患者遗传分析
鉴定与肌病相关的致病基因变异
对外显子组测序数据进行分析,筛选罕见变异,并通过Sanger测序验证及家系共分离分析。
Loss of function variants in DNAJB4 cause a myopathy with early respiratory failure
包含患者遗传分析、蛋白稳定性实验、酵母互补实验、细胞功能验证及基因敲除小鼠模型等多层级证据。
患者肌肉活检 患者成纤维细胞 HeLa细胞 C2C12成肌细胞及其DNAJB4敲除系 DNAJB4基因敲除小鼠
DNAJB4变异类型: 纯合无义变异(p.Lys286Ter)或纯合错义变异(p.Arg25Gln, p.Leu262Ser) 酵母互补实验: 使用Sis1缺失酵母菌株,评估DNAJB4变体功能 热休克实验: 42°C处理1小时,检测TDP-43核内应激颗粒及细胞死亡 DNAJB4敲除小鼠模型: C57BL/6NJ-Dnajb4em1(IMPC)J/Mmjax,评估肌肉力量和病理 蛋白稳定性实验: 四环素诱导表达系统,检测V5标记DNAJB4变体降解
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与肌病相关的致病基因变异
对外显子组测序数据进行分析,筛选罕见变异,并通过Sanger测序验证及家系共分离分析。
表型特征和肌肉病理描述
收集患者临床表现、肌肉MRI/CT影像、肌肉活检进行组织学分析。
检测DNAJB4变体蛋白的稳定性
构建四环素诱导表达V5标记DNAJB4变体的细胞系,去除四环素后检测蛋白降解。
验证DNAJB4变体在酵母中的功能
将人DNAJB1野生型或R25Q变体(对应DNAJB4 R25Q)转化至Sis1缺失酵母菌株,观察生长情况。
评估DNAJB4-R25Q对客户蛋白解聚和细胞保护的影响
HeLa细胞共转染GFP-DNAJB4变体和mCherry-TDP-43,热休克后观察核内应激颗粒形成和细胞死亡。
研究DNAJB4缺失对肌肉功能的影响
使用DNAJB4敲除小鼠,进行行为学测试、肌肉组织病理和蛋白表达分析。
体外验证DNAJB4缺失对肌管分化和蛋白聚集的影响
生成C2C12 DNAJB4敲除细胞系,分化后分析肌管大小、蛋白表达和不可溶蛋白聚集。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 外显子组测序 | Illumina外显子捕获 | Illumina | -- |
| Ampliseq全外显子试剂盒 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| 蛋白表达和检测 | V5抗体 | -- | -- |
| 免疫印迹 | GAPDH抗体 | Cell Signaling | 2118 |
| Desmin抗体 | Dako | M0760 | |
| DNAJB6抗体 | Abcam | ab198995 | |
| HspA1抗体 | Enzo | ADI-SPA-810 | |
| α-actinin抗体 | Abcam | ab68167 | |
| Myotilin抗体 | Abcam | ab78492 | |
| Synemin抗体 | Bioss | bs-8555R | |
| αβ-晶状体蛋白抗体 | Enzo | ADI-SPA-223 | |
| DNAJB4抗体 | Proteintech | 13064-1-AP | |
| DNAJB4抗体 | Santa Cruz | sc-100711 | |
| 免疫荧光 | 罗丹明标记的鬼笔环肽 | Invitrogen | PHDR1 |
| 免疫印迹 | Quick Change突变试剂盒 | Agilent Technologies | 200517 |
| RIPA裂解缓冲液 | -- | -- | |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 免疫印迹 | 增强化学发光试剂 | GE Healthcare | -- |
| 凝胶成像 | G:Box Chemi XT4成像系统 | Syngene | -- |
| 蛋白溶解度分析 | 盐酸胍 | -- | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Invitrogen | 11965-084 |
| 胎牛血清 | Atlanta Biologicals | S10350 | |
| 青霉素-链霉素 | Invitrogen | 15140 | |
| 潮霉素B | Invitrogen | 10687-010 | |
| 杀稻瘟菌素 | Life Technologies | R21001 | |
| 盐酸四环素 | Sigma | T76600 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668019 |
| 小鼠实验 | 三角杠 | Stoelting | -- |
| 小鼠电转 | 异氟烷 | -- | -- |
| 组织染色 | 黄蓍胶 | Sigma | G1128 |
| Mowiol 4-88封片剂 | Sigma | -- | |
| DAPI | -- | -- | |
| 显微镜 | Nikon 80i显微镜 | Nikon | -- |
| 电子显微镜 | JEOL JEM-1400 Plus透射电子显微镜 | JEOL | -- |
| X射线成像 | Faxitron Ultrafocus DXA系统 | Faxitron | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism 8软件 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 遗传分析 | 外显子组测序方法、过滤标准、变异验证方法 阅读提示:Methods: Patient selection and evaluation |
| 蛋白稳定性实验 | 细胞系、诱导表达系统、检测时间点 阅读提示:Figure 3C-D |
| 酵母互补实验 | 酵母菌株、质粒构建、培养条件 阅读提示:Methods: Yeast viability assay |
| 细胞功能实验 | 细胞系、转染方法、热休克条件、检测指标 阅读提示:Methods: Cell culture, transfection, and heat shock |
| 小鼠模型 | 小鼠品系、年龄、行为测试方法、组织处理 阅读提示:Methods: Animal generation and experimental protocols |
| 细胞模型 | CRISPR敲除策略、分化条件、蛋白检测 阅读提示:Methods: Generation of DNAJB4 knockout (KO) C2C12 myoblasts |