验证MUC1-C对MICA/B表达的影响
确定MUC1-C是否调控NKG2D配体MICA/B的表达。
通过shRNA沉默或GO-203抑制MUC1-C,检测MICA/B mRNA和蛋白表达,以及细胞表面表达。
MUC1-C is a master regulator of MICA/B NKG2D ligand and exosome secretion in human cancer cells
包含体外细胞实验、遗传和药理靶向、ChIP、ELISA、外泌体分离与表征、NK杀伤实验等多个独立证据层级,并包含功能验证和机制验证。
RKO和COLO 201结直肠癌细胞系 BT-549三阴性乳腺癌细胞系 H1975非小细胞肺癌细胞系 DU-145前列腺癌细胞系
MUC1-C沉默或抑制后MICA/B表达变化(qRT-PCR、免疫印迹、流式细胞术) MUC1-C→NF-κB通路对EZH2和DNMT的调控(ChIP、qRT-PCR) MUC1-C与ERp5相互作用影响MICA/B脱落(免疫共沉淀、ELISA) MUC1-C与RAB27A相互作用影响外泌体分泌(免疫共沉淀、外泌体分析) NK细胞杀伤实验(不同效靶比、抗NKG2D抗体阻断)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定MUC1-C是否调控NKG2D配体MICA/B的表达。
通过shRNA沉默或GO-203抑制MUC1-C,检测MICA/B mRNA和蛋白表达,以及细胞表面表达。
探讨MUC1-C是否通过表观遗传修饰抑制MICA/B启动子。
ChIP检测EZH2结合和H3K27me3水平,检测DNMT表达,并使用EZH2抑制剂GSK343和DNMT抑制剂地西他滨处理。
确定MUC1-C是否调控MICA/B的蛋白水解脱落。
使用ELISA检测培养上清中可溶性MICA/B水平,免疫共沉淀检测MUC1-C与ERp5的相互作用。
确定MUC1-C是否调控外泌体分泌,特别是MICA/B阳性外泌体的分泌。
通过TEM和DLS表征外泌体,免疫印迹检测外泌体标志物(CD9、CD63、CD81)和MICA/B,免疫共沉淀检测MUC1-C与RAB27A相互作用。
确定靶向MUC1-C是否能增强NK细胞对肿瘤细胞的杀伤。
将GO-203处理或MUC1-C沉默的肿瘤细胞与NK细胞共培养,检测杀伤率,并使用抗NKG2D抗体验证特异性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RKO细胞 | ATCC | -- |
| HCT116细胞 | ATCC | -- | |
| BT-549细胞 | ATCC | -- | |
| COLO 201细胞 | ATCC | -- | |
| H1975细胞 | ATCC | -- | |
| DU145细胞 | ATCC | -- | |
| EMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| McCoy's改良培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RPMI1640培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 胎牛血清 | GEMINI Bio-Products | -- | |
| MycoAlert支原体检测试剂盒 | Lonza | -- | |
| NK细胞分离 | 去除CD3的外周血单个核细胞 | Stem Cell Kit | -- |
| NK细胞培养 | 淋巴细胞分离液 | Stem Cell Kit | -- |
| SCGM培养基 | -- | -- | |
| 白细胞介素-2 | -- | -- | |
| 谷氨酰胺补充剂 | -- | -- | |
| 流式细胞术 | 抗CD56-APC抗体 | Miltenyi Biotec | #130-113-872 |
| 抗CD3-FITC抗体 | Miltenyi Biotec | #130-098-162 | |
| 基因沉默 | MUC1短发夹RNA | Sigma | TRCN0000122938 |
| MUC1短发夹RNA#2 | Sigma | TRCN0000430218 | |
| NF-κB短发夹RNA | Sigma | TRCN0000014687 | |
| 基因过表达 | pLKO-tet-puro载体 | Addgene | #21915 |
| pIRESpuro2载体 | -- | -- | |
| 药物处理 | 多西环素 | Millipore Sigma | -- |
| RNA-seq | RNeasy Plus微型试剂盒 | Qiagen | -- |
| TruSeq链特异性mRNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- | |
| qRT-PCR | Trizol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| High Capacity cDNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | -- | |
| Power SYBR Green PCR预混液 | Applied Biosystems | -- | |
| CFX96实时荧光定量PCR仪 | BIO-RAD | -- | |
| 免疫印迹 | 抗MUC1-C抗体 | Thermo Fisher Scientific | HM-1630-P1ABX |
| 抗MICA抗体 | Abcam | ab150355 | |
| 抗MICB抗体 | Cell Signaling Technology | 77296S | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | A5441 | |
| 抗CD9抗体 | Cell Signaling Technology | 13174S | |
| 抗CD63抗体 | Abcam | ab59479 | |
| 抗CD81抗体 | Cell Signaling Technology | 56039S | |
| 抗ERp5抗体 | Proteintech | 18323-1-AP | |
| 抗RAB27A抗体 | Cell Signaling Technology | 69295S | |
| 流式细胞术 | Alexa Fluor 488偶联的抗MICA抗体 | R&D Systems | FAB1300G |
| Alexa Fluor 488偶联的抗MICB抗体 | R&D Systems | FAB1599G | |
| IgG2B同型对照抗体 | R&D Systems | IC0041G | |
| 抗HLA-E抗体 | BioLegend | 342603 | |
| 抗HLA-ABC抗体 | BD Biosciences | 555552 | |
| IgG1同型对照抗体 | BD Biosciences | 555748 | |
| eBioscience 7-AAD活力染色液 | Invitrogen | 00-6993-50 | |
| MACSQuant Analyzer 10流式细胞仪 | Miltenyi Biotec | -- | |
| FlowJo V.10.6.2软件 | BD Biosciences | -- | |
| ChIP | Covaris E220超声破碎仪 | Covaris | -- |
| 抗EZH2抗体 | Cell Signaling Technology | #5246S | |
| 抗H3K27me3抗体 | Cell Signaling Technology | #9733S | |
| CFX384实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫细胞化学 | 抗MICA抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-35346 |
| 抗MICB抗体 | Novus Biologicals | NBP2-56506 | |
| Alexa Fluor 488标记的山羊抗兔IgG H和L | Abcam | -- | |
| Invitrogen ProLong Gold抗淬灭封片剂(含DAPI) | Invitrogen | -- | |
| Leica THUNDER三维细胞培养显微镜 | Leica | -- | |
| 肿瘤球培养 | 6孔超低吸附培养板 | Corning Life Sciences | -- |
| DMEM/F12 50/50培养基 | Corning Life Sciences | -- | |
| 表皮生长因子 | Millipore Sigma | -- | |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | Millipore Sigma | -- | |
| B27补充剂 | Gibco | -- | |
| ELISA | 人MICA DuoSet ELISA试剂盒 | R&D Systems | DY1300 |
| 人MICB DuoSet ELISA试剂盒 | R&D Systems | DY1599 | |
| 外泌体分离 | 总外泌体分离试剂 | Thermo Fisher Scientific | 4478359 |
| 外泌体表征 | JEOL 1400透射电子显微镜 | JEOL | -- |
| Gatan Orius SC1000数字CCD相机 | Gatan | -- | |
| DynaPro Plate Reader III动态光散射仪 | Wyatt Technology | -- | |
| 药物处理 | GO-203抑制剂 | -- | -- |
| GSK343抑制剂 | -- | -- | |
| 地西他滨 | -- | -- | |
| NK杀伤实验 | 抗NKG2D抗体 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Cell Titer Glow试剂 | Promega | G9241 | |
| BioTek Synergy 2酶标仪 | BioTek | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养基、FBS浓度、抗生素使用(如青霉素/链霉素)、胰岛素(BT-549) 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 基因沉默和过表达 | shRNA序列、DOX浓度(500 ng/mL)、处理时间(7天)、筛选浓度(嘌呤霉素1-2 µg/mL) 阅读提示:Methods: Gene silencing and overexpression |
| RNA-seq | RNA提取方法和测序平台、比对和差异表达分析参数 阅读提示:Methods: RNA-seq |
| qRT-PCR | 引物序列、PCR条件 阅读提示:Methods: qRT-PCR; 补充表S1 |
| 免疫印迹 | 抗体稀释比例、裂解液制备 阅读提示:Methods: Immunoblot analysis |
| 流式细胞术 | 抗体克隆、稀释度、孵育时间(30分钟)、7-AAD染色、仪器设置 阅读提示:Methods: Flow cytometry |
| ChIP | 交联时间(5分钟)、超声条件(Covaris)、抗体(EZH2、H3K27me3)、qPCR引物 阅读提示:Methods: Chromatin immunoprecipitation (ChIP) studies; 补充表S2 |
| 药物处理 | GO-203浓度(5 μM)和处理时间(3天);GSK343浓度(5 μM)和处理时间(6天);DEC浓度(5 μM)和处理时间(5天) 阅读提示:Results: 对应段落;Methods: 药物处理未单列,但在结果和图表中描述 |
| ELISA | 试剂盒型号、上清收集时间(3天) 阅读提示:Methods: Detection of soluble MICA/B by ELISA |
| 外泌体分离和表征 | 外泌体分离试剂、上清体积(18 mL)、培养基(含去外泌体FBS)、培养时间(3天)、TEM和DLS参数 阅读提示:Methods: Isolation and characterization of exosomes |
| NK杀伤实验 | NK细胞来源和扩增条件、效靶比、共培养时间(24小时)、检测方法(Cell Titer Glow)、复孔数(6个) 阅读提示:Methods: NK cell killing assays |
| 肿瘤球培养 | 细胞数量(3000)、培养板(超低吸附6孔板)、培养基和因子浓度 阅读提示:Methods: Tumorsphere culture |