表达显微切割用于分析单细胞类型中的miRNA

细胞特异性microRNA（miRNA）表达估计对于表征组织中miRNA信号传导的定位非常重要。这些数据大多来自培养细胞，而这一过程已知会显著改变miRNA表达水平。因此，我们对体内细胞miRNA表达估计的了解很少。我们之前展示了表达显微切割-miRNA测序（xMD-miRNA-seq）直接从福尔马林固定组织中获取体内估计，尽管产量有限。在这里，我们优化了xMD过程的每一步，包括组织获取、组织转移、膜制备和RNA分离，以提高RNA产量，并最终通过qPCR阵列显示体内miRNA表达的强富集。这些方法改进，包括开发一种非交联的乙烯-乙酸乙烯酯（EVA）膜，使miRNA产量增加了23-45倍，具体取决于细胞类型。通过qPCR，miR-200a在xMD衍生的小肠上皮细胞中增加了14倍，同时相对于匹配的非解剖十二指肠组织，miR-143减少了336倍。xMD现在是一种优化的方法，可从细胞中获得可靠的体内miRNA表达估计。xMD将使外科病理档案中的存档福尔马林固定组织能够发现治疗诊断的生物标志物。