鉴定AURKB为MYC结合蛋白
寻找维持MYC稳定性和转录活性的结合蛋白
在Jurkat细胞中表达Flag-MYC,免疫沉淀后经质谱鉴定AURKB;通过共免疫沉淀验证相互作用,并定位结合区域至PEST结构域。
Direct Phosphorylation and Stabilization of MYC by Aurora B Kinase Promote T-cell Leukemogenesis.
包含体外激酶实验、细胞系、原代T-ALL细胞、斑马鱼模型、小鼠异种移植和PDX模型,以及功能验证和机制验证
T-ALL细胞系(CUTLL1、HPB-ALL、KOPTK1、Jurkat等) 原代T-ALL细胞 斑马鱼T-ALL模型 NPG小鼠异种移植和PDX模型
AZD1152浓度10 nM或50 nM处理时间24 h或时间梯度 MYC半衰期检测使用CHX 50 μg/mL 斑马鱼热休克处理37°C 45 min AZD1152体内剂量5 mg/kg,腹腔注射,每周三次或两次 长春新碱体内剂量0.2 mg/kg,每周两次或一次
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
寻找维持MYC稳定性和转录活性的结合蛋白
在Jurkat细胞中表达Flag-MYC,免疫沉淀后经质谱鉴定AURKB;通过共免疫沉淀验证相互作用,并定位结合区域至PEST结构域。
探究AURKB对MYC蛋白水平的影响
敲低AURKB或使用AZD1152处理T-ALL细胞,检测MYC蛋白水平、半衰期及蛋白酶体抑制剂MG132的挽救效果。
确定AURKB直接磷酸化MYC的位点及其对MYC稳定性的影响
构建MYC S67A和S67D突变体,进行CHX追踪实验、体外激酶实验、免疫印迹检测p-S67,以及共免疫沉淀分析GSK3β结合。
探究AURKB表达的调控机制
敲低MYC或TAL1检测AURKB表达,ChIP分析MYC和TAL1与AURKB启动子的结合,荧光素酶报告基因验证转录激活。
评估AURKB及MYC S67磷酸化在斑马鱼T-ALL模型中的作用
在斑马鱼中共表达AURKB和Myc,或表达Myc S67D/S67A突变体,监测GFP荧光和 Myc蛋白半衰期。
测试AZD1152单用或与长春新碱联合在T-ALL细胞和小鼠模型中的疗效
在T-ALL细胞系中进行药物联合指数分析,在NPG小鼠异种移植和PDX模型中评估肿瘤负荷和生存期。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Hyclone | -- |
| 胎牛血清 | Hyclone | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Hyclone | -- | |
| 非必需氨基酸 | Gibco | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Sigma-Aldrich | -- | |
| β-巯基乙醇 | Sigma-Aldrich | -- | |
| DMEM培养基 | Hyclone | -- | |
| 支原体检测 | MycoAlert支原体检测试剂盒 | Lonza | -- |
| 免疫印迹 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 聚偏二氟乙烯膜 | Bio-Rad | -- | |
| SuperSignal化学发光底物 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫沉淀 | Protein G磁珠 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| ANTI-FLAG M2亲和凝胶 | Sigma-Aldrich | A2220 | |
| 免疫印迹 | AURKA抗体 | Cell Signaling Technology | 14475 |
| AURKB抗体 | Cell Signaling Technology | 3094 | |
| AURKC抗体 | ABclonal | A7930 | |
| β-ACTIN抗体 | ABclonal | AC026 | |
| 免疫组织化学 | cleaved Caspase-3抗体 | ABclonal | A11021 |
| 免疫印迹 | FBXW7抗体 | Abcam | 109617 |
| FLAG标签抗体 | Sigma-Aldrich | F1804 | |
| HA标签抗体 | ABclonal | AE008 | |
| HRP偶联HA标签抗体 | Roche | 12013819001 | |
| 组蛋白H3抗体 | Cell Signaling Technology | 3638 | |
| MYC (N-262)抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-764 | |
| MYC (9E10)抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-40 | |
| MYC/N-MYC (D3N8F)抗体 | Cell Signaling Technology | 13987 | |
| Myc标签抗体 | ABclonal | AE010 | |
| NCL抗体 | ABclonal | A5904 | |
| NKX3.1抗体 | Sigma-Aldrich | SAB1412056 | |
| p53抗体 | Cell Signaling Technology | 9282 | |
| 免疫组织化学 | PCNA抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-56 |
| 免疫印迹 | 磷酸化Aurora A(Thr288)/Aurora B (Thr232)/Aurora C (Thr198)抗体 | Cell Signaling Technology | 2914 |
| 磷酸化组蛋白H3 Ser10抗体 | Millipore | 06-570 | |
| 磷酸化MYC S62抗体 | Cell Signaling Technology | 13748 | |
| 磷酸化MYC S67抗体 | PTM BioLabs | -- | |
| 磷酸化MYC T58抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-135647 | |
| 染色质免疫沉淀 | TAL1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-393287 X |
| 体外激酶实验 | 放射性ATP [γ-32P] | PerkinElmer | NEG502A |
| ATP | Thermo Fisher Scientific | 18330019 | |
| Aurora B激酶(GST标签,His标签) | BPS Bioscience | 40002 | |
| 药物处理 | Barasertib (AZD1152-HQPA) | Selleck | S1147 |
| 药物筛选 | FDA批准药物文库 | Selleck | L1300 |
| 蛋白酶体抑制 | MG132 | Selleck | S2619 |
| AURKB激活 | 诺考达唑 | Selleck | S2775 |
| 药物处理 | 长春新碱 | Selleck | S1241 |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | BioVision | K201 |
| 细胞毒性检测 | CellTox Green细胞毒性检测试剂盒 | Promega | G8743 |
| 染色质免疫沉淀 | 染色质免疫沉淀试剂盒 | Sigma-Aldrich | 17-295 |
| 免疫组织化学 | DAB底物试剂盒 | Vector Laboratories | SK-4100 |
| 荧光素酶报告基因实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1980 |
| 体外激酶实验 | 体外蛋白激酶缓冲液 | Cell Signaling Technology | 9802S |
| RT-qPCR | iTaq Universal SYBR Green预混液 | Bio-Rad | 1725124 |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668027 |
| RT-qPCR | ReverTra Ace qPCR逆转录试剂盒 | TOYOBO | FSQ-101 |
| 细胞培养 | BL21 (DE3)感受态大肠杆菌 | Thermo Fisher Scientific | C601003 |
| DH5α感受态大肠杆菌 | Thermo Fisher Scientific | 12297016 | |
| 斑马鱼显微注射 | I-SceI大范围核酸酶 | NEB | -- |
| RNA测序 | TruSeq RNA文库构建试剂盒v2 | Illumina | -- |
| Illumina HiSeq X-Ten测序仪 | Illumina | -- | |
| Agilent Bioanalyzer 2100生物分析仪 | Agilent technologies | -- | |
| RNAClean XP试剂盒 | Beckman Coulter | -- | |
| 无RNase DNase套装 | QIAGEN | -- | |
| 流式细胞术 | Accuri C6流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| FACS Aria流式细胞分选仪 | BD Biosciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| AURKB调控MYC蛋白稳定性 | AZD1152处理浓度(10 nM)和时间(24 h) 阅读提示:Figure 2B和图注 |
| MYC半衰期检测 | CHX浓度(50 μg/mL)和处理时间点 阅读提示:STAR Methods中Time-course Analysis of MYC Degradation |
| AURKB磷酸化MYC S67 | 体外激酶实验条件:AURKB用量、GST-MYC用量、ATP浓度和反应时间 阅读提示:STAR Methods中In Vitro Protein Kinase Assay |
| 斑马鱼T-ALL模型 | 热休克处理条件(37°C 45 min)和注射DNA浓度(30 ng/μL) 阅读提示:STAR Methods中Zebrafish Studies |
| 体内药物处理 | AZD1152剂量(5 mg/kg)和给药频率,长春新碱剂量(0.2 mg/kg)和给药频率 阅读提示:STAR Methods中Cell Line-based Xenograft和Patient-derived Xenografts |