患者样本采集与处理
获取治疗前后肿瘤组织和外周血样本以评估免疫变化
从LOKON002临床试验患者中采集基线(第1周)和第13周肿瘤活检,以及多个时间点外周血样本。
Immunostimulatory gene therapy with chemotherapy remodels pancreatic tumors and induces immune signatures associated with prolonged survival
基于临床试验患者样本的转录组和蛋白质组分析,含治疗前后配对肿瘤活检和外周血免疫表型分析,但无体外功能验证或动物模型实验。
胰腺癌患者肿瘤活检样本 结直肠癌、胆道癌和卵巢癌患者肿瘤活检样本 患者外周血PBMC 患者血浆样本
肿瘤活检mRNA于基线(第1周)和第13周采集,使用nCounter PanCancer Immune Profiling Panel分析 PBMC于基线(第1周,n=39)、第7周(n=39)、第13周(n=29)和第17周(n=21)进行流式细胞术分析 血浆样本于基线(第1周,n=39)、第7周(n=39)、第13周(n=27)和第17周(n=21)使用Olink Target 96 Immuno-oncology和Oncology II panel分析 患者接受最多八次双周瘤内LOAd703注射,联合吉西他滨为基础的化疗方案 疗效评估依据RECIST V.1.1标准,生存分析基于中位总生存期分层
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取治疗前后肿瘤组织和外周血样本以评估免疫变化
从LOKON002临床试验患者中采集基线(第1周)和第13周肿瘤活检,以及多个时间点外周血样本。
评估LOAd703联合化疗对肿瘤免疫微环境的影响
使用nCounter PanCancer Immune Profiling Panel对配对肿瘤活检进行mRNA表达分析,计算第13周相对于基线的倍数变化。
评估治疗对全身免疫细胞组成和表型的影响
使用流式细胞术分析PBMC中单核细胞、NK细胞、T细胞亚群及记忆表型,并进行聚类分析。
评估治疗对全身循环蛋白的影响并寻找与生存相关的生物标志物
使用Olink Target 96 Immuno-oncology和Oncology II panel分析血浆蛋白表达变化。
探索免疫和肿瘤标志物变化与临床反应及生存期的关联
根据RECIST V.1.1评估肿瘤反应,按中位OS分层,分析基因/蛋白表达与生存和反应的关联。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | RNeasy Mini试剂盒 | QIAGEN | -- |
| QIAshredder离心柱 | QIAGEN | -- | |
| 基因表达分析 | nCounter PanCancer免疫分析面板 | NanoString Technologies | -- |
| 流式细胞术 | BD FACSCanto 2流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 7-AAD活力染料 | BD Biosciences | RRID:AB_2869266 | |
| 抗CD11b抗体 | BD Biosciences | RRID:AB_2868644 | |
| 抗CD127抗体 | BD Biosciences | RRID:AB_2033938 | |
| 抗CD14抗体 | BD Biosciences | RRID:AB_1645464 | |
| 抗CD16抗体 | BD Biosciences | RRID:AB_2868628 | |
| 抗CD163抗体 | BD Biosciences | RRID:AB_396296 | |
| 抗CD197/CCR7抗体 | BD Biosciences | RRID:AB_10561679 | |
| 抗CD25抗体 | BD Biosciences | RRID:AB_2783790 | |
| 抗CD3抗体 | BD Biosciences | RRID:AB_2783791 | |
| 抗CD4抗体 | BD Biosciences | RRID:AB_1645732 | |
| 抗CD4抗体 | BD Biosciences | RRID:AB_396897 | |
| 抗CD45抗体 | BD Biosciences | RRID:AB_2732010 | |
| 抗CD45RA抗体 | BD Biosciences | RRID:AB_1727497 | |
| 抗CD56抗体 | BD Biosciences | RRID:AB_2868831 | |
| 抗CD8抗体 | BD Biosciences | RRID:AB_2868803 | |
| 抗PD-1(CD279)抗体 | BD Biosciences | RRID:AB_2033989 | |
| 抗ICOS(CD278)抗体 | BD Biosciences | RRID:AB_396878 | |
| 血浆蛋白质组学 | Olink Target 96免疫肿瘤学面板 | Olink Proteomics | -- |
| Olink Target 96肿瘤学II面板 | Olink Proteomics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 肿瘤活检基因表达分析 | 活检采集时间点(基线第1周和第13周)、样本量(n=20)、RNA提取试剂盒、nCounter panel及RUV-4归一化方法 阅读提示:参见Methods中Gene expression analysis小节及Figure 1图注 |
| PBMC流式细胞术分析 | 样本采集时间点(第1、7、13、17周)及各时间点样本量、抗体克隆号(RRID)、流式细胞仪型号及分析软件 阅读提示:参见Methods中Flow cytometry analysis小节及Figure 2图注 |
| 血浆蛋白质组学分析 | 样本采集时间点及样本量、Olink panel类型、数据归一化方法(log2 NPX) 阅读提示:参见Methods中Proteomics小节及Figure 3、4图注 |
| 临床疗效评估与生存分析 | RECIST V.1.1评估标准、中位OS分层阈值(总体7.5个月,胰腺癌10.8个月)、统计方法(Kaplan-Meier、Cox回归) 阅读提示:参见Methods中Study design和Statistical analysis小节及Figure 6、7图注 |