筛选胆碱能刺激下CAF上调的轴突导向分子
确定胆碱能刺激是否调节CAF中轴突导向分子或神经营养因子的表达。
用乙酰胆碱(ACh)处理人结肠CAF05细胞,通过qRT-PCR检测轴突导向分子和神经营养因子表达。
A self-amplifying nerve-fibroblast circuit drives colorectal cancer progression.
包含体外细胞系、原代CAF、类器官、多种基因工程小鼠模型及患者样本,并有功能验证(敲除/激活、抗体阻断)和机制验证(CUT&RUN、报告基因、信号通路)。
人结肠CAF05原代细胞 小鼠AKP结直肠癌类器官(ApcΔ/Δ;KrasG12D/Δ;Trp53Δ/Δ) AKP类器官直肠原位移植小鼠模型 Cdx2-CreERT2;Apcfl/fl;KrasG12D自发肠癌小鼠模型
AKP类器官直肠原位移植:每只小鼠注射5×10^5个细胞,溶于50 μL含10% Cultrex BME type II的PBS中 C21瘤内注射剂量:0.03 mg/kg,每日一次,从移植后第8天开始 Darifenacin给药:3 mg/kg,通过渗透泵皮下植入,从移植后第8天开始 NTN1中和抗体(NP137):10 mg/kg,腹腔注射,每2天一次 体外ACh处理浓度:100 μM,处理24小时(qRT-PCR)或20分钟(Western blot)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定胆碱能刺激是否调节CAF中轴突导向分子或神经营养因子的表达。
用乙酰胆碱(ACh)处理人结肠CAF05细胞,通过qRT-PCR检测轴突导向分子和神经营养因子表达。
阐明胆碱能刺激上调CAF中NTN1的分子机制。
使用药理学抑制剂(scopolamine、darifenacin、FR900359、verteporfin)、CRISPR敲除CHRM3、Western blot检测LATS/YAP磷酸化、TEAD报告基因、CUT&RUN、NTN1上游序列报告基因和TEAD结合基序缺失实验。
确定胆碱能刺激的CAF条件培养基是否能促进胆碱能神经元轴突生长。
用bethanechol处理的CAF05条件培养基处理Chat-GFP小鼠肠神经,评估神经突生长;使用NTN1中和抗体、CHRM3或NTN1敲除CAF。
确定成纤维细胞Chrm3和Ntn1在CRC进展及胆碱能神经支配中的作用。
在AKP原位移植模型中,使用Lepr-Cre;Chrm3fl/fl小鼠、Lepr-Cre;LSL-hM3Dq小鼠(联合Ntn1fl/fl),通过生存分析、IVIS检测肿瘤生长、免疫荧光检测YAP活化、NTN1表达和VAChT+神经密度。
确定胆碱能信号是否直接作用于肿瘤细胞促进生长。
用ACh或bethanechol处理AKP类器官和HT-29/LS174T细胞,检测细胞生长、YAP报告基因活性、LATS/YAP磷酸化;使用CHRM3敲除或药理学抑制剂。
确定化学遗传学激活胆碱能神经元是否通过肿瘤细胞Chrm3促进肿瘤生长。
将Chrm3-WT或Chrm3-KO AKP类器官移植到Chat-Cre;LSL-hM3Dq小鼠直肠,瘤内注射C21,评估生存、肿瘤生长和YAP活化。
确定CAF来源NTN1对CRC细胞的直接作用及下游信号通路。
用bethanechol处理的CAF条件培养基或重组NTN1处理HT-29和AKP细胞,检测细胞生长、AKT磷酸化、侵袭和EMT标志物;使用UNC5B敲除、NTN1中和抗体、PI3K/AKT抑制剂。
确定成纤维细胞Ntn1和胆碱能神经支配对肿瘤AKT磷酸化和EMT样特征的影响。
在Lepr-Cre;LSL-hM3Dq、Ntn1fl/fl、Lepr-Cre;Chrm3fl/fl、Chat-Cre;LSL-hM3Dq和Chat-Cre;R26-iDTR小鼠模型中,通过免疫荧光检测肿瘤细胞磷酸化AKT、VIM表达和肿瘤出芽。
确定药理学阻断CHRM3或NTN1是否能抑制CRC进展。
在AKP原位模型和Cdx2-CreERT2;Apcfl/fl;KrasG12D模型中,使用darifenacin或NTN1中和抗体治疗,评估生存、肿瘤生长、YAP/AKT活化和EMT标志物。
确定NTN1表达与患者生存、分子亚型及YAP/AKT通路活化的关联。
分析TCGA和整合微阵列数据中NTN1表达与生存的关系,以及NTN1高表达肿瘤的基因集富集和免疫组化相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Advanced Dulbecco改良Eagle培养基/F12 | Life Technologies | -- |
| 胎牛血清 | GeminiBio | 900-108 | |
| GlutaMAX | Life Technologies | -- | |
| 抗真菌/抗生素 | Life Technologies | -- | |
| 类器官培养 | Cultrex BME Type II | R&D Systems | 3532-005-02 |
| B27添加剂 | Life Technologies | -- | |
| N2添加剂 | Life Technologies | -- | |
| 小鼠重组Noggin | Peprotech | 250-38 | |
| 药物处理 | 乙酰胆碱 | Selleck Chemicals | S1805 |
| 氯贝胆碱 | MedChemExpress | HY-B0406A | |
| 达非那新 | MedChemExpress | HY-A0012 | |
| FR900359 | Cayman Chemical | 33666 | |
| 维替泊芬 | MedChemExpress | HY-B0146 | |
| 重组人NTN1 | R&D Systems | 6419-N1-025 | |
| 库潘尼西 | MedChemExpress | HY-15346 | |
| 动物实验 | 化合物21 | MedChemExpress | HY-100234A |
| 白喉毒素 | Millipore Sigma | 322326 | |
| NTN1中和抗体 | Netris Pharma | -- | |
| 同型对照抗体 | Syd Labs | PA007125 | |
| 他莫昔芬 | Sigma | T5648 | |
| D-荧光素 | GoldBio | LUCK | |
| qRT-PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| RNeasy迷你试剂盒 | Qiagen | 74104 | |
| qScript cDNA SuperMix | Quantabio | -- | |
| SYBR Green Fastmix | Quantabio | 95074 | |
| Western blot | XCell SureLock Mini-Cell电泳系统 | Invitrogen | -- |
| PVDF膜 | Millipore | IEVH07850 | |
| ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫组化/免疫荧光 | Alexa Fluor Plus 488/555/647标记二抗 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| FlexAble 2.0 CoraLite Plus抗体标记试剂盒 | Proteintech | KFA501, KFA502, KFA503 | |
| Vectashield Plus抗淬灭封片剂 | Vector Laboratories | H-1900-2 | |
| 倒置荧光显微镜BZ-X710 | Keyence | -- | |
| ELISA | 人NTN1 ELISA试剂盒 | MyBioSource.com | MBS725887 |
| 乙酰胆碱ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-0081 | |
| CUT&RUN | EpiNext CUT&RUN快速试剂盒 | Epigentek | P-2028 |
| TEAD4抗体 | Abnova | H00007004-M01 | |
| 钙成像 | Calbryte 520 AM | AAT Bioquest | 20651 |
| Pluronic F-127 | Invitrogen | P3000MP | |
| FluoroBrite DMEM | Gibco | A1896701 | |
| 流式分析 | 死细胞去除试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-090-101 |
| 抗生物素微珠 | Miltenyi Biotec | 130-097-046 | |
| 生物素标记EpCAM抗体 | Miltenyi Biotec | 130-117-862 | |
| RNA-seq | 2100生物分析仪 | Agilent | -- |
| Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| AKP类器官直肠原位移植 | 细胞数量(5×10^5/注射)、注射体积(50 μL)、基质胶浓度(10% Cultrex BME type II)、小鼠周龄(8-12周)、性别(仅雄性) 阅读提示:STAR Methods中“Mice”小节及Figure 1E图注 |
| C21瘤内注射激活hM3Dq | 剂量(0.03 mg/kg)、频率(每日一次)、起始时间(移植后第8天)、注射体积(10 μL)、溶剂(DPBS) 阅读提示:STAR Methods中“In vivo activation of hM3Dq DREADD by C21”小节及Figure 3G、4F图注 |
| Darifenacin治疗 | 剂量(3 mg/kg)、给药方式(渗透泵皮下植入)、起始时间(移植后第8天)、溶剂(50% DMSO in PBS) 阅读提示:STAR Methods中“In vivo treatment with a NTN1 Ab or darifenacin”小节及Figure 6A图注 |
| NTN1中和抗体治疗 | 剂量(10 mg/kg)、给药方式(腹腔注射)、频率(每2天一次)、起始时间(移植后第8天) 阅读提示:STAR Methods中“In vivo treatment with a NTN1 Ab or darifenacin”小节及Figure 6G图注 |
| 体外ACh/bethanechol处理 | 浓度(ACh 100 μM,bethanechol 10 μM)、处理时间(qRT-PCR 24小时,Western blot 20分钟)、培养基(无血清FreeStyle 293表达培养基用于ACh实验) 阅读提示:STAR Methods中“Drugs used for in vitro studies”和“Quantitative reverse-transcription PCR”小节 |
| 条件培养基实验 | CAF05处理时间(72小时)、超滤浓缩倍数(100倍)、重悬稀释度(1:100)、肠神经培养时间(9天) 阅读提示:STAR Methods中“Conditioned medium experiments”小节 |