患者队列选择与PBMC样本准备
获得符合条件患者的配对PBMC样本用于免疫分析
从BP41054试验75例患者中选取33例CPI经治患者,基于C1D1_pre和C2D8配对样本可用性和足够细胞数;冻存PBMC thawed并计数。
Enhanced melanoma-specific cytotoxic T-cell expansion and the clinical outcomes with simlukafusp alfa and pembrolizumab following checkpoint inhibitor progression
对33例患者PBMC进行pMHC四聚体染色和肽刺激IFN-γ检测,未评估直接细胞毒活性,PFS分析为描述性。
BP41054试验CPI经治晚期黑色素瘤患者外周血PBMC 28种黑色素瘤相关肽-HLA四聚体面板
患者队列:33例CPI经治晚期黑色素瘤患者,来自BP41054试验,至少接受过两周期抗PD-1治疗且12周内进展 给药方案:simlukafusp alfa 10 mg联合pembrolizumab 200 mg Q3W;18例全程Q3W,15例每周给药后Q3W(QW/Q3W) 采样时间点:基线C1D1_pre和治疗中C2D8 pMHC四聚体检测:28种黑色素瘤相关肽和2种病毒肽对照,阳性阈值定为阴性对照均值+2×SD 肽刺激功能检测:PBMC用5 µM肽刺激48小时,抗CD28和蛋白转运抑制剂1:500,流式检测IFN-γ
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得符合条件患者的配对PBMC样本用于免疫分析
从BP41054试验75例患者中选取33例CPI经治患者,基于C1D1_pre和C2D8配对样本可用性和足够细胞数;冻存PBMC thawed并计数。
检测和定量针对黑色素瘤相关肽的CD8+ T细胞频率和多样性
使用28种黑色素瘤相关肽和2种病毒肽对照的pMHC四聚体面板染色PBMC,流式细胞术获取数据,布尔门控鉴定pMHC:TCR+CD8+ T细胞。
评估鉴定的黑色素瘤相关抗原特异性CD8+ T细胞的功能能力
对具有pMHC特异性的患者PBMC用匹配黑色素瘤肽或HIV对照肽刺激48小时,细胞内染色检测IFN-γ和表型标志物。
分析CD8+ T细胞亚群、NK细胞和抗原特异性T细胞的表型
使用流式细胞术面板检测T、B、NK细胞和CD8+ T细胞亚群,以及肽刺激后激活和耗竭标志物。
探索治疗相关免疫变化与无进展生存期的关联
使用Kaplan-Meier和Cox比例风险模型分析PFS与CD8+ T细胞扩增、抗原特异性T细胞多样性变化的关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| PBMC制备 | 胎牛血清 | -- | -- |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| 流式细胞术 | Live/Dead可固定蓝色活力染料 | -- | -- |
| Brilliant染色缓冲液 | -- | -- | |
| Fc受体阻断剂 | -- | -- | |
| 固定和透化缓冲液套装 | -- | -- | |
| pMHC四聚体染色 | 链霉亲和素-荧光团偶联物 | -- | -- |
| 肽刺激 | 抗CD28抗体 | -- | -- |
| 蛋白转运抑制剂 | -- | -- | |
| 流式细胞术 | Cytek Aurora光谱流式细胞仪 | Cytek | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列和给药 | 患者为CPI经治晚期黑色素瘤,至少两周期抗PD-1治疗且12周内进展;simlukafusp alfa 10 mg联合pembrolizumab 200 mg Q3W或QW/Q3W 阅读提示:Methods 'Patient cohort'小节 |
| pMHC四聚体染色 | 使用28种黑色素瘤相关肽和2种对照肽;pMHC多聚体浓度0.05 mg/mL;阳性阈值基于HIV-1 p24阴性对照均值+2×SD 阅读提示:Methods 'pMHC-TCR PBMC staining protocol'小节和Supplementary table 1、2 |
| 肽刺激功能检测 | PBMC 1×10^6/孔,肽5 µM,抗CD28和蛋白转运抑制剂1:500,刺激48小时;对照肽HIV-1 p24 Gag 151-159 阅读提示:Methods 'Peptides for PBMC challenge'小节 |
| 流式细胞术分析 | 使用Cytek Aurora光谱流式细胞仪;抗体克隆、荧光团和稀释度见补充表3;FMx对照设置 阅读提示:Methods 'Cell surface antibody staining post-peptide challenge'和'Analysis of flow cytometry datasets',Supplementary table 3 |
| PFS分析 | PFS分析限于有基线免疫检测的16例患者;多样性变化分组:增强n=3、维持n=10、降低n=3;未进行正式统计比较 阅读提示:Results 'Association between PFS and pMHC:TCR-specific CD8+ T-cell induction, but not pre-existing immunity'小节和Figure 2 |