构建足细胞特异性Hdac1/2双敲除小鼠模型
研究Hdac1/2在足细胞发育和功能维持中的作用
将Hdac1fl/fl和Hdac2fl/fl小鼠与Nphs2-Cre; Rosa-DTRfl/fl小鼠杂交,生成DKO小鼠和对照,并通过基因分型和Western blot确认敲除效率。
Cell Cycle and Senescence Regulation by Podocyte Histone Deacetylase 1 and 2
包含足细胞特异性Hdac1/2敲除小鼠模型、体外原代足细胞培养、RNA-seq转录组分析、SASP因子检测及功能抑制实验,并有多层验证(如SA-β-gal、γH2AX、FUCCI细胞周期报告)支撑机制结论。
足细胞特异性Hdac1/2双敲除小鼠(Nphs2-Cre; Hdac1fl/fl; Hdac2fl/fl) 原代足细胞(来自DKO和对照小鼠) FUCCI2aR细胞周期报告小鼠 人类FSGS肾活检样本
Hdac1/2双敲除的足细胞特异性(通过WT-1共标和Western blot确认) DNA双链断裂标志物γH2AX及DDR通路(p-ATM, p53)的表达 细胞周期进入(Ki67, cyclin D, FUCCI)和G1期阻滞(p21) SASP因子(MMP2/9, GDF15等)的表达和分泌 足细胞脱落(尿中WT-1阳性细胞)和podocytopenia的量化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
研究Hdac1/2在足细胞发育和功能维持中的作用
将Hdac1fl/fl和Hdac2fl/fl小鼠与Nphs2-Cre; Rosa-DTRfl/fl小鼠杂交,生成DKO小鼠和对照,并通过基因分型和Western blot确认敲除效率。
确定Hdac1/2缺失对肾功能和形态的影响
检测尿白蛋白/肌酐比、血浆肌酐;进行H&E、PAS、Masson三色、Jones银染和组织病理评分;TEM观察足细胞足突和基底膜。
验证足细胞是否发生衰老
通过SBB染色检测脂褐素,SA-β-gal染色检测衰老相关β-半乳糖苷酶活性,并检测p21和p16表达。
探究Hdac1/2缺失是否导致DNA损伤及激活DDR通路
通过免疫荧光检测γH2AX、p-ATM、p53、cyclin D;中性彗星实验检测DNA双链断裂。
确定足细胞是否进入细胞周期并停滞在G1期
通过Ki67染色检测增殖,利用FUCCI2aR报告小鼠分析细胞周期阶段,并检测p21与G1期共定位。
验证衰老足细胞是否具有SASP表型
对肾小球进行RNA-seq分析,鉴定DEGs和富集通路;qPCR验证SASP基因表达;明胶酶谱检测MMP2/9活性。
确定衰老是否导致足细胞数量减少和脱落
通过晶紫染色计数细胞,MMP2/9抑制剂处理;足细胞密度定量;尿液检测WT-1阳性细胞和SBB阳性细胞;TUNEL检测排除凋亡。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 抗体 | 小鼠抗WT-1抗体 | Novus Biologicals | NB11-60011 |
| 兔抗WT-1抗体 | Abcam | ab89901 | |
| 小鼠抗HDAC1抗体 | Cell Signaling Technology | 5356S | |
| 兔抗HDAC2抗体 | Abcam | ab16032 | |
| 豚鼠抗nephrin抗体 | Progen | GP-N2 | |
| 兔抗p21抗体 | Abcam | ab188224 | |
| 小鼠抗磷酸化ATM抗体 | Millipore Sigma | 05–740 | |
| 小鼠抗p53抗体 | Cell Signaling Technology | 2524S | |
| 小鼠抗细胞周期蛋白D3抗体 | Cell Signaling Technology | 2936S | |
| 小鼠抗S319磷酸化组蛋白H2AX(γH2AX)抗体 | Millipore Sigma | 05-636 | |
| 大鼠抗mCherry抗体 | Invitrogen | M11217 | |
| 山羊抗mVenus抗体 | MyBioSource | MBS448126 | |
| 小鼠抗p16抗体 | Abcam | ab189034 | |
| 小鼠抗Ki67抗体 | Cell Signaling Technology | 8D5 | |
| 兔抗GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 2118S | |
| Alexa Fluor 488山羊抗小鼠IgG抗体 | Invitrogen | A11029 | |
| Alexa Fluor 488山羊抗兔IgG抗体 | Invitrogen | A11034 | |
| Alexa Fluor 488驴抗山羊IgG抗体 | Invitrogen | A11055 | |
| Alexa Fluor 594山羊抗兔IgG抗体 | Invitrogen | A21207 | |
| Alexa Fluor 594山羊抗小鼠抗体 | Invitrogen | A11032 | |
| Alexa Fluor 594山羊抗豚鼠抗体 | Invitrogen | A11076 | |
| Alexa Fluor 594山羊抗大鼠抗体 | Invitrogen | A11007 | |
| Alexa Fluor 647山羊抗兔抗体 | Invitrogen | A21245 | |
| Alexa Fluor 647山羊抗兔抗体 | Invitrogen | A21235 | |
| 细胞培养 | I型胶原蛋白 | Corning | 354231 |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | 11875093 | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10082147 | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15140163 | |
| HEPES | Gibco | 15630080 | |
| 白喉毒素 | Sigma-Aldrich | D0564 | |
| 胰蛋白酶-EDTA(0.05%) | Gibco | 25300054 | |
| 生化检测 | 白蛋白ELISA定量试剂盒 | Bethyl Laboratories Inc | -- |
| 肌酐ELISA定量试剂盒 | Bioassay Systems | -- | |
| 免疫印迹 | 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 11697498001 |
| Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher | 23225 | |
| 增强化学发光试剂 | Bio-Rad | -- | |
| 脂褐素染色 | 苏丹黑B | Sigma-Aldrich | 199664 |
| SA-β-gal染色 | SA-β-gal染色试剂盒 | Cell Signaling Technology | 9860 |
| RNA提取 | RNeasy试剂盒 | Qiagen | -- |
| RT-qPCR | 高容量cDNA反转录试剂盒 | Applied Biosystems | 4368814 |
| Power SYBR Green PCR预混液 | Applied Biosystems | -- | |
| 7300实时PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| 细胞计数 | MMP2/9抑制剂 | Abcam | ab145190 |
| 明胶酶谱 | Laemmli样品缓冲液(4X) | Bio-Rad | 1610747 |
| 统计分析 | GraphPad Prism 9软件 | GraphPad | -- |
| RNA-seq分析 | STAR | -- | -- |
| featureCounts | -- | -- | |
| DESeq2 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | Hdac1fl/fl; Hdac2fl/fl; Nphs2-Cre; Rosa-DTRfl/fl(DKO)和对照(Hdac1fl/fl; Hdac2+/fl; Nphs2-Cre; Rosa-DTRfl/fl)的遗传背景和繁殖方案;基因分型方法 阅读提示:Methods: Generation of Mice; Supplemental Figures 1-4 |
| 原代足细胞培养 | 肾小球分离方法、胶原包被、培养基成分(RPMI 1640, 10% FBS, 抗生素等),白喉毒素浓度(0.1 μg/ml),培养条件(5% CO2, 37°C) 阅读提示:Methods: Cell Culture |
| 衰老检测 | SA-β-gal染色试剂盒(Cell Signaling Technology, #9860),SBB染色浓度(0.7%),组织固定和切片处理 阅读提示:Methods: SA-β-Galactosidase Activity Staining; Lipofuscin Staining |
| DNA损伤检测 | γH2AX抗体(Millipore Sigma 05-636),中性彗星实验条件(未给出具体参数),免疫荧光染色条件 阅读提示:Methods: Comet Assay in Neutral Conditions; Immunofluorescence |
| 细胞周期分析 | FUCCI2aR小鼠的使用,mCherry和mVenus荧光检测,Ki67抗体(Cell Signaling Technology #8D5) 阅读提示:Methods: Generation of Mice; Results: Deletion of Hdac1/2 in Podocytes Causes Loss of Quiescence...; Figure 5 |
| SASP分析 | RNA-seq流程(包括测序平台、比对、差异分析阈值),qPCR引物和条件,明胶酶谱条件 阅读提示:Methods: Glomerular RNA Isolation and RNAseq Analysis; Quantitative PCR Analysis; Zymography |
| 足细胞脱落检测 | 尿液采集和固定方法,WT-1和SBB染色,MMP2/9抑制剂处理浓度(5 μM)和时长(3天) 阅读提示:Methods: Urinary Podocytes; Cell Count with Crystal Violet; Results: Podocyte Senescence Results in Podocytopenia |