生物标志物可评估人群定义
确定具有配对肿瘤组织和≥1个时间点血液样本可用于WES及ctDNA分析的患者
从随机化患者中筛选具有筛查时配对肿瘤样本和研究期间≥1个时间点血液样本用于WES的患者,构成生物标志物可评估人群
Biomarkers of nivolumab benefit in resectable non-small cell lung cancer
随机对照III期试验,含ctDNA动态、WES基因组分析、pCR评估、EFS/OS生存分析及机器学习建模
可切除非小细胞肺癌患者(IIA–IIIB期) 生物标志物可评估患者队列(配对肿瘤组织与血液样本)
生物标志物可评估人群:纳武利尤单抗组98/229例,安慰剂组92/232例 ctDNA检测时间点:新辅助治疗开始前(C1D1)、新辅助治疗完成时(术前)、辅助治疗第1、4、7、13周期第1天 ctDNA清除定义:新辅助治疗开始前可检测至新辅助治疗完成时不可检测 MRD阳性定义:术后可检测到ctDNA pCR定义:术后原发肿瘤和采样淋巴结中0%残余存活肿瘤
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定具有配对肿瘤组织和≥1个时间点血液样本可用于WES及ctDNA分析的患者
从随机化患者中筛选具有筛查时配对肿瘤样本和研究期间≥1个时间点血液样本用于WES的患者,构成生物标志物可评估人群
评估新辅助治疗期间ctDNA清除和辅助治疗期间MRD状态
使用Invitae Personalized Cancer Monitoring(肿瘤知情) assay检测ctDNA,基于新辅助治疗开始前可检测至新辅助治疗完成时不可检测定义ctDNA清除,基于术后可检测ctDNA定义MRD阳性
评估ctDNA清除与病理完全缓解的关系
在新辅助治疗前后具有可检测且可评估ctDNA的患者中,比较ctDNA清除组与未清除组的pCR率
评估术后MRD状态及其在辅助治疗期间的变化与疾病复发的关系
在术后且辅助治疗开始前以及辅助治疗期间≥1个其他时间点具有可评估MRD状态的患者中,分析MRD转阳与复发的关系
评估KRAS、KEAP1、STK11、SMARCA4、TP53和CDKN2A肿瘤改变状态与EFS的关系
对筛查时治疗前肿瘤样本进行WES,分析选定基因改变频率及其与EFS的关联
识别EFS结局的潜在预测标志物
使用随机生存森林机器学习模型,以80%生物标志物可评估患者为训练集、20%为测试集,评估临床和基因组标志物与EFS的关联
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| PD-L1表达检测 | PD-L1免疫组织化学28-8 pharmDx检测 | Dako | -- |
| ctDNA检测 | Invitae个性化癌症监测检测 | Invitae | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物标志物可评估人群定义 | 配对肿瘤样本和研究期间≥1个时间点血液样本可用于WES;排除原因包括样本未通过病理评估、检测不可用、WES失败 阅读提示:Methods中Biomarker analyses小节及Extended Data Fig. 1b |
| ctDNA检测时间点与清除定义 | 检测时间点:新辅助C1D1前、新辅助治疗完成后(术前)、辅助治疗第1、4、7、13周期第1天;ctDNA清除定义:新辅助治疗开始前可检测至新辅助治疗完成时不可检测;MRD阳性定义:术后可检测到ctDNA 阅读提示:Methods中End points and assessments小节及Fig. 1a |
| pCR评估 | pCR定义:术后原发肿瘤和采样淋巴结0%残余存活肿瘤;MPR定义:≤10%残余存活肿瘤 阅读提示:Methods中End points and assessments小节 |
| 肿瘤基因组改变分析 | WES使用配对肿瘤样本和血液样本;CDKN2A改变包括突变和/或纯合拷贝数丢失;评估基因:KRAS、KEAP1、STK11、SMARCA4、TP53、CDKN2A 阅读提示:Methods中Genomic analyses小节及Fig. 3a |
| 机器学习预测建模 | 随机生存森林模型;训练集80%生物标志物可评估患者,测试集20%;Harrell一致性指数评估性能;Shapley加法解释评估标志物预测价值 阅读提示:Methods中Statistics and reproducibility小节及Supplementary Fig. 5 |