构建人类胎儿dlPFC的RA相关基因调控网络
定义前额叶发育中RA依赖的基因调控架构并鉴定关键枢纽基因。
对PCW18人类胎儿dlPFC进行sn-multiome(snRNA-seq与snATAC-seq)并用SCENIC+推断GRN;对RARA、RARB、RXRG及H3K4me3、H3K27ac进行CUT&Tag;结合BrainSpan PFC富集基因整合构建RA-GRN。
A retinoic acid autoregulatory loop governing prefrontal-motor arealization
含人类胎儿sn-multiome、CUT&Tag、小鼠条件敲除、器官培养及病毒示踪等多层级证据,并有功能与机制验证
人类胎儿背外侧前额叶(dlPFC)死后脑组织 人源端脑类器官(YB7-GFP iPSC系) Meis2条件敲除小鼠(Nex1-cre) Rarb/Rxrg双敲除小鼠
Meis2-cKO小鼠在PCD16、PD0、PD7的mPFC区域标志物(Cbln2、Plxnc1、Cyp26b1、Etv5、Bhlhe22)表达变化 PD30及PD120顺行/逆行病毒示踪(AAVag-CAG-tdTomato、AAVrg-CAG-tdTomato、AAVrg-CAG-Gfp)及DiI示踪检测mPFC-MD/VM/AMY与CST连接 人源类器官从第60天起全反式维甲酸处理30天后检测MEIS2和ALDH1A3表达 RARB/RXRG对Meis2启动子的荧光素酶报告实验(Neuro2a细胞) Meis2-cKO小鼠PD0 mPFC的RNA-seq差异表达分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
定义前额叶发育中RA依赖的基因调控架构并鉴定关键枢纽基因。
对PCW18人类胎儿dlPFC进行sn-multiome(snRNA-seq与snATAC-seq)并用SCENIC+推断GRN;对RARA、RARB、RXRG及H3K4me3、H3K27ac进行CUT&Tag;结合BrainSpan PFC富集基因整合构建RA-GRN。
检验RA是否通过RAR-RXR直接调控MEIS2表达。
CUT&Tag检测RAR-RXR在MEIS2启动子的结合;Neuro2a细胞荧光素酶报告实验共转染Rarb、Rxrg与Meis2启动子报告质粒;检测Rarb/Rxrg双敲除小鼠PD0 mPFC的Meis2表达;人源类器官RA处理检测MEIS2。
确定MEIS2在MC–PFC轴区域化中的作用。
用Nex1-cre在出生后兴奋性皮层神经元敲除Meis2;检测PFC、MC和SSp区域标志物表达;PD30及PD120进行顺行和逆行病毒示踪及DiI示踪检测mPFC与MD、VM、AMY、CST连接。
检验MEIS2是否维持ALDH1A3表达和RA信号。
检测Meis2-cKO小鼠mPFC中ALDH1A3表达及RARE-lacZ报告活性;RNA-seq分析PD0 mPFC差异表达基因;人源类器官RA处理检测ALDH1A3表达。
评估mPFC身份破坏后的功能后果。
进行筑巢实验、Y迷宫自发交替实验和旷场实验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| CUT&Tag | Hyperactive通用CUT&Tag检测试剂盒 | Vazyme | TD903 |
| TruePrep Index试剂盒V2 | Vazyme | TD202 | |
| 神经组织微量单核分离试剂盒 | Invent Biotechnologies | BN-020 | |
| sn-multiome | Chromium Next GEM单细胞多组学ATAC+基因表达试剂盒v1.1 | 10x Genomics | -- |
| 类器官培养 | mTeSR1培养基 | StemCell Technologies | 85850 |
| 全反式维甲酸 | Sigma-Aldrich | R2625 | |
| 基质胶 | -- | -- | |
| EdU检测 | Click-iT EdU细胞增殖成像试剂盒(Alexa Fluor 488) | Thermo Fisher Scientific | C10337 |
| 荧光素酶实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1910 |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668019 | |
| pGL4.24载体 | Promega | E8421 | |
| 免疫组化 | MEIS2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-81986 |
| ALDH1A3抗体 | Abcam | ab308526 | |
| SATB2抗体 | Abcam | ab92446 | |
| BCL11B抗体 | Sigma-Aldrich | MABE1045 | |
| CUT&Tag | RARA抗体 | Abcam | ab41934 |
| RARB抗体 | Invitrogen | PA1-811 | |
| RXRG抗体 | ABclonal | A1877 | |
| 病毒示踪 | AAV9-pCAG-tdTomato | Addgene | 59462-AAV9 |
| AAVrg-pCAG-tdTomato | Addgene | 59462-AAVrg | |
| AAVrg-pCAG-Gfp | Addgene | 37825-AAVrg | |
| 组织切片 | OCT包埋剂 | Thermo Fisher Scientific | 23-730-571 |
| β-半乳糖苷酶染色 | Red-gal显色底物 | Sigma-Aldrich | RES1364C-A102X |
| RNA-seq | VAHTS Universal V10 RNA-seq文库构建试剂盒 | Vazyme | NR606-01 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人类胎儿dlPFC的RA-GRN构建 | 样本发育阶段(PCW18用于sn-multiome,约PCW19用于CUT&Tag)、核浓度3.3–8百万核/ml、CUT&Tag每1×10^5核1 μg一抗 阅读提示:Methods中“Human tissue nucleus isolation and multiome capture”、“Nucleus isolation and CUT&Tag library”及Supplementary Table 1 |
| Meis2条件敲除小鼠区域标志物分析 | Nex1-cre品系、检测时间点(PCD16、PD0、PD7)、区域标志物(Cbln2、Plxnc1、Cyp26b1、Etv5、Bhlhe22)、每组n=3 阅读提示:Methods中“Mouse tissue IHC analysis”和“Sectioning and WISH”及Fig. 3图注 |
| 病毒示踪连接分析 | 注射日龄PD30、mPFC坐标(AP +2.1 mm, ML ±0.3 mm, DV −2.4 mm)、MD坐标(AP −1.3 mm, ML ±0.42 mm, DV −3.2 mm)、注射体积40 nl、脊髓C3体积500–1,000 nl 阅读提示:Methods中“Anterograde and retrograde tracing in mice”及Fig. 3、Extended Data Fig. 8–9图注 |
| 人源类器官RA处理 | YB7-GFP iPSC系、第60天起全反式维甲酸处理30天、第90天收集、RA浓度:文中未明确说明、每组n=4 阅读提示:Methods中“Human telencephalic organoid culture”及Fig. 2c、Extended Data Fig. 13图注 |
| 行为学实验 | 8–10周龄雄性小鼠、各测试间隔24小时、筑巢评分六分制、旷场40 cm×40 cm 10分钟、n=20对照/22 Meis2-cKO 阅读提示:Methods中“Behavioural tests”及Extended Data Fig. 10图注 |