体内4.875 mg);滴加速率0.5 ml/min,65 °C搅拌1.5 h 阅读提示:Materials and Methods 2.2 |
| HK2敲低实验 | LNP包载siRNA敲低HK2,knockdown维持5 d;siHK2联合AP处理 阅读提示:Results 3.2及Fig. S16、Fig. S17图注 |