细胞培养与阿司匹林处理
评估阿司匹林对垂体细胞系DNA甲基化和转录组的影响。
RC-4B/C和GH3细胞系培养,并用5 mM阿司匹林处理。
Aspirin Mediates Its Antitumoral Effect Through Inhibiting PTTG1 in Pituitary Adenoma
包含体外细胞功能实验(增殖、迁移、细胞周期)、转录组和甲基化组测序、启动子报告基因实验、蛋白质印迹以及人类PitNET样本的基因表达验证,构成多个证据层级。
RC-4B/C垂体细胞系 GH3垂体细胞系 41例人垂体神经内分泌肿瘤(PitNET)组织样本 76例PitNET与34例正常垂体的独立验证队列
阿司匹林处理浓度:5 mM 地西他滨处理浓度:10 μM RC-4B/C和GH3细胞系(ATCC认证) 41例PitNET组织样本的5hmC水平与PTTG1表达相关性 Pttg1启动子报告基因实验(pGL3载体)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估阿司匹林对垂体细胞系DNA甲基化和转录组的影响。
RC-4B/C和GH3细胞系培养,并用5 mM阿司匹林处理。
检测阿司匹林处理后全局DNA甲基化和去甲基化水平的变化。
使用HPLC-MS/MS测量5mC和5hmC水平及5hmC/5mC比率。
鉴定阿司匹林处理后的全基因组转录变化,并识别受影响的通路和转录因子。
进行polyA NGS文库制备,在Illumina NovaSeq平台上测序,并使用edgeR、通路分析和转录因子分析。
验证阿司匹林对细胞活力、增殖、死亡、迁移和细胞周期的影响。
使用Alamar Blue测定活力,台盼蓝染色计数活细胞,划痕实验检测迁移,流式细胞术分析细胞周期和Ki-67。
分析阿司匹林处理后转录因子活性变化,特别是Tp53和E2f1。
使用TRRUST数据库分析RNA-seq数据,评估转录因子调控网络。
验证关键基因的表达变化,包括Tet、Uhrf、Pttg1、Tp53等。
使用RT-qPCR和Western blot检测基因和蛋白表达,并分析p53乙酰化。
检测阿司匹林和地西他滨对Pttg1启动子活性的影响。
构建Pttg1启动子荧光素酶报告载体,转染RC-4B/C细胞,检测荧光素酶活性。
验证阿司匹林调控的基因在人类PitNET中的表达变化。
分析41例PitNET样本的PTTG1表达和甲基化状态,并使用公共数据库(GEO)中的基因和蛋白表达数据(76例PitNET vs 34例正常)进行交叉验证。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与处理 | 阿司匹林 | Sigma Chemical Co. | #A5376 |
| 地西他滨 | Adooq | #A10292 | |
| 核酸提取 | MiRNeasy Mini 试剂盒 | Qiagen | 217004 |
| NucleoSpin miRNA 试剂盒 | Macherey Nagel | 740971.50 | |
| QIAamp DNA Mini 试剂盒 | Qiagen | 51104 | |
| 核酸定量 | NanoDrop 1000 分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| HPLC-MS/MS | Agilent 1100 系列高效液相色谱 | Agilent | -- |
| Sciex 6500 QTRAP 串联质谱仪 | Sciex | -- | |
| 5-甲基胞嘧啶和5-羟甲基胞嘧啶DNA标准品套装 | Zymo Research Corporation | -- | |
| 转录组测序 | NEBNext Ultra II 定向 RNA 文库制备试剂盒(Illumina) | New England Biolabs | #E7760S/L |
| Illumina NovaSeq 6000 测序平台 | Illumina | -- | |
| 细胞活力测定 | Alamar Blue 测定 | Invitrogen | DAL1025 |
| 细胞增殖测定 | 台盼蓝 | Gibco | 15250061 |
| 划痕实验 | 磷酸盐缓冲液 | Corning | 21-040-CV |
| 流式细胞术(细胞周期) | Cycloscope 试剂 DNA 标记溶液 | Cytognos | CYT-CS-R-50 |
| 流式细胞术(Ki-67) | IntraStain 试剂 A | Dako-Agilent | K2311 |
| Ki67 抗体 | Sony Biotechnology | 2352515 | |
| 流式细胞术 | BD FACS Lyric 流式细胞仪 | Becton, Dickinson and Company | -- |
| Kaluza 2.1.1 软件 | Beckman Coulter | -- | |
| 启动子报告实验 | pGL3 启动子载体 | Promega | -- |
| pRL-TK 载体 | Promega | -- | |
| Lipofectamine 3000 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Dual-Glo 荧光素酶检测系统 | Promega | #E2920 | |
| Western blot | p53 (1C12) 小鼠单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 2524 |
| 乙酰化p53 (K382) 兔单克隆抗体 | Bioss | bs-0905R | |
| 抗PTTG抗体 (DCS-280) | Santa Cruz Biotechnology | sc-56207 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 4967 | |
| 山羊抗小鼠HRP偶联二抗 | Agilent | P0447 | |
| 山羊抗兔HRP偶联二抗 | Agilent | P0448 | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 6.01 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞系(RC-4B/C和GH3)的来源和代数;阿司匹林浓度(5 mM)和地西他滨浓度(10 μM);处理时间。 阅读提示:Methods - Cell Culture and Treatment |
| DNA甲基化/去甲基化分析 | HPLC-MS/MS方法中的DNA水解条件(甲酸浓度、温度、时间)、色谱和质谱参数。 阅读提示:Methods - DNA Methylation-Demethylation Analysis by HPLC-MS/MS |
| 转录组测序 | RNA文库制备试剂盒和测序平台;差异表达分析的阈值(FC>2, FDR<0.05)。 阅读提示:Methods - Transcriptome Sequencing and Data Analysis |
| 功能实验 | Alamar Blue测定和台盼蓝染色的具体操作;划痕实验的细胞密度、划痕工具和测量时间点;流式细胞术的细胞数量、染料和仪器设置。 阅读提示:Methods - In Vitro Functional Assays |
| 启动子报告实验 | Pttg1启动子片段长度(2090 bp)和克隆载体;转染用量(150 ng质粒);荧光素酶检测试剂盒。 阅读提示:Methods - Vector Construction and Luciferase Reporter Gene Assay |
| 人类样本分析 | PitNET样本的纳入标准、病理分型;基因表达数据的平台和分析方法。 阅读提示:Methods - Patient Cohorts and Gene and Protein Array Expression Profile Analysis |