足细胞组蛋白去乙酰化酶1和2调控细胞周期与衰老

Cell Cycle and Senescence Regulation by Podocyte Histone Deacetylase 1 and 2

作者信息Paulina X Medina Rangel, Elizabeth Cross, Chang Liu, Christopher E Pedigo, Xuefei Tian, Elena Gutiérrez-Calabrés, Soichiro Nagata, Anupama Priyadarshini, Gabriel Lerner, Patricia Bunda, Sudhir Perincheri, Jianlei Gu, Hongyu Zhao, Ying Wang, Kazunori Inoue, Shuta Ishibe
PMID36414418
发布时间2023-03-01
DOI10.1681/ASN.2022050598

实验完整度

包含足细胞特异性Hdac1/2敲除小鼠模型、体外原代足细胞培养、RNA-seq转录组分析、SASP因子检测及功能抑制实验,并有多层验证(如SA-β-gal、γH2AX、FUCCI细胞周期报告)支撑机制结论。

主要模型

足细胞特异性Hdac1/2双敲除小鼠(Nphs2-Cre; Hdac1fl/fl; Hdac2fl/fl) 原代足细胞(来自DKO和对照小鼠) FUCCI2aR细胞周期报告小鼠 人类FSGS肾活检样本

重点核对

Hdac1/2双敲除的足细胞特异性(通过WT-1共标和Western blot确认) DNA双链断裂标志物γH2AX及DDR通路(p-ATM, p53)的表达 细胞周期进入(Ki67, cyclin D, FUCCI)和G1期阻滞(p21) SASP因子(MMP2/9, GDF15等)的表达和分泌 足细胞脱落(尿中WT-1阳性细胞)和podocytopenia的量化

摘要

意义声明:肾小球滤过屏障完整性的丧失导致蛋白尿,这通常归因于足细胞丢失。然而,受损的足细胞如何丢失仍然未知。小鼠足细胞相关Hdac1和Hdac2(Hdac1/2)的种系缺失导致蛋白尿和塌陷性肾小球病,这是由于持续的双链DNA损伤。Hdac1/2缺失诱导足细胞静止期丧失、细胞周期进入、G1期阻滞和足细胞衰老,在体内和体外均可观察到。通过衰老相关分泌表型,足细胞分泌导致其脱离的蛋白质。这些结果巩固了HDACs在细胞周期调控和衰老中的作用,为我们理解足细胞损伤后如何丢失提供了重要线索。背景:发育过程中足细胞组蛋白去乙酰化酶(HDAC)的完整表达对于维持正常的肾小球滤过屏障至关重要,因为它调节DNA损伤并防止过早衰老。方法:生成种系足细胞特异性Hdac1和2(Hdac1/2)双敲除小鼠,以检查这些酶在发育过程中的重要性。结果:小鼠足细胞特异性Hdac1/2缺失导致严重蛋白尿、肾功能衰竭和塌陷性肾小球病。缺乏Hdac1/2的足细胞表现出典型的衰老特征,如衰老相关β-半乳糖苷酶活性和脂褐素聚集体。此外,DNA损伤(可能是由表观遗传改变如开放染色质构象引起)不仅导致足细胞进入细胞周期(如体内Ki67表达和FUCCI-2aR小鼠所示),而且还导致p21介导的细胞周期阻滞。通过衰老分泌相关表型,受损的足细胞分泌促炎细胞因子、生长因子和基质金属蛋白酶,导致随后的足细胞脱离和丢失,尿液中的衰老足细胞证实了这一点。结论:Hdac1/2在发育过程中起重要作用。双敲除小鼠中这些基因的缺失导致持续的DNA损伤和足细胞衰老及丢失。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
足细胞特异性Hdac1/2缺失如何导致蛋白尿和足细胞丢失?
核心机制
Hdac1/2缺失导致DNA双链断裂(可能由开放染色质引起),激活ATM-p53-p21通路,使足细胞进入细胞周期并阻滞于G1期,诱发衰老;衰老足细胞通过SASP分泌MMP等因子,促进自身脱离和丢失。
主要证据
Hdac1/2 DKO小鼠出现蛋白尿和塌陷性肾小球病;足细胞呈现SA-β-gal阳性、脂褐素积聚、p21上调、γH2AX阳性;FUCCI显示G1期阻滞;RNA-seq和qPCR显示SASP基因上调、MMP2/9活性增强;尿液中检测到衰老足细胞。
研究意义
揭示HDACs在维持足细胞静止和防止衰老中的关键作用,为理解足细胞损伤后丢失机制提供新视角,可能为肾脏疾病提供治疗靶点。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

构建足细胞特异性Hdac1/2双敲除小鼠模型

研究Hdac1/2在足细胞发育和功能维持中的作用

将Hdac1fl/fl和Hdac2fl/fl小鼠与Nphs2-Cre; Rosa-DTRfl/fl小鼠杂交,生成DKO小鼠和对照,并通过基因分型和Western blot确认敲除效率。

2

评估肾脏表型和组织学变化

确定Hdac1/2缺失对肾功能和形态的影响

检测尿白蛋白/肌酐比、血浆肌酐;进行H&E、PAS、Masson三色、Jones银染和组织病理评分;TEM观察足细胞足突和基底膜。

3

检测足细胞衰老标志物

验证足细胞是否发生衰老

通过SBB染色检测脂褐素,SA-β-gal染色检测衰老相关β-半乳糖苷酶活性,并检测p21和p16表达。

4

评估DNA损伤和DNA损伤反应

探究Hdac1/2缺失是否导致DNA损伤及激活DDR通路

通过免疫荧光检测γH2AX、p-ATM、p53、cyclin D;中性彗星实验检测DNA双链断裂。

5

分析细胞周期重进入和G1期阻滞

确定足细胞是否进入细胞周期并停滞在G1期

通过Ki67染色检测增殖,利用FUCCI2aR报告小鼠分析细胞周期阶段,并检测p21与G1期共定位。

6

评估SASP因子表达和分泌

验证衰老足细胞是否具有SASP表型

对肾小球进行RNA-seq分析,鉴定DEGs和富集通路;qPCR验证SASP基因表达;明胶酶谱检测MMP2/9活性。

7

评估足细胞脱落和podocytopenia

确定衰老是否导致足细胞数量减少和脱落

通过晶紫染色计数细胞,MMP2/9抑制剂处理;足细胞密度定量;尿液检测WT-1阳性细胞和SBB阳性细胞;TUNEL检测排除凋亡。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
小鼠抗WT-1抗体Novus BiologicalsNB11-60011
兔抗WT-1抗体Abcamab89901
小鼠抗HDAC1抗体Cell Signaling Technology5356S
兔抗HDAC2抗体Abcamab16032
豚鼠抗nephrin抗体ProgenGP-N2
兔抗p21抗体Abcamab188224
小鼠抗磷酸化ATM抗体Millipore Sigma05–740
小鼠抗p53抗体Cell Signaling Technology2524S
小鼠抗细胞周期蛋白D3抗体Cell Signaling Technology2936S
小鼠抗S319磷酸化组蛋白H2AX(γH2AX)抗体Millipore Sigma05-636
大鼠抗mCherry抗体InvitrogenM11217
山羊抗mVenus抗体MyBioSourceMBS448126
小鼠抗p16抗体Abcamab189034
小鼠抗Ki67抗体Cell Signaling Technology8D5
兔抗GAPDH抗体Cell Signaling Technology2118S
Alexa Fluor 488山羊抗小鼠IgG抗体InvitrogenA11029
Alexa Fluor 488山羊抗兔IgG抗体InvitrogenA11034
Alexa Fluor 488驴抗山羊IgG抗体InvitrogenA11055
Alexa Fluor 594山羊抗兔IgG抗体InvitrogenA21207
Alexa Fluor 594山羊抗小鼠抗体InvitrogenA11032
Alexa Fluor 594山羊抗豚鼠抗体InvitrogenA11076
Alexa Fluor 594山羊抗大鼠抗体InvitrogenA11007
Alexa Fluor 647山羊抗兔抗体InvitrogenA21245
Alexa Fluor 647山羊抗兔抗体InvitrogenA21235
I型胶原蛋白Corning354231
RPMI 1640培养基Gibco11875093
胎牛血清Gibco10082147
青霉素/链霉素Gibco15140163
HEPESGibco15630080
白喉毒素Sigma-AldrichD0564
胰蛋白酶-EDTA(0.05%)Gibco25300054
白蛋白ELISA定量试剂盒Bethyl Laboratories Inc--
肌酐ELISA定量试剂盒Bioassay Systems--
蛋白酶抑制剂混合物Roche11697498001
Pierce BCA蛋白定量试剂盒Thermo Fisher23225
增强化学发光试剂Bio-Rad--
苏丹黑BSigma-Aldrich199664
SA-β-gal染色试剂盒Cell Signaling Technology9860
RNeasy试剂盒Qiagen--
高容量cDNA反转录试剂盒Applied Biosystems4368814
Power SYBR Green PCR预混液Applied Biosystems--
7300实时PCR仪Applied Biosystems--
MMP2/9抑制剂Abcamab145190
Laemmli样品缓冲液(4X)Bio-Rad1610747
GraphPad Prism 9软件GraphPad--
STAR----
featureCounts----
DESeq2----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
动物模型
Hdac1fl/fl; Hdac2fl/fl; Nphs2-Cre; Rosa-DTRfl/fl(DKO)和对照(Hdac1fl/fl; Hdac2+/fl; Nphs2-Cre; Rosa-DTRfl/fl)的遗传背景和繁殖方案;基因分型方法
阅读提示:Methods: Generation of Mice; Supplemental Figures 1-4
原代足细胞培养
肾小球分离方法、胶原包被、培养基成分(RPMI 1640, 10% FBS, 抗生素等),白喉毒素浓度(0.1 μg/ml),培养条件(5% CO2, 37°C)
阅读提示:Methods: Cell Culture
衰老检测
SA-β-gal染色试剂盒(Cell Signaling Technology, #9860),SBB染色浓度(0.7%),组织固定和切片处理
阅读提示:Methods: SA-β-Galactosidase Activity Staining; Lipofuscin Staining
DNA损伤检测
γH2AX抗体(Millipore Sigma 05-636),中性彗星实验条件(未给出具体参数),免疫荧光染色条件
阅读提示:Methods: Comet Assay in Neutral Conditions; Immunofluorescence
细胞周期分析
FUCCI2aR小鼠的使用,mCherry和mVenus荧光检测,Ki67抗体(Cell Signaling Technology #8D5)
阅读提示:Methods: Generation of Mice; Results: Deletion of Hdac1/2 in Podocytes Causes Loss of Quiescence...; Figure 5
SASP分析
RNA-seq流程(包括测序平台、比对、差异分析阈值),qPCR引物和条件,明胶酶谱条件
阅读提示:Methods: Glomerular RNA Isolation and RNAseq Analysis; Quantitative PCR Analysis; Zymography
足细胞脱落检测
尿液采集和固定方法,WT-1和SBB染色,MMP2/9抑制剂处理浓度(5 μM)和时长(3天)
阅读提示:Methods: Urinary Podocytes; Cell Count with Crystal Violet; Results: Podocyte Senescence Results in Podocytopenia