病例招募与临床评估
确认不明原因儿童肝炎病例,收集临床样本。
招募32名符合定义儿童,收集血浆、肝活检等样本,进行常规病毒学和生化检测。
Adeno-associated virus 2 infection in children with non-A-E hepatitis
包括队列病例对照研究、病毒检测(测序、PCR、血清学)、组织病理学(ISH、CODEX)及HLA分型的多层级验证。
患儿队列(ISARIC CCP-UK) 对照组儿童(DIAMONDS队列及苏格兰医院对照) 肝活检组织样本
病例纳入标准:ALT>400 IU/L且排除甲-戊型肝炎等 AAV2检测:血浆和肝活检样本RT-qPCR HLA分型:HLA-DRB1*04:01等位基因频率比较 对照组选择:年龄匹配健康儿童、HAdV阳性儿童、其他肝炎儿童、同时期儿童
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认不明原因儿童肝炎病例,收集临床样本。
招募32名符合定义儿童,收集血浆、肝活检等样本,进行常规病毒学和生化检测。
通过测序和PCR检测病原体。
对样本进行宏基因组和靶向富集测序,RT-qPCR检测AAV2、HAdV等。
分析AAV2和HAdV序列特征。
组装快全基因组序列,构建系统发育树,分析变异。
比较病例与对照的病毒载量和血清学。
RT-qPCR检测血浆和肝活检中AAV2,ELISA检测IgM/IgG。
定位病毒和免疫细胞浸润。
ISH检测AAV2 RNA,CODEX分析免疫细胞标记物。
鉴定相关HLA等位基因。
高分辨率HLA分型和全基因组芯片分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | Biomerieux Easymag | Biomerieux | -- |
| RT-qPCR | AAV2 ITR探针 | Merck Life Sciences | -- |
| LUNA通用一步法RT PCR试剂盒 | New England Biolabs | E3005 | |
| ABI7500 Fast实时PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| ddPCR | QX200微滴数字PCR系统 | Bio-Rad | 1864001 |
| 用于探针的数字微滴PCR预混液(不含dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | |
| qPCR | Invitrogen铂金qPCR预混液 | Invitrogen | 11730-025 |
| Quanta Biosciences qPCR预混液 | Quanta Biosciences | 733-1273 | |
| 血清学检测 | MSD V-PLEX COVID-19冠状病毒面板2 | Meso Scale Discovery | K15369 |
| 呼吸道面板1 | Meso Scale Discovery | K15365 | |
| 测序 | NextSeq500 | Illumina | -- |
| VirCapSeq-VERT捕获面板 | Roche | -- | |
| RNA-seq | Ribo-Zero Plus rRNA去除试剂盒 | Illumina | -- |
| SuperScript III | Invitrogen | -- | |
| NEBNext Ultra II非定向RNA第二链合成模块 | New England Biolabs | -- | |
| DNA-seq | NEBNext微生物组DNA富集试剂盒 | New England Biolabs | -- |
| 文库制备 | KAPA LTP试剂盒 | Roche | -- |
| ELISA | AAV2颗粒(pAAV-CAG-tdTomato) | Addgene | 59462-AAV2 |
| Immulon 2HB 96孔平底板 | Immuno-Chemistry Technologies | -- | |
| 抗AAV2 (A20) | Progen | -- | |
| 抗人IgM | Merck | A9794 | |
| 抗人IgG | Merck | A1543 | |
| 山羊抗小鼠IgG | Merck | A2429 | |
| 碱性磷酸酶黄色底物 | Merck | P7998 | |
| 组织化学 | 网状纤维染色试剂盒 | -- | 1936 |
| 马森三色染色试剂盒 | -- | 1929 | |
| ISH | AAV2探针 | Advanced Cell Diagnostics | 1195791 |
| HHV6探针 | Advanced Cell Diagnostics | 144565 | |
| 腺病毒41探针 | Advanced Cell Diagnostics | 1192351 | |
| 泛素探针 | Advanced Cell Diagnostics | 310041 | |
| DapB探针 | Advanced Cell Diagnostics | 310043 | |
| 封片 | Vectamount封片剂 | Vector Laboratories | H-500 |
| 扫描 | Aperio Versa 8 | Leica | -- |
| CODEX | 盖玻片 | Akoya Biosciences | 7000005 |
| 多聚赖氨酸 | Sigma-Aldrich | P8920 | |
| CODEX染色试剂盒 | Akoya Biosciences | 7000008 | |
| 抗体偶联试剂盒 | Akoya Biosciences | 7000009 | |
| PBS | Gibco | 14190-094 | |
| 甲醇 | Fisher Scientific | M/4000/PC17 | |
| 96孔板 | Akoya Biosciences | 7000006 | |
| 铝箔封板膜 | Akoya Biosciences | 7000007 | |
| Pierce抗体纯化试剂盒 | ThermoFisher | 44600 | |
| 显微镜 | Keyence BZ-X710显微镜 | Keyence | -- |
| HLA分型 | AllType FASTplex NGS检测 | One Lambda | -- |
| Illumina Mi-Seq平台 | Illumina | -- | |
| 基因分型 | Illumina全球筛选阵列v.3.0+多疾病芯片 | Illumina | GSAMD-24v3-0-EA |
| Illumina iScan平台 | Illumina | -- | |
| 数据分析 | QuPath | -- | -- |
| GraphPad Prism | GraphPad Software | -- | |
| R | R Foundation | -- | |
| RStudio | RStudio | -- | |
| GenomeStudio分析软件 | Illumina | -- | |
| 数据处理 | Microsoft Office Excel | Microsoft | -- |
| Microsoft Office PowerPoint | Microsoft | -- | |
| Adobe Illustrator | Adobe | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 病例纳入 | ALT>400 IU/L,排除其他肝炎病因 阅读提示:Methods: ISARIC CCP-UK recruitment |
| AAV2检测 | 血浆样本量,RT-qPCR阈值31周期 阅读提示:Methods: Viral PCR |
| 对照组选择 | 对照组年龄、HAdV状态、转氨酶水平 阅读提示:Methods: ISARIC CCP-UK recruitment, 组1-4定义 |
| HLA分型 | HLA-DRB1*04:01频率,样本数 阅读提示:Methods: Host genetics and HLA typing |