mCRC PDO建立与分子特征验证
建立能代表mCRC肿瘤的离体模型并验证其分子保真性。
从10例mCRC肝转移组织建立PDO,进行H&E、IHC(CDX2、CK20)、微卫星状态检测,并对8例肿瘤及匹配PDO行全外显子组测序。
Combined casein kinase II and MAPK signalling inhibition as a therapeutic strategy for metastatic colorectal cancer
包含患者组织(磷酸化)蛋白质组、PDO模型、离体药物筛选、Western blot功能验证及独立PDO队列验证
mCRC肝转移组织及其匹配的患者来源类器官(PDO) 正常结肠黏膜组织及正常结肠PDO 独立验证队列的6例mCRC肝转移PDO CRC细胞系HT-29、CaCo2、HCT-116
mCRC PDO队列(n=9)及独立验证PDO队列(n=6)的分组与药物处理 silmitasertib浓度10 µM,trametinib浓度30 nM 处理后检测时间:细胞活力4天,Western blot及流式检测前处理24小时 药物相互作用使用SynergyFinder 3.0的Bliss、HSA、Loewe、ZIP模型计算 正常结肠PDO作为毒性对照
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立能代表mCRC肿瘤的离体模型并验证其分子保真性。
从10例mCRC肝转移组织建立PDO,进行H&E、IHC(CDX2、CK20)、微卫星状态检测,并对8例肿瘤及匹配PDO行全外显子组测序。
识别mCRC组织和PDO中异常调控的激酶活性。
对10例mCRC组织、匹配PDO及6例正常结肠组织进行蛋白质组和磷酸化蛋白质组分析,通过KSEA推断激酶活性。
评估CKII抑制在mCRC PDO中的抗肿瘤效果及细胞周期、DNA损伤和凋亡影响。
在mCRC PDO和正常结肠PDO中进行离体药物筛选,检测细胞活力、CKII底物磷酸化、细胞周期(DAPI流式)、γ-H2AX和PARP切割(Western blot)。
探究可能限制silmitasertib疗效的平行信号通路。
将(磷酸化)蛋白质组数据与silmitasertib疗效进行相关性分析,并用Western blot检测ERK1/2、Akt、S6活性。
检验联合抑制CKII和MEK是否增强抗肿瘤活性并抑制耐药相关通路。
在mCRC PDO中进行联合药物筛选,计算药物相互作用,检测CKII信号、S6、ERK1/2、PARP切割和caspase-3/7活性,并在独立PDO队列中验证细胞活力。
评估联合处理是否影响mCRC的干细胞特性。
Western blot检测活性β-catenin,流式细胞术检测CD44+CD133+和CD44-CD133-细胞比例,RT-qPCR检测Wnt靶基因LGR5、OLFM4、AXIN2。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织固定与包埋 | HistoGel | Thermo Fisher Scientific | 12006679 |
| 核酸提取 | Quick-DNA/RNA试剂盒 | Zymo Research | D7003 |
| RT-qPCR | PowerUp SYBR Green | Applied Biosystems | -- |
| 全外显子组测序 | Agilent SureSelect人全外显子V6试剂盒 | Agilent | -- |
| 细胞活力检测 | CellTiter-Glo | Promega | -- |
| CellTiter-Glo 3D | Promega | -- | |
| 药物处理 | D300e数字分配器 | Tecan | -- |
| Western blot | Odyssey红外成像系统 | LI-COR | -- |
| 流式细胞术 | CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| Caspase-3/7活性检测 | Caspase-Glo 3/7 3D检测 | Promega | -- |
| 荧光读取 | Varioskan LUX读板仪 | Thermo Scientific | -- |
| 质谱分析 | Orbitrap Fusion Lumos质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| PDO建立与培养 | PDO培养基:CRC特异性培养基;正常结肠PDO使用IntestiCult media(Stemcell Technologies);正常结肠PDO在所有实验中使用分化状态;文中未明确说明具体培养时间及传代次数。 阅读提示:Materials and methods中Patient-derived organoid generation and passaging小节及Additional file 1 |
| 药物处理与细胞活力检测 | silmitasertib 10 µM和30 µM;trametinib 30 nM;everolimus 10 µM;ZSTK-474 10 µM;DMSO终浓度0.1%;PDO在Matrigel中培养至可见后换含药培养基,处理4天后检测;细胞系处理72小时后检测;实验至少三次重复,每次三复孔。 阅读提示:Materials and methods中Drug treatment on CRC PDO and cell lines小节及Fig. 5图注 |
| Western blot检测 | 一抗过夜4°C孵育;荧光二抗(LI-COR Biosciences);以β-actin或GAPDH为内参;蛋白活性以磷酸化/总蛋白比值计算。 阅读提示:Materials and methods中Immunoblotting小节及Additional file 2 |
| 流式细胞术检测细胞周期和干细胞标志物 | silmitasertib 10 µM、trametinib 30 nM处理24小时;DAPI染色检测DNA含量;APC-anti-CD133和AF488-anti-CD44染色;CytoFLEX采集,FlowJo 10.10分析。 阅读提示:Materials and methods中Flow cytometry analysis小节及Additional file 2 |
| 联合药物相互作用分析 | 使用SynergyFinder 3.0,Bliss、HSA、Loewe和ZIP模型;Bliss评分-10至+10为叠加,>10为协同,<-10为拮抗;部分PDO中相互作用类型随浓度变化。 阅读提示:Materials and methods中Drug treatment on CRC PDO and cell lines小节及Fig. 5D、Additional file 4 |