超级泛基因组分析揭示野生和栽培番茄物种间的基因组多样性与结构变异

有效利用野生近缘种是克服栽培番茄因遗传基础狭窄而面临的遗传改良挑战的关键，然而目前对番茄野生种高质量基因组的解析仍显不足。本研究报道了来自番茄分支——茄属番茄组九个野生种和两个栽培材料的染色体级别基因组序列。结合先前发布的两个基因组，我们阐明了番茄组的系统发育关系，并构建了该组全范围的基因目录。我们揭示了结构变异的全景图，为探索番茄野生近缘种的基因组多样性提供了入口，从而发现了一个具有提升现代栽培番茄产量潜力的野生番茄基因。通过构建基于图的基因组，实现了基于结构变异全基因组关联分析，鉴定出大量与番茄风味相关性状及果实代谢物关联的信号位点。该番茄超级泛基因组资源将加速这一全球重要作物的生物学研究与育种进程。